PDB-5fyl: Crystal Structure at 3.7 A Resolution of Fully Glycosylated HIV-1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fyl

タイトル

Crystal Structure at 3.7 A Resolution of Fully Glycosylated HIV-1 Clade A BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer in Complex with Broadly Neutralizing Antibodies PGT122 and 35O22

要素

(35O22 ANTIBODY FAB ...) x 2
(BG505 GP120 ENV ...) x 2
(PGT122 ANTIBODY FAB ...) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV / ENVELOPE / GLYCAN / TRIMER

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Stewart-Jones, G.B.E. / Zhou, T. / Thomas, P.V. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2016
タイトル: Trimeric HIV-1-Env Structures Define Glycan Shields from Clades A, B and G
著者: Stewart-Jones, G.B.E. / Soto, C. / Lemmin, T. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Kong, R. / Thomas, P.V. / Wagh, K. / Zhou, T. / Behrens, A.J. / Bylund, T. / Choi, C.W. / Davison, J.R. / Georgiev, I. ...

履歴

登録	2016年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月11日	Group: Database references / Other / Refinement description
改定 1.3	2016年5月18日	Group: Database references
改定 1.4	2016年7月20日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
改定 1.5	2016年8月3日	Group: Structure summary
改定 1.6	2017年7月12日	Group: Advisory / Derived calculations カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5fyl.ent.gz	529.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5fyl_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fyl_full_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示
XML形式データ	5fyl_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	5fyl_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/5fyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/5fyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fyjC 5fykC 4tvpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5t3s-1 6de7-1 5v7j-1 5uty-1 4tvp-1 5utf-1 5w6d-1 6utk-1 6ch8-1 6ch7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (7) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (7) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (6)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (7)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (7)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (6)

登録構造単位

B: BG505 GP120 ENV ECTODOMAIN

D: 35O22 ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN

E: 35O22 ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN

G: BG505 GP120 ENV ECTODOMAIN

H: PGT122 ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN

L: PGT122 ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

191 kDa, 6 ポリマー
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1

B: BG505 GP120 ENV ECTODOMAIN

D: 35O22 ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN

E: 35O22 ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN

G: BG505 GP120 ENV ECTODOMAIN

H: PGT122 ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN

L: PGT122 ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

B: BG505 GP120 ENV ECTODOMAIN

D: 35O22 ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN

E: 35O22 ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN

G: BG505 GP120 ENV ECTODOMAIN

H: PGT122 ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN

L: PGT122 ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

B: BG505 GP120 ENV ECTODOMAIN

D: 35O22 ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN

E: 35O22 ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN

G: BG505 GP120 ENV ECTODOMAIN

H: PGT122 ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN

L: PGT122 ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
572 kDa, 18 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	129.780, 129.780, 313.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
BG505 GP120 ENV ... , 2種, 2分子 BG

#1: タンパク質	BG505 GP120 ENV ECTODOMAIN 分子量: 17146.482 Da / 分子数: 1 / 断片: GP120 ENV ECTODOMAIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Cell: T-CELL / 遺伝子: ENV / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T GNTI- / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6
#4: タンパク質	BG505 GP120 ENV ECTODOMAIN 分子量: 54064.277 Da / 分子数: 1 / 断片: GP120 ENV ECTODOMAIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Cell: T-CELL / 遺伝子: ENV / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T GNTI- / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

#1: タンパク質

BG505 GP120 ENV ECTODOMAIN

分子量: 17146.482 Da / 分子数: 1 / 断片: GP120 ENV ECTODOMAIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Cell: T-CELL / 遺伝子: ENV / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T GNTI- / 発現宿主:

HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

#4: タンパク質

BG505 GP120 ENV ECTODOMAIN

分子量: 54064.277 Da / 分子数: 1 / 断片: GP120 ENV ECTODOMAIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Cell: T-CELL / 遺伝子: ENV / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T GNTI- / 発現宿主:

HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

-
抗体 , 4種, 4分子 DEHL

#2: 抗体	35O22 ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN 分子量: 26170.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B-CELL / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 抗体	35O22 ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23318.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B-CELL / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#5: 抗体	PGT122 ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN 分子量: 26465.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B-CELL / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T GNTI- / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#6: 抗体	PGT122 ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN 分子量: 22880.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B-CELL / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T GNTI- / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)

