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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fig | ||||||
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タイトル | APO-CSP3 (COPPER STORAGE PROTEIN 3) FROM BACILLUS SUBTILIS | ||||||
![]() | CSP3 | ||||||
![]() | COPPER-BINDING PROTEIN / COPPER STORAGE / BACILLUS SUBTILIS | ||||||
機能・相同性 | Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #360 / Protein of unknown function DUF326 / Domain of Unknown Function (DUF326) / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ-like / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vita, N. / Landolfi, G. / Basle, A. / Platsaki, S. / Waldron, K. / Dennison, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Bacterial cytosolic proteins with a high capacity for Cu(I) that protect against copper toxicity. 著者: Vita, N. / Landolfi, G. / Basle, A. / Platsaki, S. / Lee, J. / Waldron, K.J. / Dennison, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 224.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5armS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11853.758 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 200 MM NACL, 100 MM CITRATE PH 4, 800 MM AMMONIUM SULFATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→45.41 Å / Num. obs: 64008 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 5ARM 解像度: 1.7→81.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 6.128 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.231 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→81.74 Å
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拘束条件 |
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