PDB-5fya: Cubic crystal of the native PlpD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fya

タイトル

Cubic crystal of the native PlpD

要素

PATATIN-LIKE PROTEIN, PLPD

キーワード

HYDROLASE / BACTERIAL SECRETION / PHOSPHOLIPASE / LIPID AFFINITY / INFECTION

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type V secretion system / lipase activity / lipid catabolic process / cell outer membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.141 Å

データ登録者

Vinicius da Mata Madeira, P. / Zouhir, S. / Basso, P. / Neves, D. / Laubier, A. / Salacha, R. / Bleves, S. / Faudry, E. / Contreras-Martel, C. / Dessen, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Lipid Targeting and Destruction by the Type V Secretion System of Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Da Mata Madeira, P.V. / Zouhir, S. / Basso, P. / Neves, D. / Laubier, A. / Salacha, R. / Bleves, S. / Faudry, E. / Contreras-Martel, C. / Dessen, A.

履歴

登録	2016年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fya.cif.gz	205.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fya.ent.gz	167.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fya_validation.pdf.gz	426.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fya_full_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示
XML形式データ	5fya_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	5fya_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/5fya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/5fya	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fquSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lcn-2 6ou1-d 7l6p-d 5fqu-d 5g5c-1 5lcn-1 3qmw-2 6pxj-d 1iup-1 2bnd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PATATIN-LIKE PROTEIN, PLPD

B: PATATIN-LIKE PROTEIN, PLPD

67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.906, 145.906, 145.906
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	PATATIN-LIKE PROTEIN, PLPD 分子量: 33912.949 Da / 分子数: 2 断片: PASSENGER DOMAIN, PATATIN-LIKE PROTEIN PLPD, RESIDUES 20-33 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PA01 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q9HYQ6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.5 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 1.4 M MAGNESIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS PROPANE PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→48.64 Å / Num. obs: 54378 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 2.98 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 54.4 Å² / R_sym value: 0.02 / Net I/σ(I): 61.6
反射シェル	解像度: 2.14→2.27 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / R_sym value: 0.57 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FQU

5fqu

解像度: 2.141→48.635 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.54 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 91-127 ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2269	5532	10.27 %
R_work	0.1985	-	-
obs	0.2013	54373	95.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.141→48.635 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3781	0	0	76	3857

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3829
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.787	5196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.553	1419
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	631
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	676

