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- PDB-5fdv: Crystal structure of the Pyrrhocoricin antimicrobial peptide boun... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5fdv
タイトルCrystal structure of the Pyrrhocoricin antimicrobial peptide bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Pyrrhocoricin
  • Ribosome-associated inhibitor A
キーワードRIBOSOME / bacterial ribosome / proline-rich antimicrobial peptide / antibiotics / protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


dormancy process / negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / negative regulation of translational initiation / response to cold / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...dormancy process / negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / negative regulation of translational initiation / response to cold / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / defense response to bacterium / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / innate immune response / mRNA binding / zinc ion binding / extracellular region / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal ...: / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 ...ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Ribosome-associated inhibitor A / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Pyrrhocoricin / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Pyrrhocoris apterus (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Seefeldt, A.C. / Graf, M. / Perebaskine, N. / Nguyen, F. / Arenz, S. / Mardirossian, M. / Scocchi, M. / Wilson, D.N. / Innis, C.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structure of the mammalian antimicrobial peptide Bac7(1-16) bound within the exit tunnel of a bacterial ribosome.
著者: Seefeldt, A.C. / Graf, M. / Perebaskine, N. / Nguyen, F. / Arenz, S. / Mardirossian, M. / Scocchi, M. / Wilson, D.N. / Innis, C.A.
履歴
登録2015年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22016年3月23日Group: Structure summary
改定 1.32016年3月30日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.52024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1A: 23S ribosomal RNA
1B: 5S ribosomal RNA
1D: 50S ribosomal protein L2
1E: 50S ribosomal protein L3
1F: 50S ribosomal protein L4
1G: 50S ribosomal protein L5
1H: 50S ribosomal protein L6
1I: 50S ribosomal protein L9
1N: 50S ribosomal protein L13
1O: 50S ribosomal protein L14
1P: 50S ribosomal protein L15
1Q: 50S ribosomal protein L16
1R: 50S ribosomal protein L17
1S: 50S ribosomal protein L18
1T: 50S ribosomal protein L19
1U: 50S ribosomal protein L20
1V: 50S ribosomal protein L21
1W: 50S ribosomal protein L22
1X: 50S ribosomal protein L23
1Y: 50S ribosomal protein L24
1Z: 50S ribosomal protein L25
10: 50S ribosomal protein L27
11: 50S ribosomal protein L28
12: 50S ribosomal protein L29
13: 50S ribosomal protein L30
14: 50S ribosomal protein L31
15: 50S ribosomal protein L32
16: 50S ribosomal protein L33
17: 50S ribosomal protein L34
