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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g0y | ||||||
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タイトル | Pseudomonas aeruginosa HDAH unliganded. | ||||||
![]() | HDAH | ||||||
![]() | HYDROLASE / HDAH / HDAC / HDLP | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / hydrolase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kraemer, A. / Meyer-Almes, F.J. / Yildiz, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Histone Deacetylase Homologue from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Kramer, A. / Wagner, T. / Yildiz, O. / Meyer-Almes, F.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40967.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.32 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→75.67 Å / Num. obs: 31717 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.29→2.37 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ZZ0 解像度: 2.29→75.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 7.748 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.421 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29→75.67 Å
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拘束条件 |
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