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- PDB-5fn6: Crystal structure of human CD45 extracellular region, domains d1-d3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fn6
タイトルCrystal structure of human CD45 extracellular region, domains d1-d3
要素RECEPTOR-TYPE TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE C
キーワードHYDROLASE / RECEPTOR PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE / CD45 / PTPRC
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane raft distribution / positive regulation of antigen receptor-mediated signaling pathway / regulation of protein tyrosine kinase activity / positive regulation of hematopoietic stem cell migration / negative regulation of cytokine-mediated signaling pathway / alpha-beta T cell proliferation / membrane microdomain / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of cell adhesion involved in substrate-bound cell migration / regulation of interleukin-8 production ...plasma membrane raft distribution / positive regulation of antigen receptor-mediated signaling pathway / regulation of protein tyrosine kinase activity / positive regulation of hematopoietic stem cell migration / negative regulation of cytokine-mediated signaling pathway / alpha-beta T cell proliferation / membrane microdomain / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of cell adhesion involved in substrate-bound cell migration / regulation of interleukin-8 production / regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of microglial cell activation / negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Other semaphorin interactions / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / DN2 thymocyte differentiation / negative regulation of protein autophosphorylation / cell cycle phase transition / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / natural killer cell differentiation / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / : / bleb / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / stem cell development / negative thymic T cell selection / regulation of phagocytosis / positive thymic T cell selection / heparan sulfate proteoglycan binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / heterotypic cell-cell adhesion / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / bone marrow development / positive regulation of immunoglobulin production / ankyrin binding / leukocyte cell-cell adhesion / response to aldosterone / spectrin binding / negative regulation of interleukin-2 production / B cell proliferation / dephosphorylation / positive regulation of stem cell proliferation / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / T cell differentiation / positive regulation of protein kinase activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phagocytosis / release of sequestered calcium ion into cytosol / T cell activation / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-2 production / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / B cell differentiation / secretory granule membrane / protein tyrosine phosphatase activity / response to gamma radiation / B cell receptor signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / MAPK cascade / positive regulation of tumor necrosis factor production / regulation of gene expression / heparin binding / T cell receptor signaling pathway / defense response to virus / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / regulation of cell cycle / membrane raft / external side of plasma membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / synapse / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C / Protein tyrosine phosphatase, receptor type, N-terminal / Protein tyrosine phosphatase N terminal / Leukocyte receptor CD45 / : / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic ...Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C / Protein tyrosine phosphatase, receptor type, N-terminal / Protein tyrosine phosphatase N terminal / Leukocyte receptor CD45 / : / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chang, V.T. / Fernandes, R.A. / Ganzinger, K.A. / Lee, S.F. / Siebold, C. / McColl, J. / Jonsson, P. / Palayret, M. / Harlos, K. / Coles, C.H. ...Chang, V.T. / Fernandes, R.A. / Ganzinger, K.A. / Lee, S.F. / Siebold, C. / McColl, J. / Jonsson, P. / Palayret, M. / Harlos, K. / Coles, C.H. / Jones, E.Y. / Lui, Y. / Huang, E. / Gilbert, R.J.C. / Klenerman, D. / Aricescu, A.R. / Davis, S.J.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2016
タイトル: Initiation of T Cell Signaling by Cd45 Segregation at 'Close Contacts'.
著者: Chang, V.T. / Fernandes, R.A. / Ganzinger, K.A. / Lee, S.F. / Siebold, C. / Mccoll, J. / Jonsson, P. / Palayret, M. / Harlos, K. / Coles, C.H. / Jones, E.Y. / Lui, Y. / Huang, E. / Gilbert, R. ...著者: Chang, V.T. / Fernandes, R.A. / Ganzinger, K.A. / Lee, S.F. / Siebold, C. / Mccoll, J. / Jonsson, P. / Palayret, M. / Harlos, K. / Coles, C.H. / Jones, E.Y. / Lui, Y. / Huang, E. / Gilbert, R.J. / Klenerman, D. / Aricescu, A.R. / Davis, S.J.
履歴
登録2015年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22016年5月18日Group: Database references
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RECEPTOR-TYPE TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0766
ポリマ－30,9701
非ポリマー1,1065
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.384, 132.384, 58.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 RECEPTOR-TYPE TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE C / LEUKOCYTE COMMON ANTIGEN / L-CA / T200 / CD45


分子量: 30969.953 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAINS D1-D3, RESIDUES 223-479 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P08575, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
配列の詳細ETG N-TERMINAL RESIDUES DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR. GTKHHHHHH C-TERMINAL RESIDUES DERIVED ...ETG N-TERMINAL RESIDUES DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR. GTKHHHHHH C-TERMINAL RESIDUES DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 30% PEG8K, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M NA CACODYLATE, PH=6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 5693 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 56.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CD45 EXTRACELLULAR REGION D1-D2

解像度: 3.3→40.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8779 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8608 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.459
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2414 432 7.6 %RANDOM
Rwork0.2089 ---
obs0.2114 5687 99.77 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6174 Å20 Å20 Å2
2---3.6174 Å20 Å2
3---7.2347 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.645 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→40.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2030 0 70 0 2100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092156HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.312934HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d774SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes65HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes302HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2156HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.12
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion311SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2253SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.69 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 131 8.2 %
Rwork0.2308 1466 -
all0.2353 1597 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-1.48650.3052-0.70254.4807-1.29183.1530.04750.11090.3791-0.12150.03480.6105-0.1909-0.3466-0.0823-0.2322-0.2334-0.01990.0509-0.12680.112324.6644141.1058-19.4156
28.59964.29184.84873.35334.1824.628-0.0740.27130.223-0.0384-0.1557-0.1520.0476-0.17920.2297-0.0819-0.2382-0.07910.17180.1275-0.068452.8747145.9984-10.1238
32.77752.1266-0.56954.0196-0.27992.9257-0.1264-0.0930.07340.18360.0459-0.0409-0.02050.25530.0805-0.0960.03510.00060.10180.0032-0.162289.3693156.889910.1905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|10 - A|84 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|85 - A|173 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|174 - A|264 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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