18: 50S ribosomal protein L35
19: 50S ribosomal protein L36
1a: 16S ribosomal RNA
2x: Ribosome-associated inhibitor A
1b: 30S ribosomal protein S2
1c: 30S ribosomal protein S3
1d: 30S ribosomal protein S4
1e: 30S ribosomal protein S5
1f: 30S ribosomal protein S6
1g: 30S ribosomal protein S7
1h: 30S ribosomal protein S8
1i: 30S ribosomal protein S9
1j: 30S ribosomal protein S10
1k: 30S ribosomal protein S11
1l: 30S ribosomal protein S12
1m: 30S ribosomal protein S13
1n: 30S ribosomal protein S14 type Z
1o: 30S ribosomal protein S15
1p: 30S ribosomal protein S16
1q: 30S ribosomal protein S17
1r: 30S ribosomal protein S18
1s: 30S ribosomal protein S19
1t: 30S ribosomal protein S20
1u: 30S ribosomal protein Thx
1x: Ribosome-associated inhibitor A
1y: Pyrrhocoricin
2A: 23S ribosomal RNA
2B: 5S ribosomal RNA
2D: 50S ribosomal protein L2
2E: 50S ribosomal protein L3
2F: 50S ribosomal protein L4
2G: 50S ribosomal protein L5
2H: 50S ribosomal protein L6
2I: 50S ribosomal protein L9
2N: 50S ribosomal protein L13
2O: 50S ribosomal protein L14
2P: 50S ribosomal protein L15
2Q: 50S ribosomal protein L16
2R: 50S ribosomal protein L17
2S: 50S ribosomal protein L18
2T: 50S ribosomal protein L19
2U: 50S ribosomal protein L20
2V: 50S ribosomal protein L21
2W: 50S ribosomal protein L22
2X: 50S ribosomal protein L23
2Y: 50S ribosomal protein L24
2Z: 50S ribosomal protein L25
20: 50S ribosomal protein L27
21: 50S ribosomal protein L28
22: 50S ribosomal protein L29
23: 50S ribosomal protein L30
24: 50S ribosomal protein L31
25: 50S ribosomal protein L32
26: 50S ribosomal protein L33
27: 50S ribosomal protein L34
28: 50S ribosomal protein L35
29: 50S ribosomal protein L36
2a: 16S ribosomal RNA
2b: 30S ribosomal protein S2
2c: 30S ribosomal protein S3
2d: 30S ribosomal protein S4
2e: 30S ribosomal protein S5
2f: 30S ribosomal protein S6
2g: 30S ribosomal protein S7
2h: 30S ribosomal protein S8
2i: 30S ribosomal protein S9
2j: 30S ribosomal protein S10
2k: 30S ribosomal protein S11
2l: 30S ribosomal protein S12
2m: 30S ribosomal protein S13
2n: 30S ribosomal protein S14 type Z
2o: 30S ribosomal protein S15
2p: 30S ribosomal protein S16
2q: 30S ribosomal protein S17
2r: 30S ribosomal protein S18
2s: 30S ribosomal protein S19
2t: 30S ribosomal protein S20
2u: 30S ribosomal protein Thx
2y: Pyrrhocoricin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,369,0592543
ポリマ－4,308,405108
非ポリマー60,6542435
水81,8964546
1
1A: 23S ribosomal RNA
1B: 5S ribosomal RNA
1D: 50S ribosomal protein L2
1E: 50S ribosomal protein L3
1F: 50S ribosomal protein L4
1G: 50S ribosomal protein L5
1H: 50S ribosomal protein L6
1I: 50S ribosomal protein L9
1N: 50S ribosomal protein L13
1O: 50S ribosomal protein L14
1P: 50S ribosomal protein L15
1Q: 50S ribosomal protein L16
1R: 50S ribosomal protein L17
1S: 50S ribosomal protein L18
1T: 50S ribosomal protein L19
1U: 50S ribosomal protein L20
1V: 50S ribosomal protein L21
1W: 50S ribosomal protein L22
1X: 50S ribosomal protein L23
1Y: 50S ribosomal protein L24
