PDB-5fv0: The cytoplasmic domain of EssC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fv0

タイトル

The cytoplasmic domain of EssC

要素

ESX secretion system protein EccC

キーワード

SECRETION / ESX-1 / P-LOOP CONTAINING DOMAIN / FTSK/SPOIIIE / PROTEIN SECRETION / ATPASE / TYPE VII

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.91 Å

データ登録者

Zoltner, M. / Ng, W.M.A.V. / Palmer, T. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2016
タイトル: EssC: domain structures inform on the elusive translocation channel in the Type VII secretion system.
著者: Zoltner, M. / Ng, W.M. / Money, J.J. / Fyfe, P.K. / Kneuper, H. / Palmer, T. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2016年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2018年11月28日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fv0.cif.gz	398.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fv0.ent.gz	329.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fv0_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fv0_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5fv0_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	5fv0_validation.cif.gz	46.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/5fv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/5fv0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fwhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qzy-d 5r10-d 6e1c-d 2i3r-d 6dup-d 6bns-d 5r0q-d 4pxc-d 3ocr-d 3kex-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ESX secretion system protein EccC

B: ESX secretion system protein EccC

ヘテロ分子

119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ESX secretion system protein EccC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ESX secretion system protein EccC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.917, 152.372, 207.205
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9388, -0.16, -0.305), (-0.1604, -0.9868, 0.02388), (-0.3048, 0.02651, -0.952)
ベクター: 175.542, 162.184, 4.97051)

#1: タンパク質	ESX secretion system protein EccC / Type VII secretion system protein EccC / T7SS protein EccC 分子量: 58886.328 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 966-1479 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) 遺伝子: eccC, essC, GTNG_0419 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A4IKE7
#2: 化合物	ChemComp-ONA / 3'-O-[2-(METHYLAMINO)BENZOYL]ADENOSINE 5'-(TETRAHYDROGEN TRIPHOSPHATE) / 2'(3')-O-(N-METHYLANTHRANILOYL)-ADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 640.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₃N₆O₁₄P₃
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.2, 0.2M CALCIUM ACETATE, 20% (W/V) PEG300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.91→29.63 Å / Num. obs: 29986 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 2.91→3.07 Å / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.91→122.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 43.416 / SU ML: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.431 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27484	1514	5 %	RANDOM
R_work	0.26133	-	-	-
obs	0.26202	28472	98.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.276 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.91→122.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7741	0	88	51	7880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	8034
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7759
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.732	1.987	10867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.619	3	17870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.691	5	960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.855	24.538	379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.079	15	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.179	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	8942
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.326	4.623	3870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.326	4.623	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.624	6.923	4820
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.139	4.688	4164
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.91→2.986 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.475	76	-
R_work	0.389	1877	-
obs	-	-	87.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9678	-0.2601	0.8574	2.1077	-1.2088	2.0351	0.0531	0.042	-0.2208	0.1409	0.0937	0.0668	0.0347	-0.3034	-0.1468	0.0633	-0.0025	0.0248	0.1752	0.0281	0.2637	47.811	40.977	42.215
2	0.941	0.2511	-1.172	0.2533	-0.285	1.4899	0.0326	-0.0571	-0.0059	0.1127	0.0205	-0.2798	-0.0643	0.1283	-0.0531	0.1182	0.0085	-0.1249	0.1986	-0.0612	0.4286	61.153	42.561	39.174
3	1.7407	-0.9135	1.8717	1.0764	-0.3366	3.9323	0.025	-0.2626	-0.2326	0.2229	0.0593	0.0598	0.0071	-0.6953	-0.0843	0.1689	0.0056	-0.0685	0.2318	0.0795	0.2572	39.941	37.341	44.61
4	0.5295	0.1975	-0.1479	4.6149	-0.5893	1.5644	-0.1649	0.0008	0.0275	0.1201	0.0253	0.1908	0.1201	0.0762	0.1396	0.1176	-0.0214	0.0184	0.1447	0.0887	0.2562	59.528	10.326	82.68
5	10.2765	0.6057	-0.3974	5.6773	-1.6471	1.8378	-0.0932	0.1848	1.0918	-0.5546	0.3027	0.1831	-0.209	0.3151	-0.2095	0.2171	-0.1353	-0.0232	0.1974	0.0501	0.2366	63.035	26.504	75.061
6	1.7609	-0.4612	-0.1292	2.3132	-1.3324	2.9641	-0.0563	0.0153	0.1649	0.0335	-0.1216	-0.061	-0.3847	-0.0387	0.1779	0.2253	-0.0614	-0.1137	0.0565	0.0568	0.2525	60.915	39.416	111.092
7	0.9076	-0.6143	1.4835	0.4233	-1.0123	2.4401	-0.0172	0.3714	0.1655	-0.0231	-0.2435	-0.1298	0.0225	0.6135	0.2607	0.1607	-0.0698	-0.0266	0.3036	0.0669	0.382	70.855	32.014	113.72
8	0.3051	-0.9139	-0.495	4.0167	0.2581	3.4696	-0.0608	0.0454	-0.0206	0.1979	0.0303	0.3035	-0.7757	-0.5406	0.0304	0.4348	0.1441	-0.1479	0.1015	0.0169	0.1829	50.368	43.039	110.69
9	1.5531	0.6025	0.3168	6.2022	-1.6943	2.2247	-0.0602	0.1062	0.1293	0.3809	0.1651	0.6468	-0.3276	0.0845	-0.1049	0.1461	0.0012	0.0176	0.0428	0.0622	0.3328	57.237	68.349	72.11
10	2.6462	0.1237	-0.5909	5.4406	-1.3109	3.1746	0.0433	0.1799	-0.0054	-0.3604	0.1286	-0.4167	0.0477	0.3733	-0.1719	0.0588	-0.0189	0.0479	0.1499	0.0418	0.2781	66.744	62.724	66.956

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	968 - 1065
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1066 - 1188
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1189 - 1240
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1241 - 1452
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1453 - 1479
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	968 - 1079
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1080 - 1189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1190 - 1239
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1240 - 1364
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1365 - 1479

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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