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- PDB-5fdn: Crystal structure of phosphoenolpyruvate carboxylase from Arabido... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fdn
タイトルCrystal structure of phosphoenolpyruvate carboxylase from Arabidopsis thaliana in complex with aspartate and citrate
要素Phosphoenolpyruvate carboxylase 3
キーワードLYASE / Carboxylase Inhibitor PEPC Functional tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / carbon fixation / tricarboxylic acid cycle / photosynthesis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxylase, Lys active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase, bacterial/plant-type / Phosphoenolpyruvate carboxylase, His active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 2. / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 1. / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / CITRATE ANION / Phosphoenolpyruvate carboxylase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Connell, M.B. / Lee, M.J.Y. / Plaxton, W.C. / Jia, Z.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN203705-2013 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of phosphoenolpyruvate carboxylase from Arabidopsis thaliana in complex with aspartate and citrate
著者: Connell, M.B. / Lee, M.J.Y. / Plaxton, W.C. / Jia, Z.
履歴
登録2015年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 3
B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,3226
ポリマ－224,6782
非ポリマー6444
水28,8421601
1
A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 3
B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 3
ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 3
B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)450,64512
ポリマ－449,3564
非ポリマー1,2898
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)264.260, 268.130, 77.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1129-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxylase 3 / PEPCase 3


分子量: 112338.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PPC3, PEPC, PPC, At3g14940, K15M2.8 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q84VW9, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 6% PEG 6000, 100 mM sodium citrate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03323 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03323 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.87 Å / Num. obs: 140308 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 19.41
反射 シェル解像度: 2.2→2.5 Å / 冗長度: 7.52 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 8.48 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→48.87 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1925 2013 1.43 %
Rwork0.1731 --
obs0.1734 140290 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14573 0 44 1601 16218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94720176
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9259062
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052620
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2550.22281500.19689770X-RAY DIFFRACTION100
2.255-2.3160.23311370.19529807X-RAY DIFFRACTION100
2.316-2.38420.20591410.19279759X-RAY DIFFRACTION100
2.3842-2.46110.25671430.19179818X-RAY DIFFRACTION100
2.4611-2.54910.26561420.19179782X-RAY DIFFRACTION100
2.5491-2.65110.1951460.18849798X-RAY DIFFRACTION100
2.6511-2.77180.25131410.18749826X-RAY DIFFRACTION100
2.7718-2.91790.21421440.18619846X-RAY DIFFRACTION100
2.9179-3.10070.19421410.18389849X-RAY DIFFRACTION100
3.1007-3.340.19771460.17599862X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.6760.20951430.16549901X-RAY DIFFRACTION100
3.676-4.20770.15491440.14829924X-RAY DIFFRACTION100
4.2077-5.30030.14591440.14610017X-RAY DIFFRACTION100
5.3003-48.88130.15611510.171910318X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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