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- PDB-5fb2: S. aureus MepR F27L Mutant bound to oligodeoxyribonucleotide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fb2
タイトルS. aureus MepR F27L Mutant bound to oligodeoxyribonucleotide
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*A)-3')
  • MarR family regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Winged helix-turn-helix / protein-ligand complex / transcription regulation / multidrug resistance / single-stranded DNA / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
MarR family / : / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / MarR family regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Birukou, I. / Newman, C.E. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: S. aureus MepR F27L Mutant bound to oligodeoxyribonucleotide
著者: Birukou, I. / Newman, C.E. / Brennan, R.G.
履歴
登録2015年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MarR family regulatory protein
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8153
ポリマ－17,7232
非ポリマー921
水2,306128