PDB-5g5i: S. enterica HisA mutant D10G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g5i

タイトル

S. enterica HisA mutant D10G

要素

1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

キーワード

ISOMERASE / HISA / PROTEIN EVOLUTION / IAD MODEL / TRPF

機能・相同性

機能・相同性情報

1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Guo, X. / Soderholm, A. / Newton, M. / Nasvall, J. / Andersson, D. / Patrick, W. / Selmer, M.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional innovations in the real-time evolution of new ( beta alpha )8 barrel enzymes.
著者: Newton, M.S. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Lundstrom, P. / Andersson, D.I. / Selmer, M. / Patrick, W.M.

履歴

登録	2016年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5g5i.cif.gz	104.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5g5i.ent.gz	82 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5g5i_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5g5i_full_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示
XML形式データ	5g5i_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	5g5i_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/5g5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/5g5i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ab3C 5ac7C 5ac8C 5g1tSC 5g1yC 5g2hC 5g2iC 5g2wC 5g4eC 5g4wC 5l6uC 5l9fC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5g1t-d 5g2i-d 5l6u-d 5ac8-d 5ahe-d 1ny1-2 5g2h-d 4pcf-1 4fx7-4 5g1y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

ヘテロ分子

27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.880, 85.880, 121.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2068- HOH

#1: タンパク質	1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase / Phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase 分子量: 27073.891 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 遺伝子: hisA, EA588_15715 / プラスミド: PEXP5-CT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: A0A5T2G6F4, UniProt: P10372*PLUS, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, PH7.5; 0.8M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE; 0.8M POTASSIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.91637
検出器	検出器: CCD / 日付: 2013年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91637 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 18463 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.35 / 冗長度: 11.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 17.82
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5G1T

5g1t

解像度: 2.001→47.015 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 2 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 16-23, 176-183, 245-256 ARE DISORDERED

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	923	5 %
R_work	0.1708	-	-
obs	0.1728	18458	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→47.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1709	0	25	81	1815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1812
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.073	2472
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.588	663
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	292
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	316

