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- PDB-5foy: De novo structure of the binary mosquito larvicide BinAB at pH 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5foy
タイトルDe novo structure of the binary mosquito larvicide BinAB at pH 7
要素
  • 41.9 KDA INSECTICIDAL TOXIN
  • LARVICIDAL TOXIN 51 KDA PROTEIN
キーワードTOXIN / BINAB INSECTICIDAL TOXIN / PORE FORMING TOXIN / XFEL / SERIAL FEMTOSECOND CRYSTALLOGRAPHY / DE NOVO MIRAS PHASING / IN VIVO CRYSTALS
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Insecticidal crystal toxin / Insecticidal Crystal Toxin, P42 / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Binary larvicide subunit BinA / Binary larvicide subunit BinB
類似検索 - 構成要素
生物種LYSINIBACILLUS SPHAERICUS (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Colletier, J.P. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Messerschmidt, M. ...Colletier, J.P. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Messerschmidt, M. / DePonte, D.P. / Sierra, R.G. / Laksmono, H. / Koglin, J.E. / Hunter, M.S. / W Park, H. / Uervirojnangkoorn, M. / Bideshi, D.L. / Brunger, A.T. / Federici, B.A. / Sauter, N.K. / Eisenberg, D.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: De Novo Phasing with X-Ray Laser Reveals Mosquito Larvicide Binab Structure.
著者: Colletier, J. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Hice, R.H. / Coquelle, N. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Messerschmidt, M. / ...著者: Colletier, J. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Brewster, A.S. / Michels-Clark, T. / Hice, R.H. / Coquelle, N. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Messerschmidt, M. / Deponte, D.P. / Sierra, R.G. / Laksmono, H. / Koglin, J.E. / Hunter, M.S. / Park, H. / Uervirojnangkoorn, M. / Bideshi, D.K. / Brunger, A.T. / Federici, B.A. / Sauter, N.K. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2015年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.type
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.52019年8月28日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 41.9 KDA INSECTICIDAL TOXIN
B: LARVICIDAL TOXIN 51 KDA PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4422
ポリマ－93,4422
非ポリマー00
水10,287571
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-13.4 kcal/mol
Surface area34740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.887, 97.416, 128.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 41.9 KDA INSECTICIDAL TOXIN / TOXIC COMPONENT OF BINARY TOXIN BINAB / STRAINS 1593/2362/2317.3


分子量: 41955.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LYSINIBACILLUS SPHAERICUS (バクテリア)
株: 2362 / 解説: NATURALLY OCCURRING NANO-CRYSTALS / プラスミド: BTI4Q7-PPHSP-1
発現宿主: BACILLUS THURINGIENSIS SUBSP. ISRAELENSIS (バクテリア)
Variant (発現宿主): 4Q7 / 参照: UniProt: P06575
#2: タンパク質 LARVICIDAL TOXIN 51 KDA PROTEIN / RECEPTOR BINDING COMPONENT OF BINARY TOXIN BINAB / STRAINS 1593/2362


分子量: 51486.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LYSINIBACILLUS SPHAERICUS (バクテリア)
株: 2362 / 解説: NATURALLY OCCURRING NANO-CRYSTALS / プラスミド: BTI4Q7-PPHSP-1
発現宿主: BACILLUS THURINGIENSIS SUBSP. ISRAELENSIS (バクテリア)
Variant (発現宿主): 4Q7 / 参照: UniProt: P10565
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: NATURALLY OCCURRING NANOCRYSTALS FORMED IN VIVO, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.212 / 波長: 1.212 Å
検出器タイプ: PIXEL ARRAY DETECTOR CSPAD / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月9日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.212 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→43.5 Å / Num. obs: 6591964 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 65.9 % / Biso Wilson estimate: 35.82 Å2 / CC1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / CC1/2: 0.262 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
cctbx.xfelデータ削減
cctbx.primeデータスケーリング
SHELXD位相決定
PHENIX位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.25→39.687 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.79 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2001 2000 3.8 %
Rwork0.1636 --
obs0.165 52174 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6350 0 0 571 6921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066654
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3599069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3612476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051195
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.30630.32711350.28813388X-RAY DIFFRACTION96
2.3063-2.36860.29731400.27493507X-RAY DIFFRACTION99
2.3686-2.43830.32341410.26343557X-RAY DIFFRACTION100
2.4383-2.5170.31771420.25723540X-RAY DIFFRACTION100
2.517-2.60690.29641410.23153554X-RAY DIFFRACTION100
2.6069-2.71130.26091430.23143573X-RAY DIFFRACTION100
2.7113-2.83470.26831410.20823558X-RAY DIFFRACTION100
2.8347-2.98410.25581440.19913581X-RAY DIFFRACTION100
2.9841-3.1710.19521420.17673571X-RAY DIFFRACTION100
3.171-3.41570.18531430.15373592X-RAY DIFFRACTION100
3.4157-3.75920.19371450.13093633X-RAY DIFFRACTION100
3.7592-4.30260.13041440.11583619X-RAY DIFFRACTION100
4.3026-5.41860.14151470.10473683X-RAY DIFFRACTION100
5.4186-39.6930.1561520.13153818X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.78721.2881.03471.80581.11611.2690.0547-0.04110.00090.03990.0172-0.03670.00730.0204-0.04490.27960.01410.03880.26280.01580.207147.266540.51464.6894
20.28980.03620.11122.79130.20630.5510.0093-0.00940.00620.0305-0.00370.0464-0.0556-0.0558-0.00010.24270.00680.00010.3046-0.00670.225330.533936.017721.611
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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