PDB-5g2q: The crystal structure of a S-selective transaminase from Arthroba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g2q

タイトル

The crystal structure of a S-selective transaminase from Arthrobacter sp. with alanine bound

要素

TRANSAMINASE

キーワード

TRANSFERASE / TRANSAMINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ARTHROBACTER SP. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

van Oosterwijk, N. / Willies, S. / Hekelaar, J. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Turner, N.J. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Substrate Range and Enantioselectivity of Two S-Selective Omega- Transaminases
著者: Van Oosterwijk, N. / Willies, S. / Hekelaar, J. / Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Turner, N.J. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2016年4月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5g2q.cif.gz	2.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5g2q.ent.gz	1.8 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g2q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/5g2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/5g2q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5g09C 5g0aC 5g2pC 3gjuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5g2p-d 4e3r-d 5g0a-d 6s54-d 5g09-d 6gio-d 4e3q-d 3n5m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRANSAMINASE

B: TRANSAMINASE

C: TRANSAMINASE

D: TRANSAMINASE

E: TRANSAMINASE

F: TRANSAMINASE

G: TRANSAMINASE

H: TRANSAMINASE

I: TRANSAMINASE

J: TRANSAMINASE

K: TRANSAMINASE

L: TRANSAMINASE

ヘテロ分子

654 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: TRANSAMINASE

F: TRANSAMINASE

G: TRANSAMINASE

H: TRANSAMINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

I: TRANSAMINASE

J: TRANSAMINASE

K: TRANSAMINASE

L: TRANSAMINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: TRANSAMINASE

B: TRANSAMINASE

C: TRANSAMINASE

D: TRANSAMINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.278, 99.814, 217.337
Angle α, β, γ (deg.)	81.58, 89.12, 74.49
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	TRANSAMINASE 分子量: 54203.145 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE COVALENTLY BOUND ALANINE / 由来: (組換発現) ARTHROBACTER SP. (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: A0A1C7D191*PLUS, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-PDA / 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-PROPIONIC ACID / PYRIDOXYL-ALANINE-5-PHOSPHATE / N-[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-4-イルメチル]-L-アラニン分子量: 320.236 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇N₂O₇P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 790 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	ALANINE COVALENTLY BOUND TO PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLA): ALANINE COVALENTLY BOUND TO PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.25 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5 詳細: 15% PEG 3350 0.2 M NA-MALONATE 100 MM MMT BUFFER (DL-MALIC ACID, MES AND TRIS BASE) PH 5.0, 10 MM PLP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.71
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.71 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→43 Å / Num. obs: 214456 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GJU

3gju

解像度: 2.3→47.96 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	10758	5 %	RANDOM
R_work	0.1916	-	-	-
obs	-	203694	93.7 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	43519	0	252	790	44561

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2533	-0.2495	0.0012	0.5831	-0.2204	0.8567	0.072	-0.1694	0.1221	0.1891	-0.0351	0.0308	-0.0899	0.0009	-0.0369	0.6294	0.3472	0.1518	0.3021	0.0581	0.0556	-31.012	38.009	50.502
2	1.1051	0.0082	-0.3069	1.0693	-0.0713	0.7609	0.0867	0.2514	-0.0102	-0.1884	-0.0613	-0.0447	0.0151	0.0668	-0.0254	0.5985	0.4351	0.1404	0.3726	0.0906	0.0358	-24.067	27.961	21.315
3	1.1787	-0.2155	0.1166	0.7401	0.0798	0.6818	-0.0015	-0.3455	-0.1585	0.244	0.0154	-0.0134	-0.0003	0.0973	-0.0139	0.6442	0.3714	0.1169	0.4212	0.169	0.1322	-10.82	-0.709	68.141
4	1.048	0.037	-0.0774	1.2416	-0.1256	0.7527	0.0624	0.1086	-0.3855	-0.168	-0.0795	0.079	0.1621	0.0641	0.0171	0.6228	0.4335	0.1144	0.3092	0.0612	0.2621	-11.223	-13.593	39.098
5	0.8416	0.2073	-0.2593	1.2629	-0.2126	1.0131	0.0591	0.3891	0.1177	-0.3721	-0.0067	0.1123	-0.0683	-0.0016	-0.0524	0.7546	0.4389	0.0826	0.5931	0.1427	0.1179	-25.619	-7.633	-51.154
6	1.5105	-0.2666	-0.052	0.8056	-0.1564	0.8622	0.0726	-0.0316	0.3429	0.1319	-0.0169	0.1759	-0.2285	-0.0628	-0.0557	0.7071	0.411	0.1895	0.325	0.0677	0.292	-26.772	4.291	-21.704
7	0.9705	0.655	0.1378	1.9202	0.0124	0.93	-0.0552	0.3515	-0.2681	-0.2845	0.1395	-0.088	0.1537	0.0704	-0.0843	0.6946	0.4504	0.1346	0.4593	-0.0016	0.1138	-9.982	-48.486	-33.202
8	1.458	0.339	0.3865	1.5097	0.2382	0.8208	0.1389	-0.1256	-0.0303	0.4091	-0.0778	-0.1441	-0.0218	0.1003	-0.061	0.7311	0.3899	0.099	0.3509	0.0948	0.0449	-4.379	-33.746	-5.841
9	1.6192	0.8854	0.273	2.4179	0.4652	0.7706	-0.1159	0.4566	-0.239	-0.4405	0.2441	-0.3549	-0.0531	0.0595	-0.1282	0.7285	0.3402	0.2289	0.5834	-0.0794	0.2012	-26.673	-42.751	92.655
10	1.8756	0.1039	0.2081	1.2571	0.2942	0.7513	0.2615	-0.2996	-0.4398	0.5735	-0.1311	-0.4669	0.2435	0.0684	-0.1303	0.9493	0.295	-0.0345	0.5062	0.1315	0.442	-20.233	-52.683	121.878
11	2.0787	1.8172	0.6293	3.7951	1.1025	1.0631	-0.0184	-0.0066	1.1427	-0.251	-0.2311	1.1073	-0.34	-0.1156	0.2495	0.7739	0.4004	0.1642	0.4465	-0.0388	0.8264	-40.004	-1.074	109.951
12	2.0689	1.0761	0.0947	2.2425	0.369	0.8001	0.6168	-0.8587	0.6226	1.1915	-0.8234	0.6343	0.1828	-0.2802	0.2066	1.3875	-0.0709	0.5452	0.9943	-0.403	0.3849	-40.766	-13.98	139.014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 1000
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 1000
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	7 - 1000
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 1000
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	7 - 1000
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	7 - 1000
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	7 - 1000
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	7 - 1000
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	7 - 1000
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	7 - 1000
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	7 - 1000
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	8 - 1000

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