1Z: 50S ribosomal protein L25
10: 50S ribosomal protein L27
11: 50S ribosomal protein L28
12: 50S ribosomal protein L29
13: 50S ribosomal protein L30
14: 50S ribosomal protein L31
15: 50S ribosomal protein L32
16: 50S ribosomal protein L33
17: 50S ribosomal protein L34
18: 50S ribosomal protein L35
19: 50S ribosomal protein L36
1a: 16S ribosomal RNA
1b: 30S ribosomal protein S2
1c: 30S ribosomal protein S3
1d: 30S ribosomal protein S4
1e: 30S ribosomal protein S5
1f: 30S ribosomal protein S6
1g: 30S ribosomal protein S7
1h: 30S ribosomal protein S8
1i: 30S ribosomal protein S9
1j: 30S ribosomal protein S10
1k: 30S ribosomal protein S11
1l: 30S ribosomal protein S12
1m: 30S ribosomal protein S13
1n: 30S ribosomal protein S14 type Z
1o: 30S ribosomal protein S15
1p: 30S ribosomal protein S16
1q: 30S ribosomal protein S17
1r: 30S ribosomal protein S18
1s: 30S ribosomal protein S19
1t: 30S ribosomal protein S20
1u: 30S ribosomal protein Thx
1x: Ribosome-associated inhibitor A
1y: Pyrrhocoricin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,186,3491353
ポリマ－2,154,20354
非ポリマー32,1461299
水68538
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
2x: Ribosome-associated inhibitor A
2A: 23S ribosomal RNA
2B: 5S ribosomal RNA
2D: 50S ribosomal protein L2
2E: 50S ribosomal protein L3
2F: 50S ribosomal protein L4
2G: 50S ribosomal protein L5
2H: 50S ribosomal protein L6
2I: 50S ribosomal protein L9
2N: 50S ribosomal protein L13
2O: 50S ribosomal protein L14
2P: 50S ribosomal protein L15
2Q: 50S ribosomal protein L16
2R: 50S ribosomal protein L17
2S: 50S ribosomal protein L18
2T: 50S ribosomal protein L19
2U: 50S ribosomal protein L20
2V: 50S ribosomal protein L21
2W: 50S ribosomal protein L22
2X: 50S ribosomal protein L23
2Y: 50S ribosomal protein L24
2Z: 50S ribosomal protein L25
20: 50S ribosomal protein L27
21: 50S ribosomal protein L28
22: 50S ribosomal protein L29
23: 50S ribosomal protein L30
24: 50S ribosomal protein L31
25: 50S ribosomal protein L32
26: 50S ribosomal protein L33
27: 50S ribosomal protein L34
28: 50S ribosomal protein L35
29: 50S ribosomal protein L36
2a: 16S ribosomal RNA
2b: 30S ribosomal protein S2
2c: 30S ribosomal protein S3
2d: 30S ribosomal protein S4
2e: 30S ribosomal protein S5
2f: 30S ribosomal protein S6
2g: 30S ribosomal protein S7
2h: 30S ribosomal protein S8
2i: 30S ribosomal protein S9
2j: 30S ribosomal protein S10
2k: 30S ribosomal protein S11
2l: 30S ribosomal protein S12
2m: 30S ribosomal protein S13
2n: 30S ribosomal protein S14 type Z
2o: 30S ribosomal protein S15
2p: 30S ribosomal protein S16
2q: 30S ribosomal protein S17
2r: 30S ribosomal protein S18
2s: 30S ribosomal protein S19
2t: 30S ribosomal protein S20
2u: 30S ribosomal protein Thx
2y: Pyrrhocoricin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,182,7101190
ポリマ－2,154,20354
非ポリマー28,5071136
水64936
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)209.940, 450.100, 622.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 6分子 1A2A1B2B1a2a

