PDB-5g10: Pseudomonas aeruginosa HDAH bound to 9,9,9 trifluoro-8,8-dihydroy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g10

タイトル

Pseudomonas aeruginosa HDAH bound to 9,9,9 trifluoro-8,8-dihydroy-N-phenylnonanamide

要素

HDAH

キーワード

HYDROLASE / HDAH / HDAC / HDLP

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / hydrolase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Kraemer, A. / Meyer-Almes, F.J. / Yildiz, O.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of a Histone Deacetylase Homologue from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Kramer, A. / Wagner, T. / Yildiz, O. / Meyer-Almes, F.J.

履歴

登録	2016年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5g10.cif.gz	317.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5g10.ent.gz	260 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5g10_validation.pdf.gz	893.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5g10_full_validation.pdf.gz	907.7 KB	表示
XML形式データ	5g10_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	5g10_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/5g10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/5g10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5g0xSC 5g0yC 5g11C 5g12C 5g13C 5g14 PDB 未公開エントリ 5g17 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5g11-1 5g0y-1 5g12-1 5g13-1 5fr9-3 1zd4-1 4ii3-2 3wka-1 4y2p-1 3wk9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HDAH

B: HDAH

ヘテロ分子

82.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HDAH

B: HDAH

ヘテロ分子

A: HDAH

B: HDAH

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.740, 81.740, 205.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	HDAH 分子量: 40967.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PA01 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HXM1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-6DK / 9,9,9-tris(fluoranyl)-8,8-bis(oxidanyl)-~{N}-phenyl-nonanamide 分子量: 319.319 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₀F₃NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97902
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97902 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→75.94 Å / Num. obs: 75585 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 1.71→1.75 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5G0X

5g0x

解像度: 1.71→75.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 5.348 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19366	3771	5 %	RANDOM
R_work	0.15787	-	-	-
obs	0.15967	71707	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.653 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→75.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5683	0	50	626	6359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	5901
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	5520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.455	1.961	7966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.204	3	12624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.92	5	744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.745	22.624	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.721	15	866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.072	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	847
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	6818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.823	1.096	2982
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.821	1.096	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.052	1.646	3726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.95	1.241	2918
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.005	3	11421
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	17.34	5	160
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.899	5	11719

LS精密化シェル

解像度: 1.714→1.759 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	267	-
R_work	0.239	5227	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0345	-2.0296	-2.4226	5.4522	3.3762	5.5629	-0.0529	-0.1856	0.0051	0.125	0.0842	-0.1723	0.0421	0.2287	-0.0314	0.0203	0.0034	-0.0345	0.1455	0.0178	0.0655	-8.7843	2.322	22.9786
2	3.0244	-0.3494	-1.8645	3.2873	-0.2582	5.9515	-0.0914	-0.4105	-0.0848	0.2916	-0.0063	0.0567	0.3667	0.0623	0.0977	0.1225	-0.0104	-0.0035	0.0767	0.0113	0.1356	-11.6341	-1.739	-6.0176
3	3.6401	1.9775	0.057	1.4619	-0.2328	0.2011	0.004	0.0164	-0.2229	-0.0421	-0.0144	-0.1626	0.0762	0.032	0.0104	0.106	0.0355	-0.0215	0.0599	0.0059	0.0954	-12.4619	0.1555	19.2004
4	1.7481	0.6424	0.0564	3.2088	1.5756	3.1349	-0.0337	0.1026	-0.23	-0.1122	-0.0201	-0.0124	0.2354	-0.0308	0.0538	0.0593	0.0231	-0.0078	0.099	0.0151	0.0736	-17.7159	-4.6878	17.106
5	2.8174	-0.0328	-1.0978	3.4791	0.326	4.1056	0.0053	-0.0807	-0.0247	0.0704	0.035	0.1451	0.1424	-0.0894	-0.0403	0.0088	-0.0033	-0.0085	0.0202	0.0144	0.0591	-26.3048	-0.4942	19.3216
6	1.3617	0.3804	-0.6285	0.7399	-0.6342	1.4251	0.0059	-0.0873	0.144	0.102	0.0423	0.1065	-0.0956	-0.0799	-0.0481	0.0191	0.0134	0.0069	0.0198	-0.0096	0.03	-26.6462	15.1824	15.6343
7	3.3469	1.2611	-1.3635	0.8886	-0.8314	3.08	0.0611	-0.158	0.171	0.1143	-0.0565	0.0066	-0.1518	0.0662	-0.0046	0.0478	0.0154	-0.023	0.0287	-0.0109	0.0285	-12.0527	14.6503	21.1809
8	3.2322	0.1358	-0.9176	1.7013	-0.6043	1.4302	0.0475	-0.2025	0.3588	0.0944	0.0012	0.1307	-0.1941	-0.0299	-0.0487	0.1098	-0.0012	-0.0214	0.0261	-0.0248	0.0617	-22.246	27.536	8.4158
9	5.5411	-1.7072	3.7101	2.111	-2.3673	5.6201	0.0528	0.0713	-0.1735	-0.1885	-0.0849	0.0188	0.1064	-0.0398	0.0321	0.1157	0.0148	0.0111	0.0133	-0.0166	0.0737	-0.4115	9.9557	-23.0215
10	2.7348	-0.9968	-0.5938	2.2604	-0.3834	6.7018	0.0685	0.2189	-0.0014	-0.3814	0.0026	-0.108	-0.1799	0.3563	-0.071	0.1052	-0.0257	-0.0109	0.1202	-0.0138	0.1342	3.2703	13.4271	6.0992
11	2.2976	1.7401	0.0403	3.1632	0.2393	0.1221	0.077	-0.1763	-0.0329	0.1871	-0.0215	-0.1806	0.0281	0.0596	-0.0555	0.0755	0.0413	0.0008	0.075	-0.0009	0.1094	4.7167	15.4931	-16.0559
12	2.1311	0.0723	0.5652	2.0631	0.295	2.4645	0.0533	-0.0338	0.0428	0.0245	-0.0141	-0.2311	0.0747	0.0755	-0.0393	0.0209	0.012	0.0228	0.0104	0.015	0.0618	3.3541	21.3716	-19.2036
13	0.6428	0.2149	-0.2438	1.3027	-0.2501	1.1768	0.0237	0.0684	0.0364	-0.1076	-0.0264	0.0231	-0.0242	-0.0193	0.0027	0.0183	0.0043	-0.0099	0.0106	0.0082	0.019	-12.1943	25.4254	-17.7289
14	1.5164	-0.6923	-1.3227	2.2395	1.5153	1.6354	-0.0497	0.2179	-0.1813	-0.2231	-0.1857	0.3211	-0.0118	-0.2522	0.2354	0.1103	-0.0059	-0.0616	0.0966	0.0057	0.0931	-25.3445	14.0085	-9.4438
15	2.7616	0.3707	-0.5054	3.3403	-0.4013	6.7539	-0.0398	0.1643	-0.0445	-0.1832	-0.0337	0.0649	-0.134	-0.1903	0.0735	0.08	0.0259	-0.0171	0.0665	0.0321	0.1056	-24.0947	35.1557	-18.2481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	37 - 84
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	85 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	142 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	174 - 296
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	297 - 337
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	338 - 371
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	2 - 17
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	18 - 35
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	36 - 101
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	102 - 168
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	169 - 332
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	333 - 358
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	359 - 377

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)