-
糖 , 15種, 22分子

#7: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#8: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#9: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#10: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1_h2-i1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#11: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#12: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#13: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#14: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_g2-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#15: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#16: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#17: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-j1_h2-i1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#18: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#19: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-6DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d6-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#20: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#21: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 0.18 M LI2SO4, 4.79% PEG 1500, 14.4% ISOPROPANOL, 10 MM YTTRIUM CHLORIDE, 0.09 M SODIUM ACETATE PH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 53617 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 4.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4TVP

4tvp

解像度: 3.1→40.998 Å / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.29 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3072	1710	5.4 %
R_work	0.2503	-	-
obs	0.2537	31517	58.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→40.998 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11344	0	1374	0	12718

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	13142
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.961	18065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.97	5069
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	2366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2081

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1003-3.2003	0.3631	31	0.3202	566	X-RAY DIFFRACTION	12
3.2003-3.3145	0.3897	38	0.3151	773	X-RAY DIFFRACTION	16
3.3145-3.4471	0.3733	61	0.3167	1071	X-RAY DIFFRACTION	22
3.4471-3.6038	0.36	76	0.2996	1425	X-RAY DIFFRACTION	29
3.6038-3.7936	0.3538	107	0.2963	1967	X-RAY DIFFRACTION	41
3.7936-4.0309	0.3313	152	0.2733	2775	X-RAY DIFFRACTION	57
4.0309-4.3414	0.3197	186	0.2485	3381	X-RAY DIFFRACTION	69
4.3414-4.7772	0.2676	203	0.2264	4000	X-RAY DIFFRACTION	82
4.7772-5.4657	0.2763	241	0.2295	4627	X-RAY DIFFRACTION	94
5.4657-6.8759	0.3341	246	0.2608	4649	X-RAY DIFFRACTION	95
6.8759-32.9447	0.2917	253	0.2388	4673	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6173	0.0255	-0.9224	2.0006	-1.1082	1.8659	-0.0427	-0.4888	0.257	0.474	-0.0884	0.3823	-0.4427	-0.3133	-0.1057	-0.0866	0.6771	-0.3927	-0.3722	0.3154	1.1356	51.7651	34.429	19.7997
2	2.9502	2.1412	0.8624	2.8874	0.872	0.4473	-0.2175	-0.4594	-0.3639	0.1636	-0.0668	0.2714	0.1782	0.1778	-0.1262	0.905	0.2805	0.2485	1.0492	-0.1147	0.5967	48.2085	44.1974	30.6465
3	2.0695	-0.6789	0.1742	1.6333	0.1386	0.6018	0.0989	-0.1896	-0.2306	0.3078	-0.0193	0.8496	-0.2869	-0.2322	-0.0731	1.2858	-0.3497	0.284	1.884	-0.3197	1.3381	8.9862	24.2338	30.4309
4	0.4249	0.1915	0.4619	0.3812	0.2068	0.4958	0.0809	0.0182	0.2887	0.137	-0.1696	0.1986	-0.2689	-0.0781	0.0439	2.6018	0.0512	0.0655	2.2269	-0.0537	2.3883	-11.5653	42.2785	26.8062
5	1.7508	-0.2592	0.735	1.1757	0.5813	0.7153	0.1093	-0.2528	0.2444	0.6574	0.0574	0.2851	0.0442	-0.0674	-0.1116	1.6584	0.1192	0.4866	1.9241	-0.1309	1.3651	19.1938	32.5451	48.9448
6	0.0741	-0.1135	0.0231	0.1597	-0.036	0.0118	0.2179	-0.1112	0.0833	0.2348	-0.1356	-0.0603	0.1173	-0.2882	-0.1004	2.5938	0.1995	0.4094	2.2643	0.1536	2.2198	-12.3338	43.2307	41.8049
