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- PDB-5fid: Crystal structure of the protein elicitor MoHrip2 from Magnaporth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fid
タイトルCrystal structure of the protein elicitor MoHrip2 from Magnaporthe oryzae
要素Elicitor protein Hrip2
キーワードTOXIN / Protein elicitor
機能・相同性Blastomyces yeast-phase-specific protein / Blastomyces yeast-phase-specific protein / Elicitor protein Hrip2
機能・相同性情報
生物種Magnaporthe oryzae (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.809 Å
データ登録者Liu, M. / Duan, L. / Qiu, D. / Liu, X.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National High Technology Research and Development Program of China (863 Program)No.2011AA10A205 中国
National Natural Science Foundation of ChiniaNo.31371984 中国
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure Analysis and the Identification of Distinctive Functional Regions of the Protein Elicitor Mohrip2
著者: Liu, M. / Duan, L. / Wang, M. / Zeng, H. / Liu, X. / Qiu, D.
履歴
登録2015年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elicitor protein Hrip2
B: Elicitor protein Hrip2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8562
ポリマ－29,8562
非ポリマー00
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.245, 43.511, 74.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Elicitor protein Hrip2


分子量: 14928.171 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-152 / 変異: L78M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (菌類) / 遺伝子: hrip2 / プラスミド: pET-30 / 詳細 (発現宿主): modifie / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon Plus / 参照: UniProt: I3RTU7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2M ammonium sulfate / PH範囲: 7.0-9.o

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31.9 Å / Num. obs: 21184 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
SCALEPACKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.809→31.883 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 1042 5.18 %
Rwork0.163 --
obs0.1649 20117 94.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.809→31.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2050 0 0 402 2452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1512864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.181754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8087-1.90410.27931400.2212355X-RAY DIFFRACTION83
1.9041-2.02330.23361350.17012750X-RAY DIFFRACTION96
2.0233-2.17950.23271440.16382706X-RAY DIFFRACTION95
2.1795-2.39880.18311400.16852734X-RAY DIFFRACTION95
2.3988-2.74570.19651490.17872768X-RAY DIFFRACTION96
2.7457-3.45870.19421690.1542828X-RAY DIFFRACTION98
3.4587-31.88780.17681650.14762934X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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