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- PDB-5fin: DARPins as a new tool for experimental phasing in protein crystal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fin
タイトルDARPins as a new tool for experimental phasing in protein crystallography
要素NI3C DARPIN MUTANT5 HG-SITE N1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / DARPIN / ENGINEERED PROTEIN / EXPERIMENTAL PHASING
機能・相同性Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Batyuk, A. / Honegger, A. / Andres, F. / Briand, C. / Gruetter, M. / Plueckthun, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Darpins as a New Tool for Experimental Phasing in Protein Crystallography
著者: Batyuk, A. / Honegger, A. / Andres, F. / Briand, C. / Gruetter, M. / Plueckthun, A.
履歴
登録2015年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NI3C DARPIN MUTANT5 HG-SITE N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7842
ポリマ－18,5841
非ポリマー2011
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.540, 50.870, 93.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NI3C DARPIN MUTANT5 HG-SITE N1


分子量: 18583.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN WITH THREE INTERNAL REPEAT AND C-TERMINAL CAPPING REPEAT TYPE MUT5 AND ENGINEERED BURIED MERCURY BINDING SITE CYS30-CYS65 WITH BOUND HG-ION
由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PQE30SS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): XL1-BLUE
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 25% W/V PEG 6000, 0.1M HEPES, PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→46.5 Å / Num. obs: 7716 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2.09 / 冗長度: 3.82 % / Biso Wilson estimate: 39.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.39
反射 シェル最高解像度: 2.34 Å / 冗長度: 3.79 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.34→46.5 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 30.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 704 5 %
Rwork0.2293 --
obs0.2313 7701 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.572 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.2041 Å20 Å20 Å2
2--2.9256 Å20 Å2
3----15.1297 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→46.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1196 0 1 30 1227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5431654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.003430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3401-2.52080.29791430.30972637X-RAY DIFFRACTION99
2.5208-2.77440.34991380.28062654X-RAY DIFFRACTION99
2.7744-3.17580.34091450.27372683X-RAY DIFFRACTION100
3.1758-4.00080.24241450.23162655X-RAY DIFFRACTION99
4.0008-46.50920.23741330.18222667X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.42391.0136-3.17283.2276-3.52176.5413-0.35230.7639-0.7711-0.3337-0.4885-0.04520.911-0.25580.66150.7265-0.01550.05920.368-0.04240.3611-23.3084-10.5695-10.9951
25.2124-0.58134.11020.2003-0.08687.9945-0.14090.4216-0.14090.5122-0.16710.22710.19230.97060.22850.79890.00360.08120.66940.08310.4605-17.2121-4.7556-16.6634
33.24340.9731-2.21558.59572.81932.98630.36460.21050.02621.2123-0.50230.5006-0.0702-2.37510.03010.4846-0.1264-0.02060.6268-0.00960.4529-26.65-5.9763-6.6302
42.8612-2.10550.38356.9895.45486.48140.384-0.0462-0.0466-0.1912-0.3724-0.1227-0.49820.7810.00060.412-0.06930.00830.41180.11220.3048-14.7659-2.2383-6.0631
56.71380.5246-0.04749.7678-5.37933.29330.0439-0.81490.3520.3480.51330.48180.2254-1.2731-0.57190.52160.0064-0.00360.69460.01320.4731-23.0497-1.06281.6686
68.1052-3.80461.1617.24290.86549.7362-0.0987-0.1287-0.17160.79160.43920.65441.40130.3726-0.31370.5068-0.06830.02380.25610.07940.3441-12.6585-3.62145.1056
77.46070.13874.66359.69891.95655.85090.26050.96151.2546-0.5859-0.4521-0.7773-2.18642.22460.18130.8144-0.28650.05670.71620.09240.4476-9.54834.7586-0.1884
87.0851-1.45031.6792.96052.81666.43470.3292-0.72290.35740.2332-0.3910.3723-0.0974-0.36480.09080.4213-0.0750.0640.3213-0.00750.2494-15.04840.49911.6329
94.63851.01111.7449.9381-1.68332.07220.05820.67240.2859-0.3291-0.3063-0.8236-1.58881.5480.05460.4622-0.12660.06260.54250.06760.4031-4.79296.09929.0978
107.1793-1.13992.64024.54751.20325.9397-0.2323-1.07740.09140.50780.2440.3685-0.0913-0.67460.040.4976-0.09390.10030.4442-0.02470.3198-11.56220.952620.1292
118.506-1.33192.64643.3353-0.27961.7851-0.5685-0.5071-0.74932.34590.0215-0.49350.43610.30660.5580.922-0.1680.01710.53120.01310.3565-1.2526.052319.6684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 12 THROUGH 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 25 THROUGH 35 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 36 THROUGH 49 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 50 THROUGH 68 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 69 THROUGH 82 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 83 THROUGH 92 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 93 THROUGH 101 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 102 THROUGH 125 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 126 THROUGH 134 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 135 THROUGH 158 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'A' AND (RESID 159 THROUGH 170 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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