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- PDB-5foi: Crystal structure of mycinamicin VIII C21 methyl hydroxylase MycC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5foi
タイトルCrystal structure of mycinamicin VIII C21 methyl hydroxylase MycCI from Micromonospora griseorubida bound to mycinamicin VIII
要素MYCINAMICIN VIII C21 METHYL HYDROXYLASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Mycinamicin VIII / SPERMIDINE / Mycinamicin VIII C21 methyl hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種MICROMONOSPORA GRISEORUBIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Demars, M. / Sheng, F. / Podust, L.M. / Sherman, D.H.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of Mycci, a Versatile P450 Biocatalyst from the Mycinamicin Biosynthetic Pathway.
著者: Demars, M.D. / Sheng, F. / Park, S.R. / Lowell, A.N. / Podust, L.M. / Sherman, D.H.
履歴
登録2015年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYCINAMICIN VIII C21 METHYL HYDROXYLASE
B: MYCINAMICIN VIII C21 METHYL HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,33211
ポリマ－91,4642
非ポリマー2,8689
水2,648147
1
A: MYCINAMICIN VIII C21 METHYL HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4768
ポリマ－45,7321
非ポリマー1,7447
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MYCINAMICIN VIII C21 METHYL HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8563
ポリマ－45,7321
非ポリマー1,1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.781, 59.516, 74.623
Angle α, β, γ (deg.)83.20, 72.15, 62.61
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MYCINAMICIN VIII C21 METHYL HYDROXYLASE / CYTOCHROME P450 MYCCI / MYCINAMICIN BIOSYNTHESIS PROTEIN CI / MYCCI


分子量: 45732.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ENGINEERED SEQUENCE AT THE N-TERMINUS
由来: (組換発現) MICROMONOSPORA GRISEORUBIDA (バクテリア)
プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3)
参照: UniProt: Q83WF5, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

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非ポリマー , 5種, 156分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-MY8 / Mycinamicin VIII


分子量: 507.702 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H49NO6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細SPERMIDINE (SPD): PART OF CRYSTALLIZATION CONDITIONS MYCINAMICIN VIII (MY8): NATURAL SUBSTRATE OF ...SPERMIDINE (SPD): PART OF CRYSTALLIZATION CONDITIONS MYCINAMICIN VIII (MY8): NATURAL SUBSTRATE OF MYCCI PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): LINKED VIA THIOLATE BOND TO CYS 337 GLYCEROL (GOL): CRYO-PROTECTANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M CA ACETATE, 20 MM SPERMIDINE, 0.84 MM TCEP, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器タイプ: MARRESERCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→71 Å / Num. obs: 36326 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 2.21→2.33 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 1.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 71.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CV9

3cv9


解像度: 2.21→71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 7.238 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.358 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2515 1838 5.1 %RANDOM
Rwork0.18227 ---
obs0.18572 34383 90.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.168 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å2-0.15 Å2-0.78 Å2
2---1.47 Å20.37 Å2
3---1.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6013 0 200 147 6360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9072.018692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.353.01314084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5955777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.6722.472271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.64915992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.161566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8632.6743111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8622.6743110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8864.013887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8864.013888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0032.8223254
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0022.8223255
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1334.1514806
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.8721.3287251
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.8721.3317252
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 86 -
Rwork0.255 1706 -
obs--60.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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