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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fsn | ||||||
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タイトル | MTH1 substrate recognition: Complex with a aminomethylpyrimidinyl oxypropanol. | ||||||
![]() | 7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE TRIPHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / NUDT1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity ...2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / purine nucleoside catabolic process / snoRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / response to cadmium ion / acrosomal vesicle / male gonad development / nuclear membrane / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / DNA repair / mitochondrion / extracellular space / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nissink, J.W.M. / Bista, M. / Breed, J. / Carter, N. / Embrey, K. / Read, J. / Phillips, C. / Winter, J.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mth1 Substrate Recognition--an Example of Specific Promiscuity. 著者: Nissink, J.W.M. / Bista, M. / Breed, J. / Carter, N. / Embrey, K. / Read, J. / Winter-Holt, J.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17971.461 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 42-197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase |
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#2: 化合物 | ChemComp-6Q3 / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.93 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 25% (W/V) PEG3350 200MM LITHIUM SULPHATE 100MM SODIUM ACETATE PH4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→45 Å / Num. obs: 13811 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
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解析
ソフトウェア | 名称: BUSTER / バージョン: 2.11.6 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.69→44.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9436 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9149 / SU R Cruickshank DPI: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.13
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.06 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→44.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.69→1.82 Å / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.3534 Å / Origin y: 19.9398 Å / Origin z: 9.5142 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|3 - A|156 } |