7	0.7636	-1.062	0.2052	1.5257	-0.1141	0.7167	0.2155	-0.2629	0.1465	0.2396	-0.125	0.4398	0.229	0.0241	-0.086	2.5341	0.145	0.2858	2.3936	0.0906	2.7171	-19.6704	41.6238	44.7501
8	2.9742	0.0032	0.2077	2.527	-1.5819	0.9765	-0.0414	0.7964	-0.2822	-0.596	-0.5273	-0.0404	0.0961	0.0347	0.3927	0.2995	0.068	0.3974	0.6042	-0.1333	1.3174	52.2892	26.9776	6.3487
9	1.2089	-0.0087	-0.6626	0.8728	-0.0561	1.6092	-0.5909	0.6902	-0.0606	-2.6715	0.2825	0.8009	0.5813	-0.9902	0.1047	-2.3608	0.7773	0.278	0.5555	-0.3494	0.7854	47.0112	24.3692	-20.5343
10	0.5494	-0.0722	0.2857	0.193	0.1097	0.8185	-0.1487	0.0683	0.095	-0.598	0.8215	1.0612	-0.5211	-2.0279	0.0136	-1.0217	-0.3171	0.1834	0.2198	-0.4336	1.3874	35.0896	20.0681	-16.0738
11	0.0492	-0.3958	0.4574	2.9573	-3.2557	3.5634	-0.0242	-0.1877	-0.3535	-0.4383	0.0872	0.4506	-0.1387	-0.3353	-0.0816	1.8272	0.1453	0.2823	2.0342	-0.2665	1.4777	23.7567	-12.8711	-69.3562
12	1.9247	-2.5307	1.417	5.5292	-3.0296	1.682	-0.1176	-0.1832	0.1068	0.5994	0.3926	0.4021	-0.5199	-0.491	-0.195	1.604	0.176	0.1523	1.5414	-0.6843	1.004	29.0228	-3.8692	-64.2703
13	0.0757	-0.2561	-0.2929	1.2977	0.7913	1.2115	-0.0429	0.2555	-0.4747	-0.9549	-0.0726	0.5017	-0.016	-0.5115	0.494	0.9668	-0.1035	0.2699	1.54	-0.6948	1.2297	29.5117	-6.2247	-57.3926
14	0.3646	-0.3493	0.188	1.2937	0.4143	0.4011	0.2712	-0.2103	-0.1264	-0.1284	-0.1676	-0.1878	-0.3066	0.2651	-0.2086	1.4493	0.2319	0.3362	1.2382	-0.154	1.4499	36.6077	-26.4675	-86.5966
15	6.3908	-0.0543	1.3118	6.8709	-4.3834	3.0559	0.7457	-0.3495	-0.3677	0.7096	0.2398	0.3174	0.124	0.186	-1.0581	1.8244	0.1946	0.4568	1.5229	0.1884	1.3227	33.4225	-25.4371	-84.4968
16	2.7577	-0.8003	-0.4753	3.6628	1.6248	0.7414	0.1892	0.0119	-0.3104	0.3115	-0.2888	0.9874	0.1371	-0.2919	-0.0998	0.9822	-0.0078	-0.0054	1.4587	-0.2593	1.3666	34.7419	-32.2781	-85.7737
17	1.2276	-0.3311	0.5611	1.1271	0.1491	0.6285	0.1921	-0.0359	-0.6134	-0.4541	-0.0157	-0.0428	0.5255	-0.3402	0.186	0.7548	-0.3476	0.0661	1.1159	-0.6256	1.3024	45.2715	-13.8214	-53.424
18	1.0059	1.3999	0.6395	3.5153	0.6034	0.5516	0.2231	0.1196	0.0577	-0.2188	-0.034	0.1491	-0.2122	-0.4243	-0.169	0.5989	0.1529	0.1925	1.4936	-0.2701	1.1902	51.9568	-30.4453	-87.3515

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'B' AND (RESID 518 THROUGH 616 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'B' AND (RESID 617 THROUGH 664 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 147 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'D' AND (RESID 148 THROUGH 224 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'E' AND (RESID 2 THROUGH 102 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'E' AND (RESID 103 THROUGH 148 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'E' AND (RESID 149 THROUGH 210 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'G' AND (RESID 31 THROUGH 77 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'G' AND (RESID 78 THROUGH 255 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'G' AND (RESID 256 THROUGH 505 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'H' AND (RESID 1 THROUGH 32 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'H' AND (RESID 33 THROUGH 72 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'H' AND (RESID 73 THROUGH 101 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'H' AND (RESID 102 THROUGH 140 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'H' AND (RESID 141 THROUGH 155 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'H' AND (RESID 156 THROUGH 211 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'L' AND (RESID 6 THROUGH 101 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'L' AND (RESID 102 THROUGH 210 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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