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 948007.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 55771382
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38882.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 55771382
#32: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 493863.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 55771382

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 1D2D1E2E1F2F1G2G1H2H1I2I1N2N1O2O1P2P1Q2Q1R2R1S2S1T2T1U2U1V2V...

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30401.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P60405
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22249.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN8
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / L1e


分子量: 22512.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN9
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20930.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18980.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16293.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLQ1
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P60488
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP8
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16248.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P60489
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / TL24


分子量: 12437.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 15503.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P60490
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13591.028 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P60491
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P60492
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12678.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP3
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10646.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP0
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11726.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP9
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / TL5


分子量: 22851.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8689.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P60493
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 10872.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P60494
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8485.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP6
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6667.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8086.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJE1
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6590.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80339
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6501.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P35871
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5975.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80340
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7374.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SKU1
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHR2

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 1b2b1c2c1d2d1e2e1f2f1g2g1h2h1i2i1j2j1k2k1l2l1m2m1n2n1o2o1p2p...

#34: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26646.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80371
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22862.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80372
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16144.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11917.675 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLP8
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15737.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14279.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80374
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11169.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN7
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12032.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80376
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13650.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN3
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13237.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80377
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ76
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9795.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJH3
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 11722.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 7897.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9455.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP2
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 10876.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80380
#53: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / S31


分子量: 2831.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
遺伝子: rpsU, TTHA1396 / プラスミド: pGS21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SIH3

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 2x1x1y2y

#33: タンパク質 Ribosome-associated inhibitor A / Protein Y / SpotY / pY


分子量: 10964.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AD49
#54: タンパク質・ペプチド Pyrrhocoricin


分子量: 1796.098 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-16 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) Pyrrhocoris apterus (昆虫) / 参照: UniProt: P37362

-
非ポリマー , 5種, 6981分子

#55: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2420 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#56: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#57: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#58: 化合物 ChemComp-A / ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / AMP


タイプ: RNA linking / 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#59: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: Tris-HCl, PEG 20000, MPD, Arginine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 1428776 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 64.57 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 15.99 / Num. measured all: 19712065
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.8-2.870.4112.211.2914060771052321052222.297100
2.87-2.950.5991.5861.8714545051024951024861.645100
2.95-3.040.7551.132.7140188699730997251.172100
3.04-3.130.8660.7963.87134077096954969530.827100
3.13-3.230.9220.5875.19124346493958939540.61100
3.23-3.350.9550.4566.89127747690881908790.473100
3.35-3.470.970.3748.29121347087760877590.388100
3.47-3.610.9790.3059.98114091084529845270.317100
3.61-3.780.9880.23713.03115518781106811060.245100
3.78-3.960.9920.18816108821377559775590.195100
3.96-4.170.9940.15418.6698760673821738210.16100
4.17-4.430.9960.12622.898947969872698720.13100
4.43-4.730.9970.10426.1889556665757657570.108100
4.73-5.110.9980.0930.1486889861300613000.093100
5.11-5.60.9980.07833.7679303856402564020.081100
5.6-6.260.9980.07334.6968685951214512130.075100
6.26-7.230.9990.06438.6461971845305453050.066100
7.23-8.850.9990.0547.7653256638382383820.052100
8.85-12.520.9990.03660.5539870029977299770.038100
12.520.9990.02576.4421767716927165770.02697.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y4O

4y4o


解像度: 2.8→49.812 Å / FOM work R set: 0.8317 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 70495 4.93 %
Rwork0.1885 1358125 -
obs0.191 1428620 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.28 Å2 / Biso mean: 60.09 Å2 / Biso min: 8.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→49.812 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数93252 193336 6980 15 293583
Biso mean--55.09 37.34 -
残基数----20846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.029324631
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.942472068
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08358935
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0125484
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.503144386
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8-2.83180.38323650.32744493147296
2.8318-2.86510.365223690.31064502547394
2.8651-2.90010.342223660.28884494847314
2.9001-2.93680.337823660.27794494147307
2.9368-2.97540.332723710.27164505847429
2.9754-3.01620.32423700.26214503047400
3.0162-3.05920.308823700.24654503047400
3.0592-3.10490.281619240.22354548047404
3.1049-3.15340.281723090.21624507547384
3.1534-3.20510.274923510.21394509347444
3.2051-3.26040.269123560.20814507147427
3.2604-3.31960.257423630.1964511947482
3.3196-3.38350.2523860.19214511347499
3.3835-3.45250.256423480.19444507547423
3.4525-3.52760.251123570.19294516947526
3.5276-3.60960.249123430.19114514347486
3.6096-3.69980.247423510.18584517147522
3.6998-3.79980.231923660.17864519047556
3.7998-3.91160.226423540.17394524147595
3.9116-4.03780.228623590.17734528847647
4.0378-4.18210.228723770.17634513747514
4.1821-4.34940.224523390.1734529147630
4.3494-4.54720.220523890.17254535147740
4.5472-4.78680.220723640.16784535747721
4.7868-5.08640.220223500.16574539847748
5.0864-5.47870.206623820.15694545047832
5.4787-6.02920.207923790.15844558047959
6.0292-6.89970.214323930.16184570548098
6.8997-8.68540.212223730.16714593448307
8.6854-49.81990.220824050.19824673149136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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