PDB-5fsh: Crystal structure of Thermus thermophilus Csm6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fsh

タイトル

Crystal structure of Thermus thermophilus Csm6

要素

CSM6

キーワード

HYDROLASE / CRISPR-CAS / RIBONUCLEASE / ENDONUCLEASE

機能・相同性

: / Csm6 HEPN domain / Csm6 6H domain / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / NICKEL (II) ION / CRISPR system endoribonuclease Csm6

機能・相同性情報

生物種

THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Niewoehner, O. / Jinek, M.

引用

ジャーナル: RNA / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for the Endoribonuclease Activity of the Type III-A Crispr-Associated Protein Csm6.
著者: Niewoehner, O. / Jinek, M.

履歴

登録	2016年1月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fsh.cif.gz	361.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fsh.ent.gz	298.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fsh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fsh_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fsh_full_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示
XML形式データ	5fsh_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	5fsh_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/5fsh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/5fsh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1e6e-d 4ih6-d 3v89-d 5osq-d 1sh0-d 7dsk-d 6yxa-1 5axi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CSM6

B: CSM6

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.309, 207.070, 58.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	CSM6 分子量: 51459.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 株: HB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q53W17
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SNA SEQUENCE AT THE N-TERMINUS IS DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 14% (W/V) PEG 3400, 35 MM NICL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.7 Å / Num. obs: 98111 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
SLS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.301→48.701 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2438	4920	5 %
R_work	0.2189	-	-
obs	0.2202	98030	98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→48.701 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6982	0	6	72	7060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7139
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.784	9655
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.569	4307
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1087
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1251

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3007-2.3268	0.3236	74	0.3707	1398	X-RAY DIFFRACTION	43
2.3268-2.3542	0.3387	164	0.3249	3152	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3542-2.3829	0.3304	168	0.3012	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3829-2.4131	0.2775	159	0.2915	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4131-2.4448	0.3257	178	0.2797	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4448-2.4783	0.3268	162	0.2825	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4783-2.5137	0.3097	168	0.2738	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5137-2.5513	0.3218	169	0.2765	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5513-2.5911	0.3296	168	0.2837	3168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5911-2.6336	0.3347	164	0.2899	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6336-2.679	0.3236	172	0.268	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.679-2.7277	0.3617	164	0.2581	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7277-2.7802	0.331	165	0.2672	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7802-2.8369	0.3021	165	0.2635	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8369-2.8986	0.3065	167	0.2585	3150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8986-2.966	0.3111	169	0.2512	3188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.966-3.0402	0.2753	166	0.2564	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0402-3.1224	0.2969	165	0.2559	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1224-3.2142	0.2461	166	0.2479	3173	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2142-3.318	0.2431	167	0.2344	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
3.318-3.4365	0.2364	167	0.2299	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4365-3.5741	0.2695	166	0.2296	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5741-3.7367	0.2315	167	0.2235	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7367-3.9336	0.279	164	0.2026	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9336-4.1799	0.2059	169	0.2014	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1799-4.5025	0.2272	168	0.1725	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5025-4.9552	0.2181	168	0.1704	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9552-5.6712	0.2414	166	0.2073	3152	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6712-7.1416	0.196	173	0.2111	3168	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1416-48.7116	0.172	172	0.1782	3159	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4523	-0.1906	-1.1064	0.5007	0.3701	3.6562	0.0371	-0.1922	0.0721	0.2286	-0.0414	-0.1569	-0.0486	-0.1836	-0.0015	0.5734	0.0144	0.0209	0.4858	-0.0317	0.4959	10.2063	30.5224	48.4957
2	1.6747	1.05	-0.8522	2.4965	-0.3326	2.5523	-0.3126	0.1673	-0.3845	-0.2052	0.1764	-0.0073	0.2824	0.0442	0.0244	0.4331	0.0348	0.0529	0.4584	-0.0275	0.5656	41.4116	11.9068	6.8531
3	0.5385	-0.0899	0.7992	0.275	0.0829	1.9497	-0.2604	0.4415	1.6593	-1.0947	-0.4964	-0.1445	-0.2022	0.5582	-3.4586	1.4022	-0.446	0.4199	1.1367	-0.6319	0.074	49.3889	21.7637	-19.2691
4	0.5574	-0.0763	-0.816	0.2761	0.7387	0.8045	-0.2874	0.3199	0.0373	-0.7839	0.4043	0.7352	0.237	-0.3647	0.0224	0.858	-0.1672	-0.1774	0.7849	0.0505	0.6517	38.1473	20.074	-4.7181
5	1.3381	0.1939	-0.3503	1.8533	0.6991	2.203	0.7808	-0.2591	0.6659	-0.4299	-0.3275	0.7925	-1.3484	-0.7589	0.3022	0.5143	0.0472	0.0347	1.2071	-0.0663	0.7601	-18.2267	19.4098	34.4295
6	1.9522	0.6557	0.2094	2.987	-0.5228	1.5826	0.0739	-0.115	-0.0851	0.0094	-0.0782	0.2224	0.1249	-0.4226	0.001	0.4279	-0.0305	0.0326	0.5449	-0.0328	0.4084	3.4559	17.08	33.6764
7	2.3246	0.765	-0.114	1.2045	-0.326	2.1839	0.0342	0.2424	0.4432	0.2345	0.3379	0.1243	-0.4006	-0.5625	0.1924	0.5548	0.0635	0.1227	0.535	0.1608	0.5886	32.7383	44.9496	11.0304
8	0.4022	-0.1416	0.5628	0.8213	0.7536	1.3031	-0.2795	0.3401	-0.2017	-0.5778	0.3206	-0.9342	-0.4119	0.3672	0.0017	0.6057	-0.1808	0.1302	0.5234	-0.0536	0.86	62.5097	37.6693	3.5338
9	0.9621	-0.5388	0.6063	1.5969	-0.9918	1.767	0.075	0.3571	0.1133	0.0065	-0.2432	-0.9693	0.1781	1.3304	0.0103	0.6747	-0.062	-0.0239	0.8247	-0.0983	1.2855	68.5115	36.3843	5.9039
10	0.7209	-0.2867	-0.6338	3.5969	0.591	1.4156	-0.1837	-0.3073	0.1285	1.0389	0.2177	-0.7815	-0.1596	0.2936	0.2903	0.6183	-0.0052	-0.0763	0.4639	0.0058	0.5168	52.4746	35.3424	13.6586

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 207 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 208 THROUGH 366 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 367 THROUGH 401 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 402 THROUGH 464 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 0 THROUGH 51 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 52 THROUGH 207 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 208 THROUGH 319 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 320 THROUGH 366 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 367 THROUGH 401 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 402 THROUGH 464 )

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