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- PDB-5fht: HtrA2 protease mutant V226K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fht
タイトルHtrA2 protease mutant V226K
要素Serine protease HTRA2, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / APOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of type 2 mitophagy / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / serine-type endopeptidase complex ...HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of type 2 mitophagy / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / serine-type endopeptidase complex / response to herbicide / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / adult walking behavior / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / execution phase of apoptosis / protein autoprocessing / positive regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of cell cycle / ubiquitin ligase inhibitor activity / regulation of multicellular organism growth / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / neuron development / cellular response to interferon-beta / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / forebrain development / cellular response to retinoic acid / Mitochondrial protein degradation / serine-type peptidase activity / mitochondrion organization / protein catabolic process / mitochondrial membrane / cellular response to growth factor stimulus / mitochondrial intermembrane space / cytoplasmic side of plasma membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / unfolded protein binding / peptidase activity / cellular response to heat / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / cytoskeleton / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily ...PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Roll / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine protease HTRA2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Golik, P. / Dubin, G. / Zurawa-Janicka, D. / Lipinska, B. / Jarzab, M. / Wenta, T. / Gieldon, A. / Ciarkowski, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Distinct 3D Architecture and Dynamics of the Human HtrA2(Omi) Protease and Its Mutated Variants.
著者: Gieldon, A. / Zurawa-Janicka, D. / Jarzab, M. / Wenta, T. / Golik, P. / Dubin, G. / Lipinska, B. / Ciarkowski, J.
履歴
登録2015年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease HTRA2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5275
ポリマ－36,2341
非ポリマー2934
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.010, 86.010, 126.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-697-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine protease HTRA2, mitochondrial / High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine ...High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine protease 25 / Serine proteinase OMI


分子量: 36234.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2, OMI, PRSS25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase

-
非ポリマー , 5種, 204分子

#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MES, NaCl, KH2PO4, NaH2PO4 / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→14.57 Å / Num. obs: 25396 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル最高解像度: 1.95 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: poly-alanine model of 1LCY

1lcy


解像度: 1.95→14.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 5.865 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22753 1297 5.1 %RANDOM
Rwork0.17488 ---
obs0.17743 24098 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.372 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.14 Å20 Å2
2--0.27 Å2-0 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→14.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2244 0 15 200 2459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192343
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9781.9783211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94135279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2955315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.44723.40494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74315372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3021520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2510.2394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6572.6771215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6562.6761214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5913.9881518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.593.9891519
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6483.0931128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6483.0931128
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2954.4821685
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.24322.4352554
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.10621.9132482
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 89 -
Rwork0.184 1793 -
obs--99.47 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.6638 Å / Origin y: 19.9934 Å / Origin z: 45.4654 Å
111213212223313233
T0.0542 Å2-0.0054 Å2-0.0107 Å2-0.0103 Å20.0104 Å2--0.0186 Å2
L0.1012 °20.0427 °2-0.1306 °2-0.555 °2-0.3785 °2--0.569 °2
S0.0031 Å °0.0082 Å °0.0256 Å °-0.0657 Å °-0.036 Å °-0.0302 Å °-0.0315 Å °0.0303 Å °0.033 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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