PDB-5fc9: Novel Purple Cupredoxin from Nitrosopumilus maritimus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fc9

タイトル

Novel Purple Cupredoxin from Nitrosopumilus maritimus

要素

Blue (Type 1) copper domain protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Cupredoxin / NO oxidation / nitrogen cycle / open type 1 copper site

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nitrosopumilus maritimus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Hosseinzadeh, P. / Lu, Y. / Robinson, H. / Gao, Y.-G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: A Purple Cupredoxin from Nitrosopumilus maritimus Containing a Mononuclear Type 1 Copper Center with an Open Binding Site.
著者: Hosseinzadeh, P. / Tian, S. / Marshall, N.M. / Hemp, J. / Mullen, T. / Nilges, M.J. / Gao, Y.G. / Robinson, H. / Stahl, D.A. / Gennis, R.B. / Lu, Y.

履歴

登録	2015年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fc9.cif.gz	104.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fc9.ent.gz	77 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fc9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fc9_validation.pdf.gz	434 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fc9_full_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示
XML形式データ	5fc9_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	5fc9_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/5fc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/5fc9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4azuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c5f-1 4p8e-d 5cfn-d 4hxy-1 3lx6-1 6aq3-3 3qp9-4 1w7h-d 1g85-d 5ci6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Blue (Type 1) copper domain protein

B: Blue (Type 1) copper domain protein

C: Blue (Type 1) copper domain protein

D: Blue (Type 1) copper domain protein

ヘテロ分子

42.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.887, 68.887, 184.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Blue (Type 1) copper domain protein 分子量: 10622.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein containing Cu ions 由来: (組換発現) Nitrosopumilus maritimus (strain SCM1) (古細菌) 株: SCM1 / 遺伝子: Nmar_1307 / プラスミド: pET22b / 詳細 (発現宿主): periplasmic expression / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A9A2G4
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Crystals of N. mar_1307 were grown by the hanging drop vapor diffusion method. Protein solution was prepared in 50 mM sodium acetate buffer at pH 6.0 to a concentration of about 2 mM. A 2 uL ...詳細: Crystals of N. mar_1307 were grown by the hanging drop vapor diffusion method. Protein solution was prepared in 50 mM sodium acetate buffer at pH 6.0 to a concentration of about 2 mM. A 2 uL portion of this protein solution was then mixed with 2 uL of a well buffer solution consisting of 0.1 M TrisHCl at pH 8.0, 20mM CuSO4, 0.1M LiNO3 and varying amounts of polyethylene glycol (PEG). The highest quality crystals formed from wells with 35 % w/v PEG 4000 after about 2 months at 4 C

結晶

マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.31 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals of N. mar_1307 were grown by the hanging drop vapor diffusion method. Protein solution was prepared in 50 mM sodium acetate buffer at pH 6.0 to a concentration of about 2 mM. A 2 uL ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 59707 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.5 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Χ²: 1.038 / Net I/av σ(I): 36.56 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 1760680

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.6-1.66	28.1	0.719	5837	0.879	100
1.66-1.72	28.3	0.556	5858	0.916	100
1.72-1.8	28.4	0.411	5862	0.964	100
1.8-1.9	28.5	0.296	5889	1.044	100
1.9-2.02	28.6	0.203	5897	1.083	100
2.02-2.17	28.5	0.147	5939	1.069	100
2.17-2.39	28.5	0.119	5947	1.012	100
2.39-2.74	28.3	0.106	5992	1.08	100
2.74-3.45	27.7	0.087	6080	1.127	100
3.45-50	39.2	0.087	6406	1.144	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4AZU

4azu

解像度: 1.6→45.87 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1978	3747	3.35 %
R_work	0.1731	-	-
obs	0.174	-	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3012	0	5	582	3599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3104
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	4264
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.635	1080
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	564

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5995-1.6198	0.2404	140	0.2084	3934	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6198-1.6411	0.2835	139	0.2057	4027	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6411-1.6636	0.2074	137	0.1981	3958	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6636-1.6873	0.2206	141	0.1959	4048	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6873-1.7125	0.2482	136	0.2048	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7125-1.7393	0.2415	145	0.214	4022	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7393-1.7678	0.2581	143	0.2036	4041	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7678-1.7983	0.2391	140	0.2029	3952	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7983-1.831	0.2637	142	0.1994	4016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.831-1.8662	0.2254	134	0.1997	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8662-1.9043	0.2505	138	0.1956	4003	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9043-1.9457	0.2267	139	0.1802	4015	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9457-1.991	0.202	137	0.1837	4017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.991-2.0408	0.2053	138	0.1807	4002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0408-2.0959	0.1924	139	0.1738	4012	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0959-2.1576	0.1758	138	0.1726	4017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1576-2.2272	0.1815	137	0.175	4013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2272-2.3068	0.1871	138	0.1699	4007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3068-2.3992	0.2309	143	0.1736	4000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3992-2.5084	0.2019	138	0.1888	3993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5084-2.6406	0.2259	137	0.1905	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6406-2.806	0.2114	136	0.1863	3960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.806-3.0227	0.2116	137	0.1758	4045	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0227-3.3268	0.1663	135	0.1699	3989	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3268-3.808	0.1809	140	0.1489	4025	X-RAY DIFFRACTION	100
3.808-4.7968	0.1439	140	0.1402	4005	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7968-45.8892	0.1964	140	0.1632	4005	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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