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万見
- PDB-5g4c: Human SIRT2 catalyse short chain fatty acyl lysine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g4c
タイトルHuman SIRT2 catalyse short chain fatty acyl lysine
要素
  • NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2
  • SIRT2
キーワードHYDROLASE / SIRTUIN CLASS I / HDACS / NAD DEPENDENT / ADPR / ACYL
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / : / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / : / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / tubulin deacetylation / paranodal junction / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / peptidyl-lysine deacetylation / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / mitotic nuclear membrane reassembly / tubulin deacetylase activity / regulation of exit from mitosis / paranode region of axon / Schmidt-Lanterman incisure / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / rDNA heterochromatin formation / myelination in peripheral nervous system / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone deacetylase activity, NAD-dependent / chromatin silencing complex / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / protein deacetylation / positive regulation of oocyte maturation / regulation of phosphorylation / juxtaparanode region of axon / protein lysine deacetylase activity / meiotic spindle / response to redox state / regulation of myelination / histone deacetylase activity / histone acetyltransferase binding / positive regulation of DNA binding / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of cell division / glial cell projection / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / heterochromatin / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cellular response to epinephrine stimulus / substantia nigra development / centriole / epigenetic regulation of gene expression / negative regulation of autophagy / ubiquitin binding / meiotic cell cycle / negative regulation of protein catabolic process / heterochromatin formation / mitotic spindle / histone deacetylase binding / autophagy / spindle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / myelin sheath / chromosome / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / midbody / growth cone / perikaryon / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / cell division / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain ...Sirtuin, class I / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, Y.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: SIRT2 Reverses 4-Oxononanoyl Lysine Modification on Histones.
著者: Jin, J. / He, B. / Zhang, X. / Lin, H. / Wang, Y.
履歴
登録2016年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info / refine / struct_biol / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_starting_model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2
B: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2
E: SIRT2
F: SIRT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8567
ポリマ－74,4664
非ポリマー1,3903
水5,873326
1
A: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2
F: SIRT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9614
ポリマ－37,2332
非ポリマー7282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-5.4 kcal/mol
Surface area13440 Å2
手法PISA
2
B: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2
E: SIRT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8953
ポリマ－37,2332
非ポリマー6621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-4.2 kcal/mol
Surface area13850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.341, 117.310, 71.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2 / REGULATORY PROTEIN SIR2 HOMOLOG 2 / SIR2-LIKE PROTEIN 2


分子量: 36532.039 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 34-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 遺伝子: SIRT2, SIR2L, SIR2L2 / プラスミド: PET28-SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA
参照: UniProt: Q8IXJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド SIRT2


分子量: 700.847 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28-SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CNA / CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-(アミノカルボニル)-1-[4β-[[(5′-アデノシルオキシ)オキシラトホスフィニルオキシ]オキシラトホスフィニ(以下略)


分子量: 662.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N7O13P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 12% PEG 8K, 0.1 M HEPES, PH 7.5, 5% ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 40356 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.218 / Rsym value: 0.426

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZGO

3zgo


解像度: 2.1→40 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 --
Rwork0.183 --
obs-40356 96.43 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4718 0 89 326 5133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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