[日本語] English
万見
- PDB-5fh4: The structure of rat cytosolic PEPCK variant E89D in complex with... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fh4
タイトルThe structure of rat cytosolic PEPCK variant E89D in complex with beta-sulfopyruvate and GTP
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
キーワードLYASE / kinase / gluconeogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Gluconeogenesis / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / cellular response to potassium ion starvation / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / response to methionine / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / glycerol biosynthetic process from pyruvate / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process ...Gluconeogenesis / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / cellular response to potassium ion starvation / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / response to methionine / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / glycerol biosynthetic process from pyruvate / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process / cellular response to raffinose / tricarboxylic acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / response to interleukin-6 / cellular response to fructose stimulus / cellular hypotonic response / carboxylic acid binding / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / oxaloacetate metabolic process / hepatocyte differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / cellular hyperosmotic response / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / cellular hyperosmotic salinity response / response to lipid / cellular response to glucagon stimulus / response to starvation / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to retinoic acid / cellular response to cAMP / response to nutrient levels / cellular response to dexamethasone stimulus / response to activity / gluconeogenesis / cellular response to glucose stimulus / response to bacterium / response to insulin / lipid metabolic process / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / GDP binding / glucose homeostasis / cellular response to tumor necrosis factor / manganese ion binding / cellular response to hypoxia / peptidyl-serine phosphorylation / response to lipopolysaccharide / GTP binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / SULFOPYRUVATE / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Johnson, T.A. / Holyoak, T.
資金援助 米国, カナダ, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P20 RR17708 米国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Utilization of Substrate Intrinsic Binding Energy for Conformational Change and Catalytic Function in Phosphoenolpyruvate Carboxykinase.
著者: Johnson, T.A. / Mcleod, M.J. / Holyoak, T.
履歴
登録2015年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4899
ポリマ－69,4861
非ポリマー1,0038
水9,044502
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.590, 118.809, 60.508
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP] / PEPCK-C


分子量: 69485.633 Da / 分子数: 1 / 変異: e89d / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pck1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07379, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)

-
非ポリマー , 6種, 510分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-SPV / SULFOPYRUVATE / スルホピルビン酸


分子量: 168.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O6S
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.4, 8MM MNCL2, 10mM GTP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→100 Å / Num. obs: 95906 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.005 / Net I/av σ(I): 13.94 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 585490
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.5-1.555.90.51296251.0199.9
1.55-1.625.90.39595030.998100
1.62-1.6960.33195890.991100
1.69-1.7860.25995890.993100
1.78-1.896.10.19895820.997100
1.89-2.046.20.1695851.017100
2.04-2.246.20.13496271.029100
2.24-2.566.30.11195491.004100
2.56-3.236.30.08296310.985100
3.23-1006.30.05696261.02999.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DT7

3dt7


解像度: 1.49→34.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.2286 / WRfactor Rwork: 0.2044 / FOM work R set: 0.7929 / SU B: 3.747 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.0873 / SU Rfree: 0.0851 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2286 4787 5 %RANDOM
Rwork0.2044 ---
obs0.2056 90947 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.65 Å2 / Biso mean: 23.33 Å2 / Biso min: 11.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å2-0.16 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.49→34.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4811 0 54 502 5367
Biso mean--20.22 29.17 -
残基数----612
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195089
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6211.9726912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.968311171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3985639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.17724.167228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.76315877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6111531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2090.5992481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2090.5992480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.3740.8973106
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.529 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 348 -
Rwork0.326 6135 -
all-6483 -
obs--91.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.04273.4711-1.71566.0662-4.07759.66920.13250.12220.12450.10210.09660.20150.77080.5468-0.22910.43580.03940.12010.31-0.04170.4424-17.0645-18.936159.1529
22.77810.1811-1.25013.745-1.43052.0746-0.0289-0.2358-0.13410.4712-0.0557-0.1323-0.00780.12910.08460.10630.0017-0.06940.18980.03010.1271-7.2874-17.10644.1187
34.1669-0.943-1.16161.91150.87332.1651-0.1216-0.1365-0.3476-0.28390.0454-0.11940.3647-0.03650.07610.2222-0.0095-0.00270.14060.00790.1532-9.2676-20.566921.2482
40.9264-0.5645-0.15962.5972-0.92491.1538-0.0432-0.072-0.03870.18170.01960.1347-0.0328-0.03450.02360.0397-0.0029-0.03310.18230.00740.0953-15.0772-5.879633.5416
51.17951.0456-0.58131.7787-1.0280.9779-0.0617-0.1221-0.0906-0.1488-0.0722-0.16220.07760.08970.13390.0430.0221-0.03680.1670.01290.1137-1.28742.40120.5684
60.9173-0.12310.5933.58631.4212.9694-0.05610.1319-0.1978-0.81370.0481-0.38820.11770.05620.0080.4411-0.01210.13520.1115-0.02390.1741-5.485-19.6248.1756
74.76580.028-0.13664.1097-0.10011.308-0.19430.5578-0.406-1.1244-0.01280.34930.3108-0.32640.20710.4688-0.0377-0.02710.2537-0.05320.1487-13.073-17.15377.6752
81.419-0.265-0.5221.2959-0.48081.2988-0.02620.0077-0.1163-0.0661-0.01240.0004-0.0544-0.02570.03860.04490.0063-0.04350.1333-0.00510.089-6.406111.224817.2821
92.7049-0.0288-0.00671.82380.56721.9398-0.08390.09120.1141-0.2204-0.0512-0.08380.00310.06050.13510.07620.0042-0.03570.14840.0280.0783-0.313514.36755.3616
101.4911-0.02-0.5681.8547-0.84042.00310.05760.25310.0218-0.4414-0.09320.0812-0.1841-0.16330.03560.22390.0365-0.08520.1845-0.00580.1166-12.489121.27216.5126
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3A54 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4A92 - 223
5X-RAY DIFFRACTION5A224 - 349
6X-RAY DIFFRACTION6A350 - 387
7X-RAY DIFFRACTION7A388 - 409
8X-RAY DIFFRACTION8A410 - 502
9X-RAY DIFFRACTION9A503 - 559
10X-RAY DIFFRACTION10A560 - 622

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る