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- PDB-5fb3: Structure of glycerophosphate dehydrogenase in complex with NADPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fb3
タイトルStructure of glycerophosphate dehydrogenase in complex with NADPH
要素Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase / glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD+) activity / glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NADP+) activity / glycerophospholipid metabolic process / phospholipid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycerol-1-phosphate dehydrogenase, archaea / Glycerol-1-phosphate dehydrogenase / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Glycerol dehydrogenase / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Glycerol-1-phosphate dehydrogenase, archaea / Glycerol-1-phosphate dehydrogenase / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Glycerol dehydrogenase / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / PYROPHOSPHATE / Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Sakuraba, H. / Hayashi, J. / Yamamoto, K. / Yoneda, K. / Ohshima, T.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: Unique coenzyme binding mode of hyperthermophilic archaeal sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase from Pyrobaculum calidifontis
著者: Hayashi, J. / Yamamoto, K. / Yoneda, K. / Ohshima, T. / Sakuraba, H.
履歴
登録2015年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
B: Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
C: Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
D: Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
E: Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
F: Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,21728
ポリマ－222,2586
非ポリマー3,95922
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22510 Å2
ΔGint-449 kcal/mol
Surface area73390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.182, 123.335, 166.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Glycerol-1-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] / Glycerophosphate dehydrogenase / G1PDH / Enantiomeric glycerophosphate synthase / sn-glycerol-1- ...Glycerophosphate dehydrogenase / G1PDH / Enantiomeric glycerophosphate synthase / sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase


分子量: 37042.953 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
株: JCM 11548 / 遺伝子: egsA, Pcal_0566 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A3MTM6, sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 187分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#5: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月12日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 78117 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.75 / Net I/av σ(I): 25.771 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 520646
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.496.50.67638690.8980.2880.7360.473100
2.49-2.546.50.55138720.9170.2340.5990.486100
2.54-2.596.30.49338260.930.2140.5380.498100
2.59-2.646.90.4538810.9580.1840.4870.551100
2.64-2.770.39138600.9670.1580.4220.517100
2.7-2.7670.32438740.9730.1310.350.505100
2.76-2.8370.28338530.9790.1150.3050.537100
2.83-2.970.21938680.990.0890.2370.535100
2.9-2.996.90.18538590.9890.0760.20.577100
2.99-3.096.80.16439090.9910.0680.1770.684100
3.09-3.26.70.13238760.9940.0550.1440.719100
3.2-3.326.60.09838690.9950.0410.1060.748100
3.32-3.486.10.08538930.9960.0370.0930.834100
3.48-3.666.40.07439120.9970.0320.080.954100
3.66-3.896.30.06539020.9970.0280.071.071100
3.89-4.1970.05939190.9980.0240.0641.10299.9
4.19-4.6170.05439410.9980.0220.0591.17399.8
4.61-5.286.80.0539520.9980.020.0541.077100
5.28-6.656.10.04340070.9980.0190.0470.99100
6.65-506.50.03241750.9980.0140.0350.97199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.703 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.63 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2599 3854 4.9 %RANDOM
Rwork0.2071 ---
obs0.2098 74184 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.28 Å2 / Biso mean: 63.236 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å2-0 Å20 Å2
2--2.55 Å20 Å2
3----4.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15470 0 219 165 15854
Biso mean--63.94 49.73 -
残基数----2008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01915979
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0215905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2651.99821656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.751336605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.29852005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01822.689610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.367152840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.34415133
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.22528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02117501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0996.0858029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0996.0858028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8669.11810022
LS精密化 シェル解像度: 2.447→2.51 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 296 -
Rwork0.297 5140 -
all-5436 -
obs--94.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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