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- PDB-5g2e: Structure of the Nap1 H2A H2B complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g2e
タイトルStructure of the Nap1 H2A H2B complex
要素
  • HISTONE H2A TYPE 1
  • HISTONE H2B 1.1
  • NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN 1 / HISTONE / H2A-H2B / CHROMATIN / NUCLEOSOME ASSEMBLY
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cell division site after cytokinesis / Gin4 complex / cellular bud neck septin collar / somatic cell DNA recombination / budding cell bud growth / septin ring assembly / septum digestion after cytokinesis / nucleosome disassembly / NLS-bearing protein import into nucleus / cell division site ...protein localization to cell division site after cytokinesis / Gin4 complex / cellular bud neck septin collar / somatic cell DNA recombination / budding cell bud growth / septin ring assembly / septum digestion after cytokinesis / nucleosome disassembly / NLS-bearing protein import into nucleus / cell division site / positive regulation of microtubule polymerization / enzyme activator activity / cyclin binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / structural constituent of chromatin / nucleosome / unfolded protein binding / nucleosome assembly / ribosomal small subunit biogenesis / histone binding / protein heterodimerization activity / chromatin binding / chromatin / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP) / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A ...Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP) / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Nucleosome assembly protein
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者AguilarGurrieri, C. / Larabi, A. / Vinayachandran, V. / Patel, N.A. / Yen, K. / Reja, R. / Ebong, I.O. / Schoehn, G. / Robinson, C.V. / Pugh, B.F. / Panne, D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2016
タイトル: Structural Evidence for Nap1-Dependent H2A-H2B Deposition and Nucleosome Assembly.
著者: Aguilar-Gurrieri, C. / Larabi, A. / Vinayachandran, V. / Patel, N.A. / Yen, K. / Reja, R. / Ebong, I. / Schoehn, G. / Robinson, C.V. / Pugh, B.F. / Panne, D.
履歴
登録2016年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
B: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
C: HISTONE H2A TYPE 1
D: HISTONE H2B 1.1
E: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
F: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
G: HISTONE H2A TYPE 1
H: HISTONE H2B 1.1
I: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
J: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
K: HISTONE H2A TYPE 1
L: HISTONE H2B 1.1
M: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
N: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
O: HISTONE H2A TYPE 1
P: HISTONE H2B 1.1
Q: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
R: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
S: HISTONE H2A TYPE 1
T: HISTONE H2B 1.1
U: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
V: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
W: HISTONE H2A TYPE 1
X: HISTONE H2B 1.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)571,41524
ポリマ－571,41524
非ポリマー00
水00
1
I: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
J: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
K: HISTONE H2A TYPE 1
L: HISTONE H2B 1.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2364
ポリマ－95,2364
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15650 Å2
ΔGint-115.5 kcal/mol
Surface area40750 Å2
手法PQS
2
E: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
F: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
G: HISTONE H2A TYPE 1
H: HISTONE H2B 1.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2364
ポリマ－95,2364
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15380 Å2
ΔGint-105.6 kcal/mol
Surface area40960 Å2
手法PQS
3
A: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
B: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
C: HISTONE H2A TYPE 1
D: HISTONE H2B 1.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2364
ポリマ－95,2364
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15930 Å2
ΔGint-117.6 kcal/mol
Surface area40720 Å2
手法PQS
4
Q: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
R: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
S: HISTONE H2A TYPE 1
T: HISTONE H2B 1.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2364
ポリマ－95,2364
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15560 Å2
ΔGint-114.2 kcal/mol
Surface area41130 Å2
手法PQS
5
U: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
V: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
W: HISTONE H2A TYPE 1
X: HISTONE H2B 1.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2364
ポリマ－95,2364
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15510 Å2
ΔGint-111.1 kcal/mol
Surface area40820 Å2
手法PQS
6
M: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
N: NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN
O: HISTONE H2A TYPE 1
P: HISTONE H2B 1.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2364
ポリマ－95,2364
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15240 Å2
ΔGint-101.9 kcal/mol
Surface area40750 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)111.470, 211.130, 126.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN / NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN 1


分子量: 36084.996 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25293
#2: タンパク質
HISTONE H2A TYPE 1 / HISTONE H2A


分子量: 11754.768 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06897
#3: タンパク質
HISTONE H2B 1.1 / H2B1.1 / HISTONE H2B


分子量: 11311.154 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02281

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 10-15% W/V PEG3350; 200 MM LICL

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID14-410.9749
シンクロトロンESRF ID23-120.9749
シンクロトロンESRF ID23-230.9749
検出器
タイプID検出器日付
ADSC CCD1CCD2010年12月19日
DECTRIS PIXEL2PIXEL
DECTRIS PIXEL3PIXEL
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
3Mx-ray1
放射波長波長: 0.9749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.7→50 Å / Num. obs: 10467 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 6.7→7 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z2R

2z2r


解像度: 6.7→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: COORDINATE REFINEMENT WAS DONE USING DEFORMABLE ELASTIC NETWORK (DEN) REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 508 4.9 %RANDOM
Rwork0.2626 ---
obs0.2626 10150 97 %-
溶媒の処理Bsol: 290.909 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-58.759 Å20 Å223.489 Å2
2---40.819 Å20 Å2
3----17.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32814 0 0 0 32814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.002846
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.7527
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPARPROTEIN_REP.PARAMCNS_TOPPARPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2AA
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPARWATER_REP.PARAMCNS_TOPPARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPARION.PARAMCNS_TOPPARION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPARCARBOHYDRATE.PARAMCNS_TOPPARCARBOHYDRATE.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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