PDB-5fea: Domain Swapped Bromodomain from Leishmania donovani

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fea

タイトル

Domain Swapped Bromodomain from Leishmania donovani

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / BROMODOMAIN / DOMAIN-SWAPPING / BROMOSPORINE / Structural Genomics Consortium (SGC)

機能・相同性

機能・相同性情報

Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Hou, C.F.D. / Lin, Y.H. / LOPPNAU, P. / Dong, A. / El Bakkouri, M. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Domain Swapped Bromodomain from Leishmania donovani
著者: Walker, J.R. / Hou, C.F.D. / Lin, Y.H. / LOPPNAU, P. / Dong, A. / El Bakkouri, M. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2015年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fea.cif.gz	116.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fea.ent.gz	89.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fea_validation.pdf.gz	948.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fea_full_validation.pdf.gz	948.3 KB	表示
XML形式データ	5fea_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	5fea_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/5fea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/5fea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c8gS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2r62-2 3o6b-3 3o6b-2 5xkb-d 3k1r-d 6hm0-d 6ssj-d 6g14-1 2z62-d 1sgv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.176, 77.176, 169.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	9 - 124
2	0	1	0	B	9 - 124

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 15701.688 Da / 分子数: 2 / 断片: Bromodomain, UNP residues 25-160 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania donovani (strain BPK282A1) (ドノバンリーシュマニア) 株: BPK282A1 / 遺伝子: LDBPK_363520 / プラスミド: PET15-MHL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: E9BU61
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-BMF / Bromosporine / ethyl (3-methyl-6-{4-methyl-3-[(methylsulfonyl)amino]phenyl}[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-8-yl)carbamate / ブロモスポリン分子量: 404.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₆O₄S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: The protein (concentrated to 15mg/mL in 20mM HEPES pH 7.5 and 150 mM NaCl) was crystallized at 293 K in 30% PEG2000 MME, 0.15M KBr with bromosporine using the sitting drop method.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97921 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 9764 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 17.7 % / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 1.578 / Net I/av σ(I): 40.25 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 173005

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.64	18.7	0.698	454	0.984	0.165	0.718	1.482	98.5
2.64-2.69	18.4	0.668	479	0.962	0.159	0.687	1.588	98.6
2.69-2.74	18.5	0.607	461	0.979	0.144	0.625	1.525	98.9
2.74-2.8	18.3	0.504	479	0.982	0.12	0.519	1.479	99.2
2.8-2.86	18.6	0.433	473	0.989	0.103	0.445	1.542	99.2
2.86-2.93	18.4	0.353	467	0.992	0.084	0.363	1.535	98.3
2.93-3	18.3	0.298	478	0.995	0.071	0.306	1.555	99.2
3-3.08	18.5	0.267	475	0.993	0.064	0.274	1.624	99
3.08-3.17	18.1	0.189	471	0.997	0.046	0.195	1.621	99.2
3.17-3.28	18.2	0.169	490	0.998	0.041	0.174	1.584	99
3.28-3.39	18.1	0.128	473	0.998	0.031	0.132	1.686	99.2
3.39-3.53	17.7	0.113	497	0.998	0.027	0.116	1.808	99.4
3.53-3.69	17.9	0.115	475	0.998	0.028	0.119	1.925	99
3.69-3.88	17.4	0.098	497	0.998	0.025	0.101	1.994	99.4
3.88-4.13	17.4	0.086	476	0.997	0.021	0.089	1.986	99.6
4.13-4.45	17.3	0.071	503	0.999	0.018	0.074	1.913	99.4
4.45-4.89	16.7	0.062	504	0.999	0.016	0.065	1.463	99.2
4.89-5.6	17	0.058	515	0.998	0.014	0.06	1.147	99.2
5.6-7.05	16.9	0.054	519	0.999	0.014	0.056	1.071	98.9
7.05-50	15	0.052	578	0.998	0.014	0.054	1.05	96.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0124	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5C8G

5c8g

解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 25.12 / SU ML: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.802 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2772	515	5.3 %	RANDOM
R_work	0.2275	-	-	-
obs	0.23	9220	99.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.62 Å² / B_iso mean: 69.331 Å² / B_iso min: 38.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.15 Å²	1.08 Å²	0 Å²
2-	-	2.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1935	0	58	18	2011
B_iso mean	-	-	55.32	53.2	-
残基数	-	-	-	-	246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.136	1.924	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.06	3	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.069	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.776	23.226	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.92	15	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.654	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.029	4.207	987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.028	4.207	986
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.73	6.309	1232

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11116 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	41	-
R_work	0.276	656	-
all	-	697	-
obs	-	-	99.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7954	0.8979	-0.6113	3.6536	-1.8013	3.8599	0.2328	0.196	0.7186	-0.0154	-0.1402	0.1555	-0.1056	-0.1327	-0.0927	0.166	0.1772	-0.0301	0.3145	-0.0191	0.2002	-18.7816	-24.3201	12.2835
2	3.8746	-1.2518	-0.7697	4.0172	-4.3919	16.7929	0.0436	0.1719	-0.1906	-0.3237	-0.1331	0.0407	0.259	0.2287	0.0895	0.1341	0.1125	-0.0052	0.2503	0.0192	0.2619	-6.9791	-33.7005	14.4354
3	4.3172	-3.5483	-1.1305	7.0279	1.5509	0.4184	0.2152	0.1457	-0.4017	-0.1695	-0.3515	0.1169	-0.0192	-0.0122	0.1363	0.1085	0.1941	0.0442	0.3784	0.1057	0.1778	-0.217	-57.6246	15.8181
4	5.727	-2.0527	-1.8841	4.5667	1.548	3.8982	0.0804	0.7283	-0.161	-0.3913	-0.1352	-0.5297	-0.1258	0.2004	0.0548	0.2904	0.3155	0.1445	0.552	0.0935	0.1337	4.8117	-50.4231	5.0111
5	15.1091	-4.4849	2.4655	1.3413	-0.7351	0.4042	-0.2236	-0.7786	-0.5109	0.0702	0.2781	0.1042	-0.0387	-0.1263	-0.0545	0.548	0.0258	-0.063	0.5504	0.0558	0.4592	15.628	-63.125	17.8165
6	4.0281	-2.6853	-0.9508	7.2041	2.8435	1.1341	0.1445	-0.1488	-0.1938	-0.2945	0.0498	-0.5407	-0.1216	0.0346	-0.1943	0.1804	0.2032	0.0368	0.3706	0.1548	0.2199	7.6627	-48.2363	17.0779
7	4.2478	-1.8476	0.6978	3.8583	0.4902	2.8672	-0.079	-0.2174	0.5088	0.2302	-0.0734	-0.368	-0.3367	0.3117	0.1524	0.1403	0.059	0.0035	0.2996	0.0882	0.1882	-4.3599	-21.8573	17.5756
8	6.8684	0.2184	8.0867	8.8474	-5.7143	13.8465	0.07	0.6901	0.7481	-0.4137	-0.5888	0.6189	0.171	0.7523	0.5188	0.1962	0.3817	0.0252	0.9463	0.0388	0.1995	-4.6732	-22.6112	1.8178

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	59 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	116 - 149
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	33 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	46 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	81 - 128
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	129 - 153

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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