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- PDB-5fjl: Crystal structure of raptor adenovirus 1 fibre head, wild-type form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fjl
タイトルCrystal structure of raptor adenovirus 1 fibre head, wild-type form
要素FIBER PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion component / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Avian adenovirus fibre, N-terminal / Avian adenovirus fibre, N-terminal / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種RAPTOR SIADENOVIRUS A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Nguyen, T.H. / van Raaij, M.J.
引用
ジャーナル: Virol.J. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Raptor Adenovirus 1 Fibre Head and Role of the Beta-Hairpin in Siadenovirus Fibre Head Domains
著者: Nguyen, T.H. / Ballmann, M.Z. / Do, H.T. / Truong, H.N. / Benko, M. / Harrach, B. / van Raaij, M.J.
#1: ジャーナル: Infect.Genet.Evol / 年: 2011
タイトル: Complete Sequence of Raptor Adenovirus 1 Confirms the Characteristic Genome Organization of Siadenoviruses.
著者: Kovacs, E.R. / Benko, M.
履歴
登録2015年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2035
ポリマ－19,0611
非ポリマー1424
水3,135174
1
A: FIBER PROTEIN
ヘテロ分子

A: FIBER PROTEIN
ヘテロ分子

A: FIBER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,60815
ポリマ－57,1823
非ポリマー42512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
Buried area8080 Å2
ΔGint-186.4 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.720, 81.720, 81.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2165-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FIBER PROTEIN / ADENOVIRUS FIBRE


分子量: 19060.756 Da / 分子数: 1 / 断片: FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 324-464 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RAPTOR SIADENOVIRUS A (ウイルス) / 解説: SEE SECONDARY REFERENCE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4MI11
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NCBI REFERENCE SEQUENCE YP_004414817.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9
詳細: 20 MM BICINE-NAOH PH 9.0, 50 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 5 MM L-ARGININE, 5% (V/V) GLYCEROL, 1.5 M SODIUM CHLORIDE, 10% (V/V) ETHANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97952
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月17日
詳細: VERTICAL FOCUSING MIRROR AND HORIZONTAL FOCUSING MIRROR ORTHOGONAL IN A KIRKPATRICK-BAEZ CONFIGURATION
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED CHANNEL-CUT DCM SI (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97952 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→47.2 Å / Num. obs: 31365 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.47→1.49 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZPE

3zpe


解像度: 1.47→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 0.93 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17862 1586 5.1 %RANDOM
Rwork0.15682 ---
obs0.1579 29748 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.629 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1069 0 4 174 1247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6611.9751586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92832658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1215155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.81223.72143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.22915209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.864155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02256
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1560.21944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0730.21276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.268
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1710.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0680.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6112.132571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5842.129570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4793.196719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7892.49582
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3123.605858
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.468→1.506 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 127 -
Rwork0.222 2179 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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