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万見
- PDB-5ftp: sulfur SAD phasing of Cdc23Nterm: data collection with a tailored... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ftp
タイトルsulfur SAD phasing of Cdc23Nterm: data collection with a tailored X- ray beam size at 2.69 A wavelength (4.6 keV)
要素ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8
キーワードCELL CYCLE / SAD PHASING / SULFUR / SOFT X-RAYS / LONG WAVELENGTH / LOW RESOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / : / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitotic sister chromatid separation / mitotic spindle pole body / anaphase-promoting complex / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein ubiquitination ...Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / : / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitotic sister chromatid separation / mitotic spindle pole body / anaphase-promoting complex / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein ubiquitination / cell division / nucleus
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide repeat / Cdc23 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...Tetratricopeptide repeat / Cdc23 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Anaphase-promoting complex subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cianci, M. / Groves, M.R. / Barford, D. / Schneider, T.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2016
タイトル: Data Collection with a Tailored X-Ray Beam Size at 2.69 A Wavelength (4.6 Kev): Sulfur Sad Phasing of Cdc23Nterm
著者: Cianci, M. / Groves, M.R. / Barford, D. / Schneider, T.R.
履歴
登録2016年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8
B: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7392
ポリマ－67,7392
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-28.7 kcal/mol
Surface area23320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.249, 61.249, 151.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 21 - 284 / Label seq-ID: 4 - 267

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8 / 20S CYCLOSOME/APC COMPLEX PROTEIN APC8 / CELL UNTIMELY TORN PROTEIN 23 / 20S CYCLOSOME/APC COMPLEX ...20S CYCLOSOME/APC COMPLEX PROTEIN APC8 / CELL UNTIMELY TORN PROTEIN 23 / 20S CYCLOSOME/APC COMPLEX PROTEIN APC8 / CELL UNTIMELY TORN PROTEIN 23


分子量: 33869.430 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERM, UNP RESIDUES 19-301 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
解説: SOURCE DETAILS ARE THE SAME AS 3ZN3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O94556
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化詳細: CRYSTALLIZATION DETAILS AS PER 3ZN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 2.69
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月10日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.69 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→61.25 Å / Num. obs: 282255 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 4.8 / 冗長度: 27.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 17.8 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.1→61.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 21.509 / SU ML: 0.378 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.519 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25963 510 5 %RANDOM
Rwork0.18689 ---
obs0.19046 9615 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→61.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3859 0 0 7 3866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193936
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.9715309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.45138662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4975465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.57323.702181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.7815723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3391523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.0995.3571881
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0965.3571880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.6078.0232339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.6078.0232340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6945.9012055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6825.8982053
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.8978.6492970
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.67150.9616271
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.67150.9616271
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 23878 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.18 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.098→3.179 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 50 -
Rwork0.309 661 -
obs--96.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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