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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fw4 | ||||||
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タイトル | Structure of Thermobifida fusca DyP-type Peroxidase and Activity towards Kraft Lignin and Lignin Model Compounds | ||||||
![]() | DYE-DECOLORIZING PEROXIDASE TFU_3078 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DECOLORIZING PEROXIDASE / DYP / LIGNIN OXIDATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() dye decolorizing peroxidase / peroxidase activity / heme binding / extracellular region / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rahmanpour, R. / Rea, D. / Jamshidi, S. / Fulop, V. / Bugg, T.D.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Thermobifida Fusca Dyp-Type Peroxidase and Activity Towards Kraft Lignin and Lignin Model Compounds. 著者: Rahmanpour, R. / Rea, D. / Jamshidi, S. / Fulop, V. / Bugg, T.D.H. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 296.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 240.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4gs1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45982.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 20% PEG 3350, 100 MM BIS TRIS PROPANE PH 8.5, 0.2 M SODIUM BROMIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月11日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97903 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→42 Å / Num. obs: 69391 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 23.425 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4GS1 解像度: 1.8→41.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 8.202 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.354 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.21 Å
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拘束条件 |
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