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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fj3 | ||||||
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タイトル | Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 7-((4-CHLORO-3-((METHYLAMINO)METHYL) PHENOXY)METHYL)QUINOLIN-2-AMINE in the absence of acetate | ||||||
![]() | NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE / INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / mitochondrion organization / response to hormone / caveola / blood coagulation / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to lipopolysaccharide / cytoskeleton / calmodulin binding / heme binding / Golgi apparatus / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Phenyl Ether- and Aniline-Containing 2-Aminoquinolines as Potent and Selective Inhibitors of Neuronal Nitric Oxide Synthase. 著者: Cinelli, M.A. / Li, H. / Pensa, A.V. / Kang, S. / Roman, L.J. / Martasek, P. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 338.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 287.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5ad4C ![]() 5ad5C ![]() 5ad6C ![]() 5ad7C ![]() 5ad8C ![]() 5ad9C ![]() 5adaC ![]() 5adbC ![]() 5adcC ![]() 5addC ![]() 5adeC ![]() 5adfC ![]() 5adgC ![]() 5adiC ![]() 5adjC ![]() 5adkC ![]() 5adlC ![]() 5admC ![]() 5adnC ![]() 5fj2C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN, RESIDUES 40-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 247分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/XEB.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
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![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-ZN / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | RESIDUE 100 IS FOUND AS AN ARG IN STRUCTURE BUT IS A CYS IN DATABASE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 % 解説: OVERALL RMERGE 0.086 RPIM 0.064 CC ONE HALF 0.998 HIGHEST RESOLUTION SHELL RMERGE 1.993 RPIM 1.499 CC ONE HALF 0.295 |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 20-22% PEG3350 0.1M CACODYLATE, 140-200 MM MG ACETATE 5 MM TCEP, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 49537 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 48.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 2.2→62.962 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.96 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: RESIDUES 110 TO 120 IN CHAIN A AND 111 TO 120 IN CHAIN B ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→62.962 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | T23: -0.0044 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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