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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g69 | ||||||
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タイトル | Structure of Bacillus subtilis Nitric Oxide Synthase in complex with 7-(2-(3-Fluorobenzylamino)ethyl)quinolin-2-amine | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric-oxide synthase (flavodoxin) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.016 Å | ||||||
データ登録者 | Holden, J.K. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: Targeting Bacterial Nitric Oxide Synthase with Aminoquinoline-Based Inhibitors. 著者: Holden, J.K. / Lewis, M.C. / Cinelli, M.A. / Abdullatif, Z. / Pensa, A.V. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5g69.cif.gz | 169.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5g69.ent.gz | 133.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5g69.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5g69_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5g69_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5g69_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5g69_validation.cif.gz | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/5g69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/5g69 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5g65C 5g66C 5g67C 5g68C 5g6aC 5g6bC 5g6cC 5g6dC 5g6eC 5g6fC 5g6gC 5g6hC 5g6iC 5g6jC 5g6kC 5g6lC 5g6mC 5g6nC 5g6oC 5g6pC 5g6qC 4lwaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41787.082 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34453, EC: 1.14.13.165 |
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-非ポリマー , 7種, 305分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-H4B / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-M7K / | ||||
#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | SURFACE ENTROPY MUTATIONS E25A, E26A AND E316A |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.37 % 解説: CC ONE HALF FOR FULL DATA SET AT 0.993 AND FOR HIGH RESOLUTION SHELL AT 0.728 |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 60 MM BIS-TRIS METHANE, 40 MM CITRIC ACID, 20% PEG3350, 1.9% 1-PROPANOL, PH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.976 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月29日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→49.67 Å / Num. obs: 32377 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4LWA 解像度: 2.016→40.881 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.016→40.881 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.6009 Å / Origin y: 20.1874 Å / Origin z: 22.5718 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (CHAIN A AND RESSEQ 2:363) |