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- PDB-5g3o: Bacillus cereus formamidase (BceAmiF) inhibited with urea. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g3o
タイトルBacillus cereus formamidase (BceAmiF) inhibited with urea.
要素FORMAMIDASE
キーワードHYDROLASE / FORMAMIDASE / AMIDASE / NITRILASE SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


formamidase / formamidase activity / N-carbamoylputrescine amidase activity / putrescine biosynthetic process from arginine
類似検索 - 分子機能
Formamidase / : / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Formamidase / Formamidase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS CEREUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Martinez-Rodriguez, S. / Conejero-Muriel, M.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / : 2019
タイトル: A novel cysteine carbamoyl-switch is responsible for the inhibition of formamidase, a nitrilase superfamily member.
著者: Martinez-Rodriguez, S. / Conejero-Muriel, M. / Gavira, J.A.
履歴
登録2016年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FORMAMIDASE
B: FORMAMIDASE
C: FORMAMIDASE
D: FORMAMIDASE
E: FORMAMIDASE
F: FORMAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,64435
ポリマ-232,3016
非ポリマー3,34429
7,476415
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27670 Å2
ΔGint-179.4 kcal/mol
Surface area67130 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)142.689, 149.754, 97.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-2008-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
FORMAMIDASE / BCEAMIF / FORMAMIDE AMIDOHYDROLASE


分子量: 38716.750 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UREA BOUNDED AT CYSTEINE 165, IN ALL THE CHAINS. / 由来: (組換発現) BACILLUS CEREUS (バクテリア) / プラスミド: PET21B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E5LR94, UniProt: P59701*PLUS, formamidase

-
非ポリマー , 5種, 444分子

#2: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#5: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 % / 解説: NONE
結晶化手法: counter-diffusion / pH: 4
詳細: CAPILLARY COUNTER DIFFUSION: 20% PEG 400, 15% PEG 4K, 10% PEG 8K, NAAC 0.1M PH 4.0 SOAKED WITH 250 MM UREA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→45.48 Å / Num. obs: 108536 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 40.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5G3P
解像度: 2.15→47.058 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2021 5441 5 %
Rwork0.1786 --
obs0.1793 108523 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.058 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13021 0 219 415 13655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00314687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62520019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2068822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482086
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052630
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.17440.26011790.23413423X-RAY DIFFRACTION100
2.1744-2.20.26761720.2383526X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.22680.26441590.22813402X-RAY DIFFRACTION100
2.2268-2.2550.26491940.23013442X-RAY DIFFRACTION100
2.255-2.28470.26411760.22453421X-RAY DIFFRACTION99
2.2847-2.3160.24021710.20853468X-RAY DIFFRACTION99
2.316-2.34910.23271760.20323399X-RAY DIFFRACTION99
2.3491-2.38410.2631840.20723398X-RAY DIFFRACTION99
2.3841-2.42140.21411530.19753433X-RAY DIFFRACTION99
2.4214-2.46110.20551900.19723447X-RAY DIFFRACTION100
2.4611-2.50350.21581880.1933436X-RAY DIFFRACTION100
2.5035-2.54910.20361920.18423428X-RAY DIFFRACTION100
2.5491-2.59810.2111900.18223437X-RAY DIFFRACTION100
2.5981-2.65110.22581930.18273456X-RAY DIFFRACTION100
2.6511-2.70870.21942140.18313402X-RAY DIFFRACTION100
2.7087-2.77180.21931820.17693452X-RAY DIFFRACTION100
2.7718-2.84110.20871760.173441X-RAY DIFFRACTION100
2.8411-2.91790.19431860.17313454X-RAY DIFFRACTION100
2.9179-3.00370.18591750.17393422X-RAY DIFFRACTION99
3.0037-3.10060.19192000.17453412X-RAY DIFFRACTION99
3.1006-3.21140.21131900.17713412X-RAY DIFFRACTION99
3.2114-3.340.19821950.17183479X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.49190.19151670.16433449X-RAY DIFFRACTION99
3.4919-3.6760.1981970.15473410X-RAY DIFFRACTION99
3.676-3.90620.17711690.1523466X-RAY DIFFRACTION99
3.9062-4.20760.16861690.15543438X-RAY DIFFRACTION99
4.2076-4.63070.15561810.13773403X-RAY DIFFRACTION98
4.6307-5.30.15781790.14733423X-RAY DIFFRACTION99
5.3-6.67440.19751670.18563476X-RAY DIFFRACTION99
