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万見
- PDB-5fej: CopM in the Cu(I)-bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fej
タイトルCopM in the Cu(I)-bound form
要素CopM
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / copper-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF305, CopM-like / Domain of unknown function (DUF305) / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / CopM / Slr6039 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhao, S. / Wang, X. / Liu, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structural basis for copper/silver binding by the Synechocystis metallochaperone CopM.
著者: Zhao, S. / Wang, X. / Niu, G. / Dong, W. / Wang, J. / Fang, Y. / Lin, Y. / Liu, L.
履歴
登録2015年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CopM
B: CopM
C: CopM
D: CopM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,03412
ポリマ－81,5264
非ポリマー5088
水2,522140
1
A: CopM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5093
ポリマ－20,3811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CopM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5093
ポリマ－20,3811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CopM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5093
ポリマ－20,3811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CopM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5093
ポリマ－20,3811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.824, 86.082, 74.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CopM


分子量: 20381.482 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: pcopM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6QDN6, UniProt: Q6YRW5*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M MES 6.0, 20% PEG 2000 MME, 1mM CuSO4, 10mM Vitamin C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 22448 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BT5

3bt5


解像度: 2.5→36.939 Å / FOM work R set: 0.7758 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 916 5 %
Rwork0.2109 17399 -
obs0.2133 18315 81.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.59 Å2 / Biso mean: 16.62 Å2 / Biso min: 6.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→36.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4544 0 8 140 4692
Biso mean--12.38 16.19 -
残基数----554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7036297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002821
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9751767
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4934-2.62480.33821020.26381564166652
2.6248-2.78920.335770.25261882195961
2.7892-3.00450.29491210.25272212233373
3.0045-3.30670.30191380.26152649278787
3.3067-3.78470.27771620.21213011317398
3.7847-4.76670.2431610.18033023318499
4.7667-36.94340.19731550.18323058321398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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