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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fb2 | ||||||
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タイトル | S. aureus MepR F27L Mutant bound to oligodeoxyribonucleotide | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / Winged helix-turn-helix / protein-ligand complex / transcription regulation / multidrug resistance / single-stranded DNA / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Birukou, I. / Newman, C.E. / Brennan, R.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: S. aureus MepR F27L Mutant bound to oligodeoxyribonucleotide 著者: Birukou, I. / Newman, C.E. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ecoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16228.272 Da / 分子数: 1 / 変異: F27L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: mepR / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 1495.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 20% (w/v) Peg 1000, 100 mM Potassium phosphate monobasic/Sodium phosphate dibasic buffer, 200 mM Sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→36.03 Å / Num. obs: 15799 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.81 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 10.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3ECO 解像度: 1.8→36.026 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.026 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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