[日本語] English
万見
- PDB-5frr: Structure of the Pds5-Scc1 complex and implications for cohesin f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5frr
タイトルStructure of the Pds5-Scc1 complex and implications for cohesin function
要素SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN PDS5
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic recombination initiation complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic DNA double-strand break formation / homologous chromosome pairing at meiosis / chromatin looping / mitotic chromosome condensation / mitotic sister chromatid cohesion / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome ...meiotic recombination initiation complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic DNA double-strand break formation / homologous chromosome pairing at meiosis / chromatin looping / mitotic chromosome condensation / mitotic sister chromatid cohesion / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome / double-strand break repair / cell division / chromatin / structural molecule activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sister chromatid cohesion protein Pds5 / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1 / Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sister chromatid cohesion protein PDS5
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Muir, K.W. / Kschonsak, M. / Li, Y. / Metz, J. / Haering, C.H. / Panne, D.
引用ジャーナル: Cell Rep. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Pds5-Scc1 Complex and Implications for Cohesin Function
著者: Muir, K.W. / Kschonsak, M. / Li, Y. / Metz, J. / Haering, C.H. / Panne, D.
履歴
登録2015年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22016年3月23日Group: Database references
改定 1.32016年4月27日Group: Data collection
改定 1.42017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.52023年5月3日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.62024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN PDS5
B: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN PDS5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,4762
ポリマ－161,4762
非ポリマー00
水00
1
A: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN PDS5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7381
ポリマ－80,7381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN PDS5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7381
ポリマ－80,7381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)283.690, 283.690, 172.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

#1: タンパク質 SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN PDS5 / PRECOCIOUS DISSOCIATION OF SISTERS PROTEIN 5 / PDS5


分子量: 80738.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04264

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.8→50 Å / Num. obs: 10082 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル最高解像度: 5.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.57

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 5.8→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3111 518 4.9 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.249 10081 95 %-
溶媒の処理Bsol: 375.032 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 424 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10858 0 0 0 10858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.002749
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.59318
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1AA
X-RAY DIFFRACTION2AA
X-RAY DIFFRACTION3AA
X-RAY DIFFRACTION4AA
X-RAY DIFFRACTION5AA

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る