PDB-5fgl: Co-crystal Structure of NicR2_Hsp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fgl

タイトル

Co-crystal Structure of NicR2_Hsp

要素

NicR

キーワード

APOPTOSIS / co-crystal derepression / Nicotine regulator 2

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Zhang, K. / Tang, H. / Wu, G. / Wang, W. / Hu, H. / Xu, P.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Chinese National Natural Science Foundation	31230002	中国
Chinese National Natural Science Foundation	31270154	中国
Chinese National Science Foundation for Excellent Young Scholars	31422004	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Co-crystal Structure of NicR2_Hsp
著者: Zhang, K. / Tang, H. / Wu, G. / Wang, W. / Hu, H. / Xu, P.

履歴

登録	2015年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fgl.cif.gz	504.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fgl.ent.gz	420.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fgl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fgl_validation.pdf.gz	486.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fgl_full_validation.pdf.gz	505.3 KB	表示
XML形式データ	5fgl_validation.xml.gz	45.9 KB	表示
CIF形式データ	5fgl_validation.cif.gz	61.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/5fgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/5fgl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fhpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mqq-3 5fhp-3 2gby-1 1jup-1 2dtz-1 3btc-1 2trt-1 3btl-1 1rpw-1 6fpl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NicR

B: NicR

C: NicR

D: NicR

E: NicR

F: NicR

ヘテロ分子

145 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NicR

B: NicR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NicR

D: NicR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: NicR

F: NicR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.522, 149.522, 156.019
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	THR	THR	A	A	30 - 233	1 - 204
2	1	MET	MET	THR	THR	B	B	30 - 233	1 - 204
1	2	MET	MET	ALA	ALA	A	A	30 - 232	1 - 203
2	2	MET	MET	ALA	ALA	C	C	30 - 232	1 - 203
1	3	MET	MET	ALA	ALA	A	A	30 - 232	1 - 203
2	3	MET	MET	ALA	ALA	D	D	30 - 232	1 - 203
1	4	MET	MET	THR	THR	A	A	30 - 233	1 - 204
2	4	MET	MET	THR	THR	E	E	30 - 233	1 - 204
1	5	GLU	GLU	THR	THR	A	A	31 - 233	2 - 204
2	5	GLU	GLU	THR	THR	F	F	31 - 233	2 - 204
1	6	MET	MET	ASP	ASP	B	B	30 - 235	1 - 206
2	6	MET	MET	ASP	ASP	C	C	30 - 235	1 - 206
1	7	MET	MET	ASP	ASP	B	B	30 - 235	1 - 206
2	7	MET	MET	ASP	ASP	D	D	30 - 235	1 - 206
1	8	MET	MET	ASP	ASP	B	B	30 - 235	1 - 206
2	8	MET	MET	ASP	ASP	E	E	30 - 235	1 - 206
1	9	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	31 - 232	2 - 203
2	9	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	31 - 232	2 - 203
1	10	MET	MET	GLN	GLN	C	C	30 - 234	1 - 205
2	10	MET	MET	GLN	GLN	D	D	30 - 234	1 - 205
1	11	MET	MET	ASP	ASP	C	C	30 - 235	1 - 206
2	11	MET	MET	ASP	ASP	E	E	30 - 235	1 - 206
1	12	GLU	GLU	ALA	ALA	C	C	31 - 232	2 - 203
2	12	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	31 - 232	2 - 203
1	13	MET	MET	ASP	ASP	D	D	30 - 235	1 - 206
2	13	MET	MET	ASP	ASP	E	E	30 - 235	1 - 206
1	14	GLU	GLU	ALA	ALA	D	D	31 - 232	2 - 203
2	14	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	31 - 232	2 - 203
1	15	GLU	GLU	ALA	ALA	E	E	31 - 232	2 - 203
2	15	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	31 - 232	2 - 203

