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- PDB-5fqu: Orthorhombic crystal structure of of PlpD (selenomethionine deriv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fqu
タイトルOrthorhombic crystal structure of of PlpD (selenomethionine derivative)
要素PATATIN-LIKE PROTEIN, PLPD
キーワードTRANSPORT PROTEIN / BACTERIAL SECRETION / PHOSPHOLIPASE / LIPID AFFINITY / INFECTION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type V secretion system / lipase activity / lipid catabolic process / cell outer membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Patatin-like phospholipase domain / Patatin-like phospholipase / Patatin-like phospholipase (PNPLA) domain profile. / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / Patatin-like protein, PlpD
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Vinicius da Mata Madeira, P. / Zouhir, S. / Basso, P. / Neves, D. / Laubier, A. / Salacha, R. / Bleves, S. / Faudry, E. / Contreras-Martel, C. / Dessen, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Lipid Targeting and Destruction by the Type V Secretion System of Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Da Mata Madeira, P.V. / Zouhir, S. / Basso, P. / Neves, D. / Laubier, A. / Salacha, R. / Bleves, S. / Faudry, E. / Contreras-Martel, C. / Dessen, A.
履歴
登録2015年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PATATIN-LIKE PROTEIN, PLPD
B: PATATIN-LIKE PROTEIN, PLPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6645
ポリマ－68,5762
非ポリマー883
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-44.4 kcal/mol
Surface area21110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.743, 113.393, 130.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PATATIN-LIKE PROTEIN, PLPD


分子量: 34288.105 Da / 分子数: 2 / 断片: PASSENGER DOMAIN, UNP RESIDUES 20-333 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9HYQ6
#2: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SELENOMETHIONINE DERIVATIVE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20%W/V PEG3350, 200MM SODIUM NITRATE, 0.6% N-DODECYL-BETA-D MALTOSIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97939
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→85.58 Å / Num. obs: 19015 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 46.511 Å2 / Rsym value: 0.01 / Net I/σ(I): 10.42
反射 シェル解像度: 2.74→2.9 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.74→85.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 19.334 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.629 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23801 968 5.1 %RANDOM
Rwork0.19579 ---
obs0.19805 17914 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.713 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.82 Å20 Å20 Å2
2--18.06 Å20 Å2
3----8.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→85.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3702 0 5 61 3768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193750
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4162.0035086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86638669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9415491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.12124.028144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9115594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3081530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.5966.5581982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.5766.5571981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.4519.8232467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.1947.3531768
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.736→2.807 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 62 -
Rwork0.444 1209 -
obs--93.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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