6.6744-47.06930.22011770.19233427X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86360.15030.02292.66810.09952.5520.15830.03870.1915-0.0196-0.2546-0.3219-0.08380.0952-0.01920.2485-0.07420.00840.2686-0.02940.218840.26846.417649.1718
24.598-3.88271.12435.8711-0.49771.50870.2268-0.440.39780.0189-0.0567-0.7222-0.03320.2262-0.0190.3699-0.08480.00070.4488-0.02210.339445.45527.042957.7387
32.2289-0.19860.33742.5624-0.26791.50020.1125-0.2535-0.27240.2193-0.0683-0.07470.15350.0668-0.03170.3106-0.0861-0.01960.35030.04690.301938.7507-3.806554.6237
42.19220.50260.65921.3507-0.1490.590.0823-0.0124-0.23070.0239-0.00810.05180.201-0.0815-0.04290.3371-0.0630.0020.358-0.01060.363829.1847-3.349642.3267
53.4686-0.01450.06740.5598-0.32610.66910.0169-0.0050.1662-0.0121-0.02510.15880.0403-0.10860.00670.3259-0.0342-0.00010.3301-0.03270.353431.10197.225140.9317
64.3677-2.42820.62338.6410.58154.69310.3046-0.0489-1.0006-0.5208-0.04570.18680.81280.1901-0.20080.5081-0.0951-0.0180.41570.12830.471818.5051-19.330635.58
72.54580.20930.20273.01130.42732.10840.02340.78970.0881-0.41690.04570.1579-0.0201-0.1102-0.0740.4150.0718-0.02360.58120.07380.322126.602820.7234-10.4299
84.41110.28720.47935.57661.85243.33220.10510.8223-0.3378-0.09660.0016-0.27480.05410.4031-0.13160.3430.08350.05740.61160.02530.345238.873217.0194-9.3402
92.28131.1610.41930.52120.43020.63010.09560.0880.0323-0.0359-0.0791-0.08540.01380.0963-0.02190.34290.05730.02320.41850.03870.367737.22817.44554.8156
107.872-5.1666-3.28075.32341.75336.7069-0.21580.7888-0.8346-0.42870.1416-0.41560.39261.05470.0690.38630.00260.1010.63640.03110.334960.61257.3893-3.1215
111.5838-0.2797-0.92142.7646-1.29941.73510.041-0.46790.1958-0.0503-0.26310.2319-0.06460.03840.24680.30.06440.0290.31620.03350.2458.30754.047628.9192
125.12875.13321.71065.34840.75163.36750.2007-0.57730.03490.7321-0.3701-0.15090.06790.61240.25470.39260.0922-0.00880.45410.05410.367265.47980.820834.8129
131.94441.6081-0.40812.0571-0.77111.06480.1605-0.2320.15440.0948-0.25880.23690.11660.298-0.03850.35790.08990.03470.39240.01710.335860.22172.650527.0073
143.92541.0505-0.18696.1136-0.50012.06810.1402-0.20660.46410.2993-0.1732-0.5877-0.05770.6495-0.03270.38990.01110.02960.55410.02430.420174.8913.213325.3412
153.33611.8739-0.3552.8593-0.39281.77530.0601-0.1837-0.4670.0046-0.1553-0.52560.35570.48640.10040.36570.10780.04950.46880.01960.388667.3276-4.296125.9645
163.83931.754-0.99363.2043-0.63792.2824-0.10210.26420.2767-0.17710.1013-0.2227-0.11180.66230.0620.33690.06580.05920.57810.01280.388873.60897.675216.9109
172.62410.96070.30674.6727-2.12933.5786-0.138-0.0080.2302-0.1724-0.0329-0.3803-0.2260.26890.24870.33650.07410.02010.4985-0.02510.307365.45377.310516.4233
182.49632.5507-0.86356.0941-1.46632.3839-0.00140.3715-0.4087-0.2376-0.0314-0.32720.32710.40440.21970.40920.11710.06560.492-0.00520.333862.3120.578712.2508
191.78470.84910.33960.44520.07691.1956-0.11820.21340.0618-0.2280.1822-0.1218-0.10750.2648-0.0480.40060.08730.03950.4512-0.00610.349656.13957.750312.0275
202.62290.87761.23797.39775.25333.8771-0.06240.11080.26040.3536-0.00340.04730.2407-0.04340.03060.37970.0490.04130.39530.01070.355846.923811.805415.687
211.1252-0.23390.41560.98530.75542.17210.02950.1501-0.0283-0.1757-0.12550.00890.1645-0.05710.0830.31120.02180.04920.3490.02280.282349.41376.352624.0738
224.31614.4172-3.7725.1296-5.83499.0053-0.3280.5101-0.0469-0.4380.24-0.33440.2516-0.09880.0320.30660.13390.10740.5059-0.09220.40953.01195.7535-1.5948
232.126-0.0692-0.45491.52770.15652.741-0.0699-0.18950.41130.18950.0435-0.3622-0.25030.23570.00780.3078-0.0159-0.04110.2581-0.0280.464452.58936.162842.0606
244.4647-2.34040.8851.37070.04052.261-0.403-0.4984-0.20030.4070.52140.3372-0.4208-0.8434-0.14910.46540.01230.02230.4682-0.05120.48335.742137.750646.9724
251.0093-1.01441.08751.6196-0.59921.15730.04470.01950.2227-0.0741-0.1164-0.0603-0.1308-0.02560.08550.31950.00780.01250.30130.00020.420138.869831.296431.0749
268.8025-1.7877-1.164.54421.16260.353-0.2432-0.81070.633-0.00710.12030.4109-0.7194-0.75-0.03980.51630.0637-0.07420.3174-0.08020.483917.774847.03434.2185
271.28580.31650.5042.1013-0.88562.5066-0.0658-0.05850.1442-0.0769-0.07410.4757-0.2083-0.39120.09760.30740.0337-0.04950.4323-0.08230.47531.170326.06517.4588
283.50820.7470.36635.5573-0.88726.1289-0.13250.02570.62250.0014-0.05830.1377-0.92150.0650.26690.35970.1184-0.08790.3237-0.07750.43356.302638.788221.9825
290.6199-0.43760.71861.21950.462.4235-0.0446-0.08250.1480.0758-0.04830.0666-0.0791-0.08180.09780.29980.0074-0.01740.3292-0.05720.386217.011825.823827.4301
