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万見
- PDB-5feg: Crystal structure of the dimeric allergen profilin (Hev b 8) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5feg
タイトルCrystal structure of the dimeric allergen profilin (Hev b 8)
要素Profilin-2プロフィリン
キーワードALLERGEN (アレルゲン) / Actin Binding Protein / Allergy / Cross-reactivity (交差反応性) / Hev b 8
機能・相同性
機能・相同性情報


: / actin binding / 細胞骨格 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Profilin conserved site / Profilin signature. / プロフィリン / プロフィリン / プロフィリン / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Β-ラクタマーゼ / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hevea brasiliensis (パラゴムノキ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.802 Å
データ登録者Mares-Mejia, I. / Rodriguez-Romero, A.
資金援助 メキシコ, 2件
組織認可番号国
DGAPA-UNAMIN207613 メキシコ
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)166472 メキシコ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural insights into the IgE mediated responses induced by the allergens Hev b 8 and Zea m 12 in their dimeric forms.
著者: Mares-Mejia, I. / Martinez-Caballero, S. / Garay-Canales, C. / Cano-Sanchez, P. / Torres-Larios, A. / Lara-Gonzalez, S. / Ortega, E. / Rodriguez-Romero, A.
履歴
登録2015年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Profilin-2
B: Profilin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3242
ポリマ－28,3242
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.558, 58.558, 87.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Profilin-2 / プロフィリン / Pollen allergen Hev b 8.0102


分子量: 14162.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Clone RRIM600
由来: (組換発現) Hevea brasiliensis (パラゴムノキ)
組織: Leaf / 遺伝子: PRO2 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q9STB6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M TRIS-HCl, pH 9.0; 2.0 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 101 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5416 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5416 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→43.86 Å / Num. obs: 8075 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.6 % / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FDS

5fds


解像度: 2.802→33.092 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.73 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2497 377 4.67 %RANDOM
Rwork0.2067 ---
obs0.2097 8075 98.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.802→33.092 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1914 0 0 0 1914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091957
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2482664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7391142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8021-3.20680.34941390.28972552X-RAY DIFFRACTION94
3.2068-4.03720.24871160.22232604X-RAY DIFFRACTION95
4.0372-24.320.21621200.17252535X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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