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万見
- PDB-5fhz: Human aldehyde dehydrogenase 1A3 complexed with NAD(+) and retino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fhz
タイトルHuman aldehyde dehydrogenase 1A3 complexed with NAD(+) and retinoic acid
要素Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Human / retinaldehyde dehydrogenase / tetramer / product-bound structure
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / retinoic acid biosynthetic process / embryonic eye morphogenesis / retinal dehydrogenase / embryonic camera-type eye development / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / thyroid hormone binding ...nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / retinoic acid biosynthetic process / embryonic eye morphogenesis / retinal dehydrogenase / embryonic camera-type eye development / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / thyroid hormone binding / RA biosynthesis pathway / righting reflex / retinal metabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / inner ear morphogenesis / neuromuscular process controlling balance / face development / NAD+ binding / locomotory behavior / protein homotetramerization / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / RETINOIC ACID / Retinaldehyde dehydrogenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Moretti, A. / Rizzi, M. / Garavaglia, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of human aldehyde dehydrogenase 1A3 complexed with NAD(+) and retinoic acid.
著者: Moretti, A. / Li, J. / Donini, S. / Sobol, R.W. / Rizzi, M. / Garavaglia, S.
履歴
登録2015年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
B: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
C: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
D: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
E: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
F: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
G: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
H: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)472,00120
ポリマ－465,4928
非ポリマー6,50912
水1,13563
1
A: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
B: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
C: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
D: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,60212
ポリマ－232,7464
非ポリマー3,8558
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25210 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area60800 Å2
手法PISA
2
E: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
F: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
G: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
H: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,4008
ポリマ－232,7464
非ポリマー2,6544
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22380 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area60940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.656, 159.785, 177.647
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
31B
41C
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 29 - 501 / Label seq-ID: 46 - 518

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1DD
2AA
3BB
4CC
5EE
6FF
7GG
8HH

-
要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3 / Aldehyde dehydrogenase 6 / Retinaldehyde dehydrogenase 3 / RalDH3


分子量: 58186.527 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Missing residues of the crystal structure are due to weak electron density
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A3, ALDH6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47895, aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-REA / RETINOIC ACID / 3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチル-1-シクロヘキセニル)ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸


分子量: 300.435 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.24 M Na2 malonate pH 7.0, 10 mM TCEP hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.899 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.57 Å / Num. all: 364821 / Num. obs: 100139 / % possible obs: 98.29 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1822 / Net I/σ(I): 5.35
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / % possible all: 97.44

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
PHASER位相決定
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BXS

1bxs


解像度: 2.9→49.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 23.02 / SU ML: 0.432 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.482 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28923 5047 5 %RANDOM
Rwork0.22808 ---
obs0.23118 95090 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20.02 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29489 0 440 63 29992
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01930556
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0229469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4251.98441406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.936367995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.33453799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53324.4521278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.26155229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.81115168
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.24645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02134229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.026772
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2794.31115253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2784.31115252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.476.45919033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.476.45919034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.854.47815303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.854.47815304
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1226.63422374
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.20834.24934832
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.20834.24934832
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 6402 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.590.5
Bmedium positional0.630.5
Cmedium positional0.740.5
Dmedium positional0.640.5
Emedium positional0.750.5
Fmedium positional0.830.5
Gmedium positional0.740.5
Hmedium positional0.750.5
Amedium thermal19.552
Bmedium thermal19.322
Cmedium thermal18.992
Dmedium thermal17.122
Emedium thermal20.982
Fmedium thermal18.232
Gmedium thermal18.042
Hmedium thermal18.22
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 360 -
Rwork0.326 6942 -
obs--97.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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