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- PDB-5fdl: Crystal Structure of K103N/Y181C Mutant HIV-1 Reverse Transcripta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fdl
タイトルCrystal Structure of K103N/Y181C Mutant HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in Complex with IDX899
要素
  • P51 Reverse transcriptase
  • P66 Reverse transcriptase
キーワードHYDROLASE / HIV-1 Reverse Transcriptase / Phosphoindole / NNRTI / Mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5DV / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Dousson, C.B. / Alexandre, F.-R. / Convard, T. / Fisher, M. / Lamers, M.B.A.C. / Leonard, P.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of the Aryl-phospho-indole IDX899, a Highly Potent Anti-HIV Non-nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor.
著者: Dousson, C. / Alexandre, F.R. / Amador, A. / Bonaric, S. / Bot, S. / Caillet, C. / Convard, T. / da Costa, D. / Lioure, M.P. / Roland, A. / Rosinovsky, E. / Maldonado, S. / Parsy, C. / ...著者: Dousson, C. / Alexandre, F.R. / Amador, A. / Bonaric, S. / Bot, S. / Caillet, C. / Convard, T. / da Costa, D. / Lioure, M.P. / Roland, A. / Rosinovsky, E. / Maldonado, S. / Parsy, C. / Trochet, C. / Storer, R. / Stewart, A. / Wang, J. / Mayes, B.A. / Musiu, C. / Poddesu, B. / Vargiu, L. / Liuzzi, M. / Moussa, A. / Jakubik, J. / Hubbard, L. / Seifer, M. / Standring, D.
履歴
登録2015年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P51 Reverse transcriptase
B: P66 Reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,7983
ポリマ－115,3822
非ポリマー4161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area43470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.260, 154.790, 154.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 P51 Reverse transcriptase / Pr160Gag-Pol


分子量: 64086.426 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: P51
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 P66 Reverse transcriptase / Pr160Gag-Pol


分子量: 51295.926 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: P66
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-5DV / methyl (R)-(2-carbamoyl-5-chloro-1H-indol-3-yl)[3-(2-cyanoethyl)-5-methylphenyl]phosphinate


分子量: 415.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19ClN3O3P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein was concentrated to 14 mg/ml in the presence of 0.5 mM inhibitor A051606P then used in successive crystal micro-seeding experiments to yield protein crystals of 0.3 mm x 0.3 mm x 0.2 ...詳細: Protein was concentrated to 14 mg/ml in the presence of 0.5 mM inhibitor A051606P then used in successive crystal micro-seeding experiments to yield protein crystals of 0.3 mm x 0.3 mm x 0.2 mm in 1.4 M Sodium Malonate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→94.15 Å / Num. obs: 26048 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.831 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KO0

4ko0


解像度: 3.1→94.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.845 / SU B: 30.378 / SU ML: 0.495 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.517 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29866 1255 4.8 %RANDOM
Rwork0.24279 ---
obs0.24549 24765 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å2-0 Å20 Å2
2---1.13 Å2-0 Å2
3---2.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→94.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7425 0 28 0 7453
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.027656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0941.95510463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.837316517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4895940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.01725.492315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4151247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8151518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1356.7373778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1356.7373779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.80210.0984712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.80210.0984713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5746.6993878
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5736.6993879
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.92210.0245751
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.62952.8818389
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.6352.888386
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 93 -
Rwork0.347 1805 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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