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	NicR 分子量: 24051.293 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 31-237 / 変異: G95A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain S16) (バクテリア) 株: S16 / 遺伝子: nicR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0B4KIF6
#2: 化合物	ChemComp-6HY / 4-oxidanylidene-4-(6-oxidanylidene-1~{H}-pyridin-3-yl)butanoic acid / 4-(6-ヒドロキシ-3-ピリジル)-4-オキソ酪酸分子量: 195.172 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₉H₉NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1M Sodium malonate pH5.0, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH4.5, 2%(w/v) polyethylene 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 64118 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.2 % / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.62 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 14.614 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22943	3426	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1999	-	-	-
obs	0.20137	61445	97.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.565 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9890	0	84	188	10162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	10193
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	9608
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.277	1.958	13741
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.16	3	22035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.812	5	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.011	24.004	527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.697	15	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.646	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.121	3.514	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.12	3.514	4881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.376	5.254	6084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.376	5.255	6085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.767	3.87	5313
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.767	3.87	5314
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.511	5.674	7654
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.437	28.37	12229
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.417	28.308	12189
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12161	0.07
1	2	B	12161	0.07
2	1	A	12282	0.05
2	2	C	12282	0.05
3	1	A	12229	0.07
3	2	D	12229	0.07
4	1	A	12238	0.07
4	2	E	12238	0.07
5	1	A	12315	0.03
5	2	F	12315	0.03
6	1	B	12108	0.08
6	2	C	12108	0.08
7	1	B	12219	0.08
7	2	D	12219	0.08
8	1	B	12291	0.08
8	2	E	12291	0.08
9	1	B	12034	0.06
9	2	F	12034	0.06
10	1	C	12274	0.07
10	2	D	12274	0.07
11	1	C	12226	0.07
11	2	E	12226	0.07
12	1	C	12214	0.04
12	2	F	12214	0.04
13	1	D	12384	0.06
13	2	E	12384	0.06
14	1	D	12106	0.06
14	2	F	12106	0.06
15	1	E	12095	0.07
15	2	F	12095	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	256	-
R_work	0.251	4729	-
obs	-	-	98.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3125	0.0539	-0.7422	3.6033	-1.1603	2.4778	-0.0078	0.4293	-0.0209	-0.165	-0.0378	-0.2432	0.1008	0.0653	0.0456	0.0533	0.0191	-0.0168	0.1937	-0.0169	0.0339	22.3468	-9.5003	-14.8339
2	2.1228	0.5663	0.3702	2.1398	1.2898	2.2912	-0.0332	-0.0046	0.0986	0.1963	-0.1174	0.2051	0.1314	-0.2591	0.1507	0.0762	-0.0217	-0.0051	0.0409	0.0039	0.0525	12.6814	-10.3737	5.689
3	2.3166	-0.7072	0.8662	1.1529	-0.2224	4.0244	0.1483	0.1036	-0.0955	0.0009	-0.01	-0.4019	0.1071	0.2035	-0.1384	0.0229	-0.0118	-0.0192	0.058	-0.0381	0.2127	-3.3218	-59.963	12.2666
4	3.1784	0.6583	-1.8111	2.3236	0.0337	2.3946	0.3309	0.2607	0.3983	0.037	-0.1216	0.1066	-0.474	-0.3562	-0.2093	0.1008	0.0663	0.0294	0.0642	0.0316	0.0653	-23.1542	-49.7875	11.4582
5	2.5913	-1.3078	0.726	1.8953	-0.3304	1.7883	0.19	0.2819	0.1561	-0.3141	-0.1593	-0.0482	0.0016	0.0051	-0.0307	0.121	0.0179	-0.02	0.0508	-0.0096	0.0954	-11.573	-28.006	34.2845
6	2.6237	1.0868	-0.5558	3.4903	-0.0976	0.8722	0.073	-0.1609	0.1124	0.0961	-0.1075	0.2729	-0.0281	-0.3595	0.0345	0.0745	0.028	-0.0797	0.2273	-0.072	0.1391	-32.2244	-27.9002	43.5924

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 233
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	30 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	30 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	30 - 235
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	30 - 235
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	31 - 233

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)