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- PDB-5fud: Oceanobacillus iheyensis macrodomain with MES bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fud
タイトルOceanobacillus iheyensis macrodomain with MES bound
要素O-ACETYL-ADP-RIBOSE DEACETYLASE
キーワードHYDROLASE / BACTERIAL MACRODOMAIN / ADP-RIBOSE / DEACETYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hypothetical conserved protein
類似検索 - 構成要素
生物種OCEANOBACILLUS IHEYENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gil-Ortiz, F. / Zapata-Perez, R. / Martinez, A.B. / Juanhuix, J. / Sanchez-Ferrer, A.
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analysis ofOceanobacillus iheyensismacrodomain reveals a network of waters involved in substrate binding and catalysis.
著者: Zapata-Perez, R. / Gil-Ortiz, F. / Martinez-Monino, A.B. / Garcia-Saura, A.G. / Juanhuix, J. / Sanchez-Ferrer, A.
履歴
登録2016年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / reflns / reflns_shell
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID ..._citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-ACETYL-ADP-RIBOSE DEACETYLASE
B: O-ACETYL-ADP-RIBOSE DEACETYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2227
ポリマ－45,6042
非ポリマー6185
水3,927218
1
A: O-ACETYL-ADP-RIBOSE DEACETYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1294
ポリマ－22,8021
非ポリマー3273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: O-ACETYL-ADP-RIBOSE DEACETYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0933
ポリマ－22,8021
非ポリマー2912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.990, 96.740, 54.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 6

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1PHEPHEAA-3 - 18520 - 208
2SERSERBB-4 - 18519 - 208

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1, 0.003566, 0.000506), (0.003562, -1, 0.006486), (0.00053, -0.006484, -1)0.01553, -15.97, -17.59
2given(0.999998, 0.001565, 0.000979), (0.001558, -0.999975, 0.006909), (0.00099, -0.006908, -0.999976)0.00308, -15.93712, -17.60433

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要素

#1: タンパク質 O-ACETYL-ADP-RIBOSE DEACETYLASE


分子量: 22801.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) OCEANOBACILLUS IHEYENSIS (バクテリア)
株: HTE831 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: Q8EP31, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M MES, PH 6.5, 30% (W/V) PEG [POLY(ETHYLENE GLYCOL)] MME 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97944
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月6日 / 詳細: KB MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.736
11-H, -K, H+L20.264
反射解像度: 1.9→49 Å / Num. obs: 33155 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SPV

1spv


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 2.823 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2121 1666 5 %RANDOM
Rwork0.17097 ---
obs0.17304 31435 95.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.24 Å20 Å2-1.31 Å2
2--13.03 Å20 Å2
3----10.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2899 0 35 218 3152
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9734054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91634761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.055377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.04725.969129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.0515498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.549158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.898→1.946 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 118 -
Rwork0.199 2131 -
obs--87.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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