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万見
- PDB-5fra: CBM40_CPF0721-6'SL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fra
タイトルCBM40_CPF0721-6'SL
要素SIALIDASE
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CBM40
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BNR repeat-like domain / Trans-sialidase, domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Sialidase, N-terminal domain / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...BNR repeat-like domain / Trans-sialidase, domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Sialidase, N-terminal domain / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / exo-alpha-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ribeiro, J.P. / Pau, W. / Pifferi, C. / Renaudet, O. / Varrot, A. / Mahal, L.K. / Imberty, A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Characterization of a High-Affinity Sialic Acid-Specific Cbm40 from Clostridium Perfringens and Engineering of a Divalent Form.
著者: Ribeiro, J.P. / Pau, W. / Pifferi, C. / Renaudet, O. / Varrot, A. / Mahal, L.K. / Imberty, A.
履歴
登録2015年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIALIDASE
B: SIALIDASE
C: SIALIDASE
D: SIALIDASE
E: SIALIDASE
F: SIALIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,87714
ポリマ－134,4176
非ポリマー2,4608
水13,601755
1
A: SIALIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9333
ポリマ－22,4031
非ポリマー5302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SIALIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9333
ポリマ－22,4031
非ポリマー5302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: SIALIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8742
ポリマ－22,4031
非ポリマー4711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: SIALIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7122
ポリマ－22,4031
非ポリマー3091
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: SIALIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7122
ポリマ－22,4031
非ポリマー3091
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: SIALIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7122
ポリマ－22,4031
非ポリマー3091
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.502, 84.267, 89.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.678, -0.7345, -0.02855), (-0.7351, -0.6775, -0.02692), (0.00043, 0.03924, -0.9992)57.2, 76.96, 58.96
2given(0.5154, 0.8555, -0.04964), (0.8564, -0.5121, 0.06618), (0.03119, -0.07663, -0.9966)8.612, -53.98, 30.41
3given(-0.9157, -0.3422, -0.2107), (-0.3221, 0.9385, -0.1244), (0.2403, -0.04602, -0.9696)119.1, -7.234, -8.74
4given(0.1657, 0.972, -0.1664), (0.9736, -0.1882, -0.1295), (-0.1572, -0.1405, -0.9775)62.11, -35.76, 37.45
5given(-0.7314, -0.6714, 0.1194), (0.6818, -0.723, 0.1112), (0.01168, 0.1628, 0.9866)141.7, 6.994, -39.35

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要素

#1: タンパク質
SIALIDASE / CBM40_NANI


分子量: 22402.824 Da / 分子数: 6 / 断片: CBM, UNP RESIDUES 48-236 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
株: NCTC 8237 / プラスミド: PNANI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2YQR1
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5 / 詳細: 25% PEG 2K MME 0.3M CH3COONA 0.1M CH3COONA PH4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.00185
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00185 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.69 Å / Num. obs: 74668 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V73

2v73


解像度: 2→39.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.407 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. LOCAL NCS USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21035 3906 5 %RANDOM
Rwork0.17855 ---
obs0.18011 74842 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.78 Å20 Å2-0.83 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----2.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9318 0 167 755 10240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.029677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0120.028989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.9713037
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.278320726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.35551171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.26926.471510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.878151761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1871524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.022263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4372.6494680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4322.6484678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2463.9545845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2162.9594997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 298 -
Rwork0.244 5500 -
obs--99.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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