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- PDB-5fww: Wnt modulator Kremen in complex with DKK1 (CRD2) and LRP6 (PE3PE4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fww
タイトルWnt modulator Kremen in complex with DKK1 (CRD2) and LRP6 (PE3PE4)
要素
  • DICKKOPF-RELATED PROTEIN 1
  • KREMEN PROTEIN 1
  • LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN 6
キーワードSIGNALING PROTEIN / WNT / CELL SURFACE / SIGNALLING / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mesodermal cell fate specification / regulation of endodermal cell fate specification / positive regulation of Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / negative regulation of Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex assembly / positive regulation of midbrain dopaminergic neuron differentiation / negative regulation of presynapse assembly / Signaling by LRP5 mutants / regulation of dopaminergic neuron differentiation / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex ...negative regulation of mesodermal cell fate specification / regulation of endodermal cell fate specification / positive regulation of Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / negative regulation of Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex assembly / positive regulation of midbrain dopaminergic neuron differentiation / negative regulation of presynapse assembly / Signaling by LRP5 mutants / regulation of dopaminergic neuron differentiation / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / motor learning / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / endoderm formation / synapse pruning / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / endocardial cushion development / negative regulation of axon regeneration / heart induction / regulation of receptor internalization / receptor antagonist activity / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / co-receptor binding / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Wnt-protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / cellular response to cholesterol / cell communication / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / dopaminergic neuron differentiation / heart valve development / frizzled binding / negative regulation of ossification / Wnt signalosome / regulation of canonical Wnt signaling pathway / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / embryonic limb morphogenesis / neural crest cell differentiation / limb development / face morphogenesis / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mesoderm formation / negative regulation of BMP signaling pathway / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of cell cycle / response to retinoic acid / regulation of neuron apoptotic process / forebrain development / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / Regulation of FZD by ubiquitination / negative regulation of protein binding / protein localization to plasma membrane / TCF dependent signaling in response to WNT / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / growth factor activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / Wnt signaling pathway / response to peptide hormone / cell-cell adhesion / endocytosis / negative regulation of neuron projection development / nervous system development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / learning or memory / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Dickkopf, N-terminal cysteine-rich / Dickkopf-like protein / : / : / Dickkopf N-terminal cysteine-rich region / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 2 / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 1 / Kremen ...: / : / Dickkopf, N-terminal cysteine-rich / Dickkopf-like protein / : / : / Dickkopf N-terminal cysteine-rich region / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 2 / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 1 / Kremen / : / Lipase, subunit A / Lipase, subunit A / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. / present in yeast cell wall integrity and stress response component proteins / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / 6 Propeller / Neuraminidase / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Epidermal growth factor-like domain. / Kringle-like fold / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / Dickkopf-related protein 1 / Kremen protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zebisch, M. / Jackson, V.A. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structure of the Dual-Mode Wnt Regulator Kremen1 and Insight Into Ternary Complex Formation with Lrp6 and Dickkopf
著者: Zebisch, M. / Jackson, V.A. / Zhao, Y. / Jones, E.Y.
履歴
登録2016年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN 6
B: KREMEN PROTEIN 1
C: DICKKOPF-RELATED PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4704
ポリマ－112,4303
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.933, 100.080, 270.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN 6 / LRP-6


分子量: 70093.898 Da / 分子数: 1 / 断片: PE3PE4, RESIDUES 630-1246 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 遺伝子: LRP6 / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O75581
#2: タンパク質 KREMEN PROTEIN 1 / DICKKOPF RECEPTOR / KRINGLE DOMAIN-CONTAINING TRANSMEMBRANE PROTEIN 1 / KRINGLE-CONTAINING PROTEIN ...DICKKOPF RECEPTOR / KRINGLE DOMAIN-CONTAINING TRANSMEMBRANE PROTEIN 1 / KRINGLE-CONTAINING PROTEIN MARKING THE EYE AND THE NOSE


分子量: 32728.531 Da / 分子数: 1 / 断片: ECD, RESIDUES 30-322 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 遺伝子: KREMEN1, KREMEN, KRM1 / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q96MU8
#3: タンパク質 DICKKOPF-RELATED PROTEIN 1 / HDKK-1 / SK


分子量: 9607.076 Da / 分子数: 1 / 断片: CRD2, RESIDUES 182-266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 遺伝子: DKK1, UNQ492/PRO1008 / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O94907
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 20 %W/V PEG3350 0.2 M NA/K-PHOSPHATE, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→67.68 Å / Num. obs: 8070 / % possible obs: 51.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Net I/σ(I): 4.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.5→135.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.763 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.701 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.576 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35528 388 4.8 %RANDOM
Rwork0.32128 ---
obs0.32284 7644 52.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.615 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.63 Å20 Å20 Å2
2--32.79 Å20 Å2
3----17.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→135.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7729 0 1 0 7730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0197934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9981.93810764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.79316754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0335970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.87223.487390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.941151295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5331564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0219085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021947
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2855.863898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2845.863897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3168.7874862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9815.9034036
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.505→3.595 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 2 -
Rwork0.433 34 -
obs--3.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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