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万見
- PDB-5fyp: Calcium-dependent phosphoinositol-specific phospholipase C from a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fyp
タイトルCalcium-dependent phosphoinositol-specific phospholipase C from a Gram-negative bacterium, Pseudomonas sp, apo form, crystal form 2
要素PHOSPHOINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C
キーワードHYDROLASE / PI-PLC / BACTERIAL / PSEUDOMONAS / GRAM-NEGATIVE / CALCIUM-DEPENDENT / APO FORM
機能・相同性Phosphoinositide phospholipase C, Ca2+-dependent / Phosphoinositide phospholipase C, Ca2+-dependent / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / Phosphoinositol-specific phospholipase c
機能・相同性情報
生物種PSEUDOMONAS SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Moroz, O.V. / Blagova, E. / Lebedev, A.A. / Norgaard, A. / Segura, D.R. / Blicher, T.H. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: The structure of a calcium-dependent phosphoinositide-specific phospholipase C from Pseudomonas sp. 62186, the first from a Gram-negative bacterium.
著者: Moroz, O.V. / Blagova, E. / Lebedev, A.A. / Nrgaard, A. / Segura, D.R. / Blicher, T.H. / Brask, J. / Wilson, K.S.
履歴
登録2016年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C
B: PHOSPHOINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C
C: PHOSPHOINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C
D: PHOSPHOINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,17618
ポリマ－131,1014
非ポリマー1,07514
水33,2021843
1
A: PHOSPHOINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1826
ポリマ－32,7751
非ポリマー4065
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PHOSPHOINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0765
ポリマ－32,7751
非ポリマー3004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PHOSPHOINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1045
ポリマ－32,7751
非ポリマー3284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PHOSPHOINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8152
ポリマ－32,7751
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.210, 135.210, 112.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNPHEPHEAA2 - 2982 - 298
21GLNGLNPHEPHEBB2 - 2982 - 298
12GLNGLNPHEPHEAA2 - 2982 - 298
22GLNGLNPHEPHECC2 - 2982 - 298
13GLNGLNPHEPHEAA2 - 2982 - 298
23GLNGLNPHEPHEDD2 - 2982 - 298
14GLNGLNPROPROBB2 - 2972 - 297
24GLNGLNPROPROCC2 - 2972 - 297
15GLNGLNPROPROBB2 - 2972 - 297
25GLNGLNPROPRODD2 - 2972 - 297
16ALAALAPHEPHECC1 - 2981 - 298
26ALAALAPHEPHEDD1 - 2981 - 298

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PHOSPHOINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C


分子量: 32775.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SP. (バクテリア) / 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A1S4NYD4*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 1857分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.8 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10
詳細: PEG3350 24-27%, CAPS/BICINE MIX PH 9.0-10 GRID, BEST CRYSTALS CLOSER TO PH 10, SEEDING FROM PACT H4 (0.2M KSCN, 20% PEG3350, BIS TRIS PROPANE PH 8.5), ORYX ROBOT, 24 WELL PLATE, HANGING DROPS

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→67.61 Å / Num. obs: 346088 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FYO

5fyo


解像度: 1.17→67.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.949 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. RESIDUES A 74-77, A 86-90, B 88-90, C 88-90 ARE DISORDERED. DISORDERED REGIONS NOT MODELLED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1476 17243 5 %RANDOM
Rwork0.1248 ---
obs0.12594 328719 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.925 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.17→67.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9131 0 56 1843 11030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0199814
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.028873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.91713325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.153320424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.30951265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0124.855484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.188151558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2491542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02111695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.022479
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7060.9824900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7040.9824897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8721.4776161
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8731.4776162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7811.1824913
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7811.1824914
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.16835.6347146
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.85210.88513416
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.67913182
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr22.483318676
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free39.0035337
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.103519878
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A357400.07
12B357400.07
21A352240.09
22C352240.09
31A355340.08
32D355340.08
41B354960.09
42C354960.09
51B352480.09
52D352480.09
61C353780.1
62D353780.1
LS精密化 シェル解像度: 1.17→1.2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 1298 -
Rwork0.209 24067 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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