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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fre | |||||||||
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タイトル | Characterization of a novel CBM from Clostridium perfringens | |||||||||
要素 | EXO-ALPHA-SIALIDASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / CBM40 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Ribeiro, J. / Pau, W. / Pifferi, C. / Renaudet, O. / Varrot, A. / Mahal, L.K. / Imberty, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016 タイトル: Characterization of a High-Affinity Sialic Acid-Specific Cbm40 from Clostridium Perfringens and Engineering of a Divalent Form. 著者: Ribeiro, J.P. / Pau, W. / Pifferi, C. / Renaudet, O. / Varrot, A. / Mahal, L.K. / Imberty, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fre.cif.gz | 142.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fre.ent.gz | 110.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fre.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5fre_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5fre_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5fre_validation.xml.gz | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5fre_validation.cif.gz | 42.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/5fre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/5fre | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 22103.541 Da / 分子数: 3 / 断片: CBM / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌) 株: NCTC 8237 / プラスミド: PNANI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2YQR1 #2: 多糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 524分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | PART OF THE SIALIDASE NANI SEQUENCE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.5 詳細: 0.1M CH3COONA PH 4.5, 0.2M (CH3CHOO)2CA, 8% (PEG 550 MME AND PEG 20,000) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979761 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979761 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→39.69 Å / Num. obs: 50882 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 93.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5FRA 解像度: 1.9→40.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.207 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.228 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.61 Å
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拘束条件 |
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