304.6904-0.35241.10112.1579-2.52266.2644-0.1486-0.35890.55480.2827-0.07310.1125-0.6773-0.0250.22560.57810.08040.03040.4208-0.12520.450125.57746.956837.714
311.46371.7539-1.10743.32770.48713.7185-0.31760.0430.72660.00990.2164-0.03890.1378-0.17910.05350.4322-0.0049-0.10720.2882-0.03840.248615.5538-2.58599.2318
328.7786-0.7704-1.86751.08450.1483.16230.05530.61940.4611-0.37930.07220.23760.0838-0.3667-0.18830.57940.0027-0.12530.4618-0.04410.40410.2061-5.28021.2388
333.84220.1624-0.48281.4308-0.35452.70750.17290.1518-0.3257-0.25890.04790.18680.4496-0.3655-0.15080.4777-0.0699-0.15180.36920.01290.37268.863-10.01528.9077
346.7472-2.0116-2.50092.57480.25966.10640.121-0.0523-0.7567-0.1059-0.07720.330.5813-0.38840.04130.5439-0.1279-0.20250.2988-0.00670.4669.3104-17.820914.5644
358.8104-1.8053-1.32553.4268-1.01416.2386-0.2711-1.1340.1510.7260.59870.3753-0.1505-0.782-0.34270.4517-0.0002-0.09440.6033-0.00280.41367.0238-9.431426.009
361.4985-0.86670.7261.5602-0.99690.42190.065-0.008-0.0351-0.0866-0.0170.02630.1874-0.0759-0.01240.4069-0.0078-0.05050.3429-0.01620.341321.34-3.674821.0465
372.3632-1.22850.62212.8872-1.03781.37310.31220.2687-0.0764-0.4193-0.3401-0.22740.51380.10560.09420.4680.0338-0.00230.43450.00080.45334.2741-11.646116.2223
389.32640.3584-4.0375.6861-0.55162.30870.1059-0.5526-0.40950.97270.15810.08420.4750.0804-0.24460.5945-0.108-0.15820.46680.05570.546321.253-16.831841.9637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 12 THROUGH 28 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 29 THROUGH 49 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 50 THROUGH 141 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 142 THROUGH 210 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 211 THROUGH 267 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 268 THROUGH 308 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 12 THROUGH 120 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 121 THROUGH 163 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 164 THROUGH 267 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 268 THROUGH 307 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 12 THROUGH 28 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 29 THROUGH 49 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 50 THROUGH 67 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'C' AND (RESID 68 THROUGH 82 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'C' AND (RESID 83 THROUGH 105 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'C' AND (RESID 106 THROUGH 120 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'C' AND (RESID 121 THROUGH 141 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'C' AND (RESID 142 THROUGH 163 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'C' AND (RESID 164 THROUGH 192 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'C' AND (RESID 193 THROUGH 210 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'C' AND (RESID 211 THROUGH 258 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'C' AND (RESID 259 THROUGH 307 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'D' AND (RESID 12 THROUGH 131 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'D' AND (RESID 132 THROUGH 151 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'D' AND (RESID 152 THROUGH 267 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'D' AND (RESID 268 THROUGH 307 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'E' AND (RESID 12 THROUGH 105 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'E' AND (RESID 106 THROUGH 151 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'E' AND (RESID 152 THROUGH 268 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'E' AND (RESID 269 THROUGH 307 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'F' AND (RESID 12 THROUGH 28 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN 'F' AND (RESID 29 THROUGH 49 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN 'F' AND (RESID 50 THROUGH 105 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'F' AND (RESID 106 THROUGH 131 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN 'F' AND (RESID 132 THROUGH 151 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'F' AND (RESID 152 THROUGH 251 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN 'F' AND (RESID 252 THROUGH 267 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN 'F' AND (RESID 268 THROUGH 307 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る