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- PDB-5fti: Crystal structure of the GluA2 K738M-T744K LBD in complex with gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fti
タイトルCrystal structure of the GluA2 K738M-T744K LBD in complex with glutamate (lithium form)
要素GLUTAMATE RECEPTOR 2
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / presynaptic membrane / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. ...Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / : / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Nayeem, N. / Green, T.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2016
タイトル: Distinct Structural Pathways Coordinate the Activation of Ampa Receptor-Auxiliary Subunit Complexes.
著者: Dawe, G.B. / Musgaard, M. / Aurousseau, M.R.P. / Nayeem, N. / Green, T. / Biggin, P.C. / Bowie, D.
履歴
登録2016年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GLUTAMATE RECEPTOR 2
B: GLUTAMATE RECEPTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,40512
ポリマ－64,5282
非ポリマー87710
水12,394688
1
A: GLUTAMATE RECEPTOR 2
ヘテロ分子

A: GLUTAMATE RECEPTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,40512
ポリマ－64,5282
非ポリマー87710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_457-x-1,y,-z+21
Buried area3120 Å2
ΔGint-76.1 kcal/mol
Surface area24290 Å2
手法PISA
2
B: GLUTAMATE RECEPTOR 2
ヘテロ分子

B: GLUTAMATE RECEPTOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,40512
ポリマ－64,5282
非ポリマー87710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_358-x-2,y,-z+31
Buried area3020 Å2
ΔGint-65.5 kcal/mol
Surface area24050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.316, 47.562, 96.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.65, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2134-

HOH

21B-2113-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GLUTAMATE RECEPTOR 2 / GLUR-2 / AMPA-SELECTIVE GLUTAMATE RECEPTOR 2 / GLUR-B / GLUR-K2 / GLUTAMATE RECEPTOR IONOTROPIC / ...GLUR-2 / AMPA-SELECTIVE GLUTAMATE RECEPTOR 2 / GLUR-B / GLUR-K2 / GLUTAMATE RECEPTOR IONOTROPIC / AMPA 2 / GLUA2


分子量: 32264.088 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 404-527,653-796 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA-GAMI B / 参照: UniProt: P19491

-
非ポリマー , 5種, 698分子

#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細EXPRESSED FRAGMENT INCLUDES TWO NON-CONTIGUOUS REGIONS FROM GENE, JOINED BY GLYTHR LINKER MAPPED TO ...EXPRESSED FRAGMENT INCLUDES TWO NON-CONTIGUOUS REGIONS FROM GENE, JOINED BY GLYTHR LINKER MAPPED TO FLIP ISOFORM, P19491-2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 22% PEG 4,000, 200 MM LI SULPHATE, 100MM ACETATE PH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→67 Å / Num. obs: 126864 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.11 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UXA

2uxa


解像度: 1.35→66.989 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1775 2538 2 %
Rwork0.1612 --
obs0.1615 126864 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→66.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4039 0 54 688 4781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3915787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1871653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007719
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.3760.29051370.27996702X-RAY DIFFRACTION93
1.376-1.40410.27321380.27096767X-RAY DIFFRACTION93
1.4041-1.43460.28011370.25366731X-RAY DIFFRACTION93
1.4346-1.4680.26291380.24826767X-RAY DIFFRACTION93
1.468-1.50470.26371380.2296766X-RAY DIFFRACTION94
1.5047-1.54540.21961400.20286811X-RAY DIFFRACTION94
1.5454-1.59080.19791400.18366876X-RAY DIFFRACTION94
1.5908-1.64220.1981410.16846914X-RAY DIFFRACTION95
1.6422-1.70090.18651400.16196886X-RAY DIFFRACTION95
1.7009-1.7690.19891430.15946966X-RAY DIFFRACTION96
1.769-1.84950.18171420.15736951X-RAY DIFFRACTION96
1.8495-1.9470.17311420.15226983X-RAY DIFFRACTION96
1.947-2.0690.16751440.157078X-RAY DIFFRACTION96
2.069-2.22880.17231440.14467025X-RAY DIFFRACTION96
2.2288-2.45310.16541430.15177000X-RAY DIFFRACTION96
2.4531-2.80810.19031420.16156982X-RAY DIFFRACTION95
2.8081-3.53790.16931420.14896972X-RAY DIFFRACTION94
3.5379-67.07140.14571470.14667149X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4282-0.5601-0.30072.57110.34362.26120.175-0.39970.05110.3364-0.09540.0495-0.00910.0354-0.05540.1621-0.04540.01070.1687-0.0050.092-54.413546.8361116.5313
20.45470.4212-0.18182.0060.50310.69730.06310.00550.0786-0.0003-0.04770.1598-0.0542-0.0515-0.03010.1010.0115-0.00270.14570.00690.1258-57.510647.414100.6585
31.08220.3341-0.44041.3333-0.53092.6167-0.05990.1103-0.0039-0.05220.03620.03350.12-0.17360.02230.0689-0.0047-0.00680.1288-0.00440.1026-62.801632.232694.736
42.06250.34740.07642.7469-0.80191.67230.086-0.1304-0.0820.1332-0.0702-0.06740.01530.1272-0.00530.0904-0.00030.00090.1408-0.0120.0746-45.287944.0807107.6681
52.01061.99632.00092.00331.99861.99810.09330.35840.04610.6953-0.0760.76580.3408-0.1221-0.04450.15360.00450.00470.1553-0.00780.158-58.394942.452798.5826
62.22970.3933-1.13441.552-0.19132.68260.00620.01750.0012-0.1523-0.0136-0.12150.10830.1630.01610.19810.00020.04080.1308-0.01610.1057-72.789327.77124.1822
70.9246-0.53230.14313.8232-0.42871.0784-0.052-0.0284-0.0332-0.16080.08580.15780.0139-0.0883-0.0010.1716-0.02770.00850.1528-0.0040.1045-86.95129.9244131.4672
83.80210.22240.07362.4035-0.39482.3679-0.05830.0150.1621-0.0380.09670.14-0.1333-0.19-0.04170.24940.00690.0030.1499-0.00770.1505-92.998143.6031128.2369
92.66930.6505-0.43132.6407-1.15642.73010.0359-0.18350.11160.019-0.0214-0.1807-0.21720.39230.01770.1841-0.02840.03810.1957-0.03070.0881-73.068431.2065137.2582
106.6467-5.98134.29188.73690.38818.16570.2122-0.13370.4097-0.4663-0.23020.02250.0504-0.15560.01430.2983-0.01950.03330.1575-0.01450.1753-87.373333.4051130.106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 392:436 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 437:635 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 636:729 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 730:774 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 900:900 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 393:454 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 455:635 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 636:729 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 730:774 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 900:900 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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