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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5foz | ||||||
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タイトル | De novo structure of the binary mosquito larvicide BinAB at pH 10 | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN / BINAB INSECTICIDAL TOXIN / PORE FORMING TOXIN / XFEL / SERIAL FEMTOSECOND CRYSTALLOGRAPHY / DE NOVO MIRAS PHASING / IN VIVO CRYSTALS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | LYSINIBACILLUS SPHAERICUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Colletier, J.P. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Messerschmidt, M. ...Colletier, J.P. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Messerschmidt, M. / DePonte, D.P. / Sierra, R.G. / Laksmono, H. / Koglin, J.E. / Hunter, M.S. / W Park, H. / Uervirojnangkoorn, M. / Bideshi, D.L. / Brunger, A.T. / Federici, B.A. / Sauter, N.K. / Eisenberg, D.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: De Novo Phasing with X-Ray Laser Reveals Mosquito Larvicide Binab Structure. 著者: Colletier, J. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Hice, R.H. / Coquelle, N. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Messerschmidt, M. / ...著者: Colletier, J. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Hice, R.H. / Coquelle, N. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Messerschmidt, M. / Deponte, D.P. / Sierra, R.G. / Laksmono, H. / Koglin, J.E. / Hunter, M.S. / Park, H. / Uervirojnangkoorn, M. / Bideshi, D.K. / Brunger, A.T. / Federici, B.A. / Sauter, N.K. / Eisenberg, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5foz.cif.gz | 352.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5foz.ent.gz | 288.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5foz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5foz_validation.pdf.gz | 427.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5foz_full_validation.pdf.gz | 429.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5foz_validation.xml.gz | 35.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5foz_validation.cif.gz | 53.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/5foz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/5foz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41955.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) LYSINIBACILLUS SPHAERICUS (バクテリア) 株: 2362 / 解説: NATURALLY OCCURRING NANO-CRYSTALS / プラスミド: BTI4Q7-PPHSP-1 発現宿主: BACILLUS THURINGIENSIS SEROVAR ISRAELENSIS (バクテリア) 株 (発現宿主): 4Q7 / 参照: UniProt: P06575 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51486.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) LYSINIBACILLUS SPHAERICUS (バクテリア) 株: 2362 / 解説: NATURALLY OCCURRING NANO-CRYSTALS / プラスミド: BTI4Q7-PPHSP-1 発現宿主: BACILLUS THURINGIENSIS SEROVAR ISRAELENSIS (バクテリア) 株 (発現宿主): 4Q7 / 参照: UniProt: P10565 |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | ONLY RESIDUES 5-370 ARE DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY ONLY RESIDUES 28-448 ARE DEFINED IN THE ...ONLY RESIDUES 5-370 ARE DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY ONLY RESIDUES 28-448 ARE DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 10 詳細: NATURALLY OCCURRING NANOCRYSTALS FORMED IN VIVO, pH 10 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.459 / 波長: 1.459 Å |
検出器 | タイプ: PIXEL ARRAY DETECTOR CSPAD / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月13日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.459 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→43.3 Å / Num. obs: 6542289 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 88.8 % / Biso Wilson estimate: 44.61 Å2 / CC1/2: 0.973 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 19.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / CC1/2: 0.341 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5FOY 解像度: 2.4→24.045 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.045 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 38.242 Å / Origin y: 37.5893 Å / Origin z: 13.547 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |