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- PDB-5fbm: Crystal Structure of Histone Like Protein (HLP) from Streptococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fbm
タイトルCrystal Structure of Histone Like Protein (HLP) from Streptococcus mutans Refined to 1.9 A Resolution
要素DNA-binding protein HU
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Histone-like protein / DNA binding / Dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein HU
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans serotype c (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Mehzabeen, N. / O'Neil, P. / Biswas, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE021664 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of histone-like protein from Streptococcus mutans refined to 1.9 angstrom resolution.
著者: O'Neil, P. / Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K. / Biswas, I.
履歴
登録2015年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein HU
B: DNA-binding protein HU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6592
ポリマ－21,6592
非ポリマー00
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area9330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.458, 76.333, 36.933
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein HU


分子量: 10829.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal hexahistidine tag
由来: (組換発現) Streptococcus mutans serotype c (strain ATCC 700610 / UA159) (バクテリア)
株: ATCC 700610 / UA159 / 遺伝子: hup, hlpA, SMU_589 / プラスミド: pIB-B39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XB21
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.25 % / 解説: Prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 / 詳細: 30% PEG 400 and 0.1M CAPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.17 Å / Num. obs: 13437 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 29.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 45407 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.9-1.943.40.7141.929718820.710.45499.4
9.11-38.173.30.02640.13911190.9980.01787

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.04 Å38.17 Å
Translation3.04 Å38.17 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.14データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RHI

3rhi


解像度: 1.9→38.166 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 664 4.95 %
Rwork0.1766 12752 -
obs0.1785 13416 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.74 Å2 / Biso mean: 41.2287 Å2 / Biso min: 16.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→38.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1189 0 0 60 1249
Biso mean---43.81 -
残基数----166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011197
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9621606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.941424
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9001-2.04680.30391450.24032549269499
2.0468-2.25270.23121390.18422537267699
2.2527-2.57860.21141220.168625872709100
2.5786-3.24860.23351350.18742574270999
3.2486-38.17420.19161230.16262505262896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5766-0.00450.44620.1247-0.10290.34460.1025-0.6355-0.25030.12140.13020.16750.0355-0.75510.01510.26630.00680.01860.38120.02450.2488-0.357117.722316.9672
20.5641-0.36910.4450.2328-0.34110.3911-0.1386-0.02540.09420.068-0.0696-0.0728-0.07480.7885-0.00240.2658-0.0170.00540.25580.03430.22339.393721.91295.9109
30.43550.5946-0.56481.1626-0.72940.7973-0.0388-0.13560.2488-0.2182-0.63670.0876-0.2376-0.0554-0.92850.4160.2576-0.1220.29-0.12980.32842.427227.9122-14.5987
40.2614-0.1899-0.29120.11890.17680.3089-0.36580.4567-0.0017-0.03940.32290.42670.1611-0.4476-0.02930.2996-0.0099-0.00880.2452-0.01180.32271.037513.9705-4.83
50.425-0.70220.54391.2758-0.95570.72420.14290.13140.4616-0.1496-0.4804-0.14360.010.8577-0.11760.2073-0.0628-0.03020.361-0.00190.399915.666719.456110.9657
60.0566-0.0225-0.116400.02710.22230.00850.1706-0.20760.0667-0.0059-0.01240.13980.257200.2088-0.01310.00110.22730.02170.23294.739113.475510.505
70.31610.0785-0.29570.0739-0.06590.2760.33940.2396-0.17490.29320.04220.1541-0.051-0.7590.01850.2605-0.0165-0.02250.3446-0.02150.2862-5.28921.23455.2939
80.36190.42450.03090.55890.04240.01340.4182-0.26580.0305-0.2039-0.46770.1840.1177-0.440.02580.28950.0448-0.08040.3712-0.02640.2526-6.886717.001-3.5255
90.0360.0084-0.00920.0259-0.01850.01560.17450.01-0.326-0.13110.17960.2907-0.09630.05910.00260.3923-0.0864-0.07080.2307-0.01940.371-14.2913.7874-16.9716
100.0970.0457-0.0380.046-0.120.5673-0.02260.37090.0055-0.48670.23-0.3531-0.2466-0.30060.12130.33890.01860.06560.15530.01330.26110.060825.4968-3.6111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 18 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 48 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 74 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 75 through 92 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 18 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 19 through 38 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 39 through 48 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 49 through 56 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 57 through 74 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 75 through 91 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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