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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fl6 | ||||||
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タイトル | Three dimensional structure of human carbonic anhydrase IX in complex with 5-(1-(4-Methylphenyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)thiophene-2- sulfonamide | ||||||
![]() | CARBONIC ANHYDRASE IX | ||||||
![]() | LYASE / CARBONIC ANHYDRASE IX / CARBONIC ANHYDRASE 9 / CA IX / CA 9 | ||||||
機能・相同性 | ![]() Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process ...Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / nucleolus / zinc ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leitans, J. / Tars, K. / Zalubovskis, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An Efficient Expression and Crystallization System of the Cancer Asociated Carbonic Anhydrase Isoform Ix. 著者: Leitans, J. / Kazaks, A. / Balode, A. / Ivanova, J. / Zalubovskis, R. / Supuran, C.T. / Tars, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 230.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 184.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 50.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 74.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 28172.684 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 137-391 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1159分子 ![](data/chem/img/Y0R.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-Y0R / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.14 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% DIMETHYL SULFOXIDE) VAPOR ...詳細: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% DIMETHYL SULFOXIDE) VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月2日 / 詳細: MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→48.11 Å / Num. obs: 108977 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3IAI 解像度: 1.95→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.539 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.692 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48 Å
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拘束条件 |
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