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.001-2.1064	0.2712	127	0.1975	2419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1064-2.2384	0.2242	128	0.1807	2443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2384-2.4112	0.212	130	0.1762	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4112-2.6539	0.2204	131	0.1813	2481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6539-3.0378	0.2081	131	0.1754	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0378-3.8271	0.2043	133	0.1629	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8271-47.0275	0.1959	143	0.1618	2698	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4269	-0.6226	0.6727	2.4287	-0.6692	2.9744	-0.3027	0.0269	0.1494	-0.1042	0.2676	0.4164	-0.3667	-0.4595	-0.0981	0.2275	0.0033	0.0063	0.1907	0.0089	0.2053	7.5468	31.6302	-8.0431
2	2.8418	-3.384	-1.4774	4.054	1.5014	3.7622	0.252	0.0083	1.3566	-0.1103	0.2476	-0.2726	-0.682	0.0713	-0.2417	0.4509	0.0799	-0.1358	0.4255	-0.1722	1.4932	4.8934	42.2652	-7.1164
3	3.081	1.5033	-1.3056	2.0533	-0.1205	2.7384	-0.1959	0.1327	0.3799	-0.1034	0.1316	0.0555	-0.3832	-0.0699	-0.0557	0.2931	-0.0351	0.0027	0.1822	0.0104	0.2115	12.8027	30.4192	-12.7588
4	5.6112	1.9819	1.3578	0.888	-0.2021	2.7974	0.0143	-0.399	0.198	0.1536	0.5455	1.016	-0.5811	-0.6206	-0.0938	0.1959	0.0937	0.0466	0.3233	-0.0035	0.6016	-4.9906	30.1605	-7.5811
5	3.4876	-0.3563	-0.6746	3.1177	0.1391	3.53	0.0789	0.1982	0.1725	-0.1996	-0.0348	1.3148	0.0257	-1.0849	-0.1205	0.2679	0.0204	-0.1112	0.3821	0.0551	0.5245	-4.7089	26.2259	-14.0009
6	2.8084	0.5295	-1.1359	2.2672	-0.1345	3.2316	-0.0302	0.2706	-0.036	-0.3521	0.0999	0.2021	-0.1447	-0.0683	0.0283	0.2696	-0.0112	-0.0066	0.1921	0.0174	0.1775	7.0197	22.8995	-13.6492
7	8.5736	-0.4324	-4.2346	4.0527	-1.0357	8.2981	-0.1226	0.4437	-0.2531	-0.0458	-0.069	0.3977	-0.1911	-1.3537	0.0846	0.2083	-0.0154	-0.0219	0.3417	-0.0549	0.248	-4.5469	16.1218	-9.6274
8	2.4195	0.1034	-2.4104	1.6946	-0.7515	4.5534	-0.1794	-0.0509	-0.4219	0.0719	-0.0769	0.2351	-0.0903	-0.0668	0.0822	0.166	0.0145	0.0173	0.1547	0.0005	0.202	-1.411	16.9224	-1.5581
9	2.9464	-0.13	-0.7484	3.6144	0.5029	3.7286	-0.2681	0.1721	-0.3151	-0.2207	0.2842	0.0947	0.3361	0.1483	0.1282	0.2159	-0.0077	0.0479	0.2022	-0.0036	0.2177	1.2988	12.7213	-0.9905
10	3.707	0.2804	1.0172	3.7188	-1.6788	8.6443	-0.6678	-0.7495	-0.0525	1.6855	0.5063	0.2815	-0.2655	0.19	-0.0915	0.5436	0.0956	0.0348	0.3506	-0.0818	0.392	1.9227	28.4298	19.4498
11	2.5772	-0.5776	-0.7292	2.8567	0.8038	2.0083	-0.2462	-0.1673	-0.0321	0.2395	0.2782	0.222	-0.0807	0.0977	0.0165	0.2052	0.0174	0.0313	0.1992	0.049	0.2245	-0.5798	20.9372	12.2793
12	2.6645	1.7408	-1.1128	4.575	-0.9273	2.5441	0.0578	-0.1116	-0.3309	0.2282	-0.1699	-0.6518	-0.0296	0.3267	0.1053	0.2035	0.046	0.0365	0.2027	-0.005	0.1703	7.4827	16.7715	3.9357
13	4.7	0.7107	0.4021	5.6743	2.0162	7.352	0.2066	-0.3236	1.4712	0.1089	0.2459	-0.5027	-0.6034	0.219	-0.1357	0.4079	-0.049	0.0528	0.3097	-0.034	0.4384	6.2181	31.842	10.8355
14	4.4472	1.0941	-1.1533	8.8542	-1.7653	4.7258	0.1188	-0.6116	0.4978	0.6972	0.0283	0.4231	-0.6381	0.3758	0.0799	0.3198	0.0047	0.003	0.3295	0.0057	0.2198	13.5815	21.2569	14.2984
15	2.3047	0.8308	-0.7001	2.6618	-0.9292	3.4632	-0.1263	-0.2568	-0.0829	-0.0316	0.1619	-0.0866	-0.1969	0.0283	0.1151	0.2104	0.0153	0.0322	0.1847	0.0048	0.1351	11.9128	18.0715	6.946
16	4.007	-0.5221	-0.9235	3.1324	-0.7807	3.054	0.4457	-0.9159	0.3188	0.4834	-0.3119	-0.132	-0.5085	0.9802	-0.0467	0.3385	-0.1276	0.0296	0.3533	-0.0354	0.2314	18.9664	33.9193	5.3843
17	2.3479	2.0791	-2.2749	2.1677	-3.5319	9.3331	0.1548	-0.1067	-0.5404	0.3773	-0.4326	-1.0251	-0.4818	0.9612	-0.1149	0.1999	-0.0505	-0.0684	0.3581	0.0587	0.3683	20.2432	22.3201	7.1915
18	3.8712	0.9006	0.7419	7.9118	-4.1438	5.0446	0.021	-0.3908	0.5554	0.1831	-0.0039	0.0606	-0.436	-0.2508	-0.0675	0.2253	-0.0415	0.0482	0.1537	-0.0228	0.2796	13.3942	32.8614	-1.5038
19	2.7519	0.6037	0.6562	3.7963	-0.9896	3.4133	0.0298	0.0176	0.1641	0.1687	-0.172	-0.096	-0.2658	0.1839	-0.07	0.2314	-0.0928	0.0147	0.1911	-0.017	0.1848	20.9273	35.3022	-4.5704
20	3.3625	0.4841	-3.7883	3.8382	3.4885	8.6027	0.3615	-0.6667	-0.7498	0.6577	0.0631	-0.9871	0.4608	0.9602	0.4256	0.3696	-0.0341	-0.0985	0.2906	0.1108	0.3574	25.9814	26.5188	1.4843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:14)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 15:27)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 28:49)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 50:55)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 56:65)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 66:82)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 83:93)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 94:112)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 113:129)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 130:135)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 136:162)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 163:170)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 171:175)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 184:193)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 194:202)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 203:214)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 215:220)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 221:228)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 229:240)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 241:244)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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