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万見
- PDB-5fj7: Structure of the P2 polymerase inside in vitro assembled bacterio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fj7
タイトルStructure of the P2 polymerase inside in vitro assembled bacteriophage phi6 polymerase complex, with P1 included
要素
  • MAJOR INNER PROTEIN P1
  • RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
キーワードVIRAL PROTEIN / BACTERIOPHAGE PHI6 / POLYMERASE COMPLEX / P2 / POLYMERASE / P1
機能・相同性
機能・相同性情報


T=2 icosahedral viral capsid / RNA uridylyltransferase activity / viral inner capsid / virion component / viral nucleocapsid / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription ...T=2 icosahedral viral capsid / RNA uridylyltransferase activity / viral inner capsid / virion component / viral nucleocapsid / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Major inner capsid protein P1 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA-directed RNA polymerase / Major inner protein P1
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PHAGE PHI6 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å
データ登録者Ilca, S. / Kotecha, A. / Sun, X. / Poranen, M.P. / Stuart, D.I. / Huiskonen, J.T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Localized reconstruction of subunits from electron cryomicroscopy images of macromolecular complexes.
著者: Serban L Ilca / Abhay Kotecha / Xiaoyu Sun / Minna M Poranen / David I Stuart / Juha T Huiskonen /
要旨: Electron cryomicroscopy can yield near-atomic resolution structures of highly ordered macromolecular complexes. Often however some subunits bind in a flexible manner, have different symmetry from the ...Electron cryomicroscopy can yield near-atomic resolution structures of highly ordered macromolecular complexes. Often however some subunits bind in a flexible manner, have different symmetry from the rest of the complex, or are present in sub-stoichiometric amounts, limiting the attainable resolution. Here we report a general method for the localized three-dimensional reconstruction of such subunits. After determining the particle orientations, local areas corresponding to the subunits can be extracted and treated as single particles. We demonstrate the method using three examples including a flexible assembly and complexes harbouring subunits with either partial occupancy or mismatched symmetry. Most notably, the method allows accurate fitting of the monomeric RNA-dependent RNA polymerase bound at the threefold axis of symmetry inside a viral capsid, revealing for the first time its exact orientation and interactions with the capsid proteins. Localized reconstruction is expected to provide novel biological insights in a range of challenging biological systems.
履歴
登録2015年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id ..._em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3187
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3187
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR INNER PROTEIN P1
B: MAJOR INNER PROTEIN P1
C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,2854
ポリマ－243,2313
非ポリマー551
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 MAJOR INNER PROTEIN P1 / P1 PROTEIN FROM BACTERIOPHAGE PHI6


分子量: 84163.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PHAGE PHI6 (ファージ)
プラスミド: PLM358 / 発現宿主: PSEUDOMONAS SYRINGAE (バクテリア) / 参照: UniProt: P11126
#2: タンパク質 RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / PROTEIN P2 / P2 PROTEIN FROM BACTERIOPHAGE PHI6


分子量: 74903.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PHAGE PHI6 (ファージ)
プラスミド: PLM358 / 発現宿主: PSEUDOMONAS SYRINGAE (バクテリア) / 参照: UniProt: P11124
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BACTERIOPHAGE PHI6 POLYMERASE COMPLEX ASSEMBLED IN VITRO
タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 50 MM TRIS / pH: 8 / 詳細: 50 MM TRIS
試料濃度: 2.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2014年6月12日 / 詳細: DOSE RATE 6-8 E- PER PIX PER S
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 160000 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 81 K
撮影電子線照射量: 0.16 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 834

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Cootモデルフィッティング
2PHENIXモデルフィッティング
3UCSF Chimeraモデルフィッティング
4RELION３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: LOCALIZED RECONSTRUCTION / 解像度: 7.9 Å / 粒子像の数: 43216 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.3 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.35 Å / 倍率補正: ATOMIC MODEL
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3187. (DEPOSITION ID: 13864).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--LOCAL CORRELATION REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14K7H

4k7h

14K7H1PDBexperimental model
21HHS

1hhs

11HHS2PDBexperimental model
精密化最高解像度: 7.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 7.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17105 0 1 0 17106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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