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1411-2.1654	0.5063	153	0.4918	1377	X-RAY DIFFRACTION	81
2.1654-2.1909	0.5149	164	0.4902	1441	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1909-2.2176	0.4823	167	0.4595	1456	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2176-2.2456	0.4754	184	0.4249	1484	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2456-2.2752	0.4032	193	0.4185	1506	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2752-2.3064	0.4701	168	0.3846	1506	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3064-2.3393	0.4432	175	0.3873	1546	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3393-2.3742	0.3843	185	0.3526	1571	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3742-2.4113	0.3872	165	0.3459	1586	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4113-2.4509	0.3454	163	0.3221	1601	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4509-2.4931	0.3339	169	0.3117	1619	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4931-2.5384	0.3373	176	0.2856	1643	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5384-2.5873	0.3146	184	0.2748	1631	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5873-2.6401	0.3061	189	0.2632	1618	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6401-2.6975	0.2767	178	0.2309	1674	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6975-2.7602	0.2519	192	0.2386	1655	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7602-2.8292	0.2824	191	0.2215	1680	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8292-2.9057	0.23	240	0.2135	1635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9057-2.9912	0.2233	192	0.2117	1667	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9912-3.0878	0.2887	175	0.2297	1713	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0878-3.1981	0.2954	182	0.2087	1703	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1981-3.3261	0.249	209	0.1953	1701	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3261-3.4774	0.2243	194	0.1955	1706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4774-3.6607	0.2183	186	0.1771	1715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6607-3.89	0.183	196	0.1711	1695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.1902	0.1869	182	0.1521	1725	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1902-4.6116	0.1598	189	0.1361	1715	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6116-5.2782	0.1652	170	0.1503	1760	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2782-6.6473	0.2144	216	0.1921	1732	X-RAY DIFFRACTION	99
6.6473-48.6479	0.1725	205	0.1676	1780	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.95	0.0546	1.6659	3.8362	-0.0734	3.4693	-0.3308	-0.1577	1.1131	-0.0515	0.086	-0.021	-0.4215	-0.0537	0.2609	0.2964	0.0195	-0.0688	0.6638	-0.0034	0.9202	84.4454	41.5218	72.8108
2	3.9414	0.071	-0.0729	6.6749	-0.1192	4.454	-0.3567	-0.1297	0.9464	0.8911	0.5307	1.0568	-0.5177	-1.6489	-0.3039	0.4204	0.1028	-0.0066	0.939	-0.0768	1.0958	70.4878	40.6543	79.9098
3	3.1877	-1.2158	2.3457	3.8107	-1.2012	2.7316	-0.0246	-0.0173	0.4385	-0.1221	0.0199	0.4335	0.1362	-0.3489	-0.0033	0.2762	-0.0141	-0.0669	0.7457	0.0336	0.6151	75.1667	28.4498	71.2719
4	2.2653	-0.2095	0.9161	4.8869	-2.7978	4.3778	-0.0029	-0.0814	0.142	0.3206	0.2028	-0.2594	-0.0125	0.0361	-0.2512	0.2885	0.074	-0.0344	0.6858	-0.0922	0.5825	86.3686	27.5947	80.2866
5	3.8656	0.9183	1.781	4.019	0.1626	2.4449	-0.0049	-0.2811	1.3701	0.3141	-0.075	-0.0428	-0.4054	-0.096	-0.0004	0.4598	0.0394	-0.0986	0.6798	-0.0936	1.0722	89.0458	45.8334	81.0625
6	2.6171	0.2697	0.8619	3.0311	1.015	5.6156	0.1083	-0.1479	-0.2492	0.1308	0.1235	-0.1432	0.672	0.3657	-0.2205	0.7464	0.0217	-0.0459	0.8162	-0.0116	0.2764	105.9517	0.5498	97.3327
7	7.2558	-0.6747	3.153	2.9809	2.15	6.7695	0.3302	-1.1207	-0.5527	0.5453	0.0434	0.1326	1.8331	-0.4197	-0.2403	1.0961	-0.1428	-0.0126	0.9275	0.1249	0.3696	98.9385	-6.3858	105.9962
8	1.88	-1.8383	1.3006	1.9752	-1.3667	1.0302	-0.1464	-0.9533	0.0497	0.5015	0.6119	0.5669	-0.5539	-1.2111	-0.4788	0.8638	-0.0562	0.1542	1.5556	0.0968	0.61	86.0059	6.705	106.2751
9	4.2162	-1.2486	1.9379	3.6439	-0.5516	3.4734	-0.3765	-0.3235	0.2182	0.3323	0.2733	0.0925	-0.402	0.355	0.052	0.731	-0.101	-0.0773	0.8208	-0.0167	0.3103	99.8522	12.9181	99.7378
10	8.2489	-2.8821	-0.1818	2.0009	0.1366	2.2633	-0.0034	-0.0343	0.0555	-0.3291	0.2573	0.1022	-0.3593	-0.0178	-0.1825	0.7325	-0.0915	0.0325	0.6494	-0.0003	0.381	93.2429	14.5324	86.3406
11	2.9158	1.0163	-1.0092	4.0712	0.2279	3.7588	-0.3111	0.0998	-0.2112	-0.4888	0.1543	-0.0431	0.6649	0.0219	0.1625	0.8277	-0.0247	-0.0582	0.7638	-0.0179	0.3161	102.0244	-3.4035	88.7617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 23 THROUGH 71 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 72 THROUGH 128 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 129 THROUGH 172 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 173 THROUGH 267 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 268 THROUGH 311 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 22 THROUGH 70 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 71 THROUGH 84 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 85 THROUGH 144 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 145 THROUGH 244 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 245 THROUGH 267 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 268 THROUGH 312 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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