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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fwq | ||||||
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タイトル | Apo structure of human Leukotriene A4 hydrolase | ||||||
要素 | HUMAN LEUKOTRIENE A4 HYDROLASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / LEUKOTRIENE (LT) A4 HYDROLASE/AMINOPEPTIDASE / LTA4H | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / protein metabolic process ...leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / protein metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / epoxide hydrolase activity / leukotriene biosynthetic process / type I pneumocyte differentiation / peptide catabolic process / response to zinc ion / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / lipid metabolic process / response to peptide hormone / tertiary granule lumen / peptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.047 Å | ||||||
データ登録者 | Wittmann, S.K. / Kalinowsky, L. / Kramer, J. / Bloecher, R. / Steinhilber, D. / Pogoryelov, D. / Proschak, E. / Heering, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2016 タイトル: Thermodynamic properties of leukotriene A4hydrolase inhibitors. 著者: Wittmann, S.K. / Kalinowsky, L. / Kramer, J.S. / Bloecher, R. / Knapp, S. / Steinhilber, D. / Pogoryelov, D. / Proschak, E. / Heering, J. #1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2016 タイトル: Thermodynamic Properties of Leukotriene A4 Hydrolase Inhibitors. 著者: Wittmann, S.K. / Kalinowsky, L. / Kramer, J.S. / Bloecher, R. / Knapp, S. / Steinhilber, D. / Pogoryelov, D. / Proschak, E. / Heering, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fwq.cif.gz | 146.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fwq.ent.gz | 111 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fwq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5fwq_validation.pdf.gz | 452 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5fwq_full_validation.pdf.gz | 455.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5fwq_validation.xml.gz | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5fwq_validation.cif.gz | 39.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/5fwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/5fwq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5aenS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 71816.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09960, leukotriene-A4 hydrolase |
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-非ポリマー , 5種, 418分子
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-YB / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.75 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 290.55 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PROTEIN SOLUTION: 10 MM TRIS-HCL, 25 MM KCL, 4-8 MG/ML PROTEIN (PH8); PRECIPITATE SOLUTION: 0,15M IMIDAZOL/HCL PH6.5; 0,1 M NAACETAT, 14% PEG8000, 5 MM YBCL3 AND 25 MM 5-CHLORO-3- ...詳細: PROTEIN SOLUTION: 10 MM TRIS-HCL, 25 MM KCL, 4-8 MG/ML PROTEIN (PH8); PRECIPITATE SOLUTION: 0,15M IMIDAZOL/HCL PH6.5; 0,1 M NAACETAT, 14% PEG8000, 5 MM YBCL3 AND 25 MM 5-CHLORO-3-HYDROXYPYRIDINE; HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION AT 290.55 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00004 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→49.29 Å / Num. obs: 40948 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 20.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.31 / Net I/σ(I): 7.58 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5AEN 解像度: 2.047→49.291 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 20.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.047→49.291 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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