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- PDB-5fig: APO-CSP3 (COPPER STORAGE PROTEIN 3) FROM BACILLUS SUBTILIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fig
タイトルAPO-CSP3 (COPPER STORAGE PROTEIN 3) FROM BACILLUS SUBTILIS
要素CSP3
キーワードCOPPER-BINDING PROTEIN / COPPER STORAGE / BACILLUS SUBTILIS
機能・相同性Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #360 / Protein of unknown function DUF326 / Domain of Unknown Function (DUF326) / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ-like / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ
機能・相同性情報
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Vita, N. / Landolfi, G. / Basle, A. / Platsaki, S. / Waldron, K. / Dennison, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Bacterial cytosolic proteins with a high capacity for Cu(I) that protect against copper toxicity.
著者: Vita, N. / Landolfi, G. / Basle, A. / Platsaki, S. / Lee, J. / Waldron, K.J. / Dennison, C.
履歴
登録2015年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CSP3
B: CSP3
C: CSP3
D: CSP3
E: CSP3
F: CSP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1236
ポリマ－71,1236
非ポリマー00
水2,468137
1
A: CSP3
B: CSP3
C: CSP3
D: CSP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4154
ポリマ－47,4154
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-28.7 kcal/mol
Surface area14960 Å2
手法PISA
2
E: CSP3
F: CSP3

E: CSP3
F: CSP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4154
ポリマ－47,4154
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area7060 Å2
ΔGint-25.8 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.087, 126.510, 85.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-2012-

HOH

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要素

#1: タンパク質
CSP3


分子量: 11853.758 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 参照: UniProt: O07571*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 200 MM NACL, 100 MM CITRATE PH 4, 800 MM AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / タイプ: DIAMOND / 波長: 0.9796
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.41 Å / Num. obs: 64008 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5ARM

5arm


解像度: 1.7→81.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 6.128 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24262 3180 5 %RANDOM
Rwork0.21971 ---
obs0.22085 60813 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.231 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→81.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4320 0 0 137 4457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194466
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0140.024101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8471.9536003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3853.0029561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1645608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.38825.249181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.93215825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1321519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025082
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5320.7842372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.530.7832371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.911.1652949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0130.9452094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 225 -
Rwork0.279 4444 -
obs--99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4505-0.22020.33732.6907-0.15492.4436-0.078-0.1050.1079-0.07430.06610.1213-0.0042-0.22920.01190.0519-0.0763-0.01220.15310.00580.011716.72829.408945.7641
22.7964-0.4259-0.21462.57120.29932.6923-0.0944-0.0451-0.1779-0.09780.1226-0.0899-0.01480.2593-0.02820.0588-0.08520.01430.1569-0.00990.017337.725634.131145.0484
33.45810.17860.27172.4696-0.40292.90030.0508-0.1838-0.24460.1056-0.059-0.14270.26920.11740.00820.1549-0.0720.00490.13750.01780.031227.664820.258963.314
43.04130.4595-0.60732.66230.3783.31010.0386-0.16210.13560.0796-0.04030.1525-0.2444-0.15960.00180.1463-0.0682-0.00330.1292-0.0120.014928.738141.22964.0838
54.08010.02780.60731.74720.0053.0833-0.11650.1352-0.0926-0.11330.0971-0.109-0.11940.0560.01940.0973-0.06770.02380.0762-0.01430.01297.88948.272833.6669
63.6596-0.40560.52331.6276-0.15583.4973-0.1136-0.09740.120.08850.05310.0881-0.26230.06140.06050.09190.03340.00560.05320.00390.0121-7.16938.304351.8645
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6F4 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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