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- PDB-5ffi: [2Fe:2S] ferredoxin FeSII from Azotobacter vinelandii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ffi
タイトル[2Fe:2S] ferredoxin FeSII from Azotobacter vinelandii
要素Dimeric (2Fe-2S) protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ferredoxin / nitrogen fixation / Shethna protein II / FeSII / nitrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen fixation / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Protein FeSII
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Schlesier, J. / Rohde, M. / Gerhardt, S. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationRTG 1976 ドイツ
European Research Council310656 ドイツ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: A Conformational Switch Triggers Nitrogenase Protection from Oxygen Damage by Shethna Protein II (FeSII).
著者: Schlesier, J. / Rohde, M. / Gerhardt, S. / Einsle, O.
履歴
登録2015年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Other
改定 1.32017年5月10日Group: Data collection
改定 1.42017年6月7日Group: Data collection
改定 1.52024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimeric (2Fe-2S) protein
B: Dimeric (2Fe-2S) protein
C: Dimeric (2Fe-2S) protein
D: Dimeric (2Fe-2S) protein
E: Dimeric (2Fe-2S) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,32610
ポリマ－66,4475
非ポリマー8795
水2,738152
1
B: Dimeric (2Fe-2S) protein
ヘテロ分子

A: Dimeric (2Fe-2S) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9304
ポリマ－26,5792
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
手法PISA
2
A: Dimeric (2Fe-2S) protein
ヘテロ分子

B: Dimeric (2Fe-2S) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9304
ポリマ－26,5792
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area2530 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
3
D: Dimeric (2Fe-2S) protein
ヘテロ分子

C: Dimeric (2Fe-2S) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9304
ポリマ－26,5792
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
手法PISA
4
C: Dimeric (2Fe-2S) protein
ヘテロ分子

D: Dimeric (2Fe-2S) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9304
ポリマ－26,5792
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area2570 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
5
E: Dimeric (2Fe-2S) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4652
ポリマ－13,2891
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.271, 134.480, 36.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Dimeric (2Fe-2S) protein / Ferredoxin FeSII


分子量: 13289.330 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44501
#2: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1 M of tri-sodium citrate 0.01 M sodium tetraborate (Na2B4O7)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月2日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.169→94.66 Å / Num. obs: 36128 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 42.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.169→2.177 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 1.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 1.38 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
XDS(VERSION March 1)データ削減
Aimless(version 0.5.12)データスケーリング
autoSHARP位相決定
BUSTER2.10.2精密化
CCP46.5データスケーリング
精密化解像度: 2.17→94.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9257 / SU R Cruickshank DPI: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.218 / SU Rfree Blow DPI: 0.176 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.175
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2293 1687 4.68 %RANDOM
Rwork0.1952 ---
obs0.1967 36023 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7006 Å20 Å20 Å2
2--3.7469 Å20 Å2
3----3.0462 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.298 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→94.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4357 0 20 152 4529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094435HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.125975HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1589SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes115HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes621HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4435HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion590SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4767SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2046 151 5.29 %
Rwork0.2087 2702 -
all0.2085 2853 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5269-1.24680.10162.2410.52630.94660.01020.06170.0126-0.02850.1750.26390.14660.0318-0.1852-0.02260.0329-0.1089-0.14830.037-0.0415-27.190545.6631-8.133
21.0546-1.8857-0.20583.62790.43140.73830.1594-0.102-0.2124-0.3382-0.04270.1925-0.03720.0687-0.1168-0.02710.0155-0.0133-0.13620.0663-0.045-20.45336.81997.4317
31.7619-1.0658-0.26953.4693-1.33244.39580.06330.00150.4983-0.04070.1065-0.0626-0.6109-1.0186-0.1697-0.24960.1624-0.0075-0.0852-0.103-0.0435-50.542620.5945-0.281
46.504-2.0102-0.75511.28630.46433.04120.30850.40190.4556-0.1769-0.0722-0.1397-0.3311-0.3652-0.2363-0.16360.05040.0217-0.18320.0186-0.101-40.864715.0282-16.0244
57.72251.51091.97612.3023-0.20351.3308-0.31670.14460.4582-0.23080.24510.33080.02770.07870.0716-0.14720.0276-0.0485-0.09210.0327-0.0383-12.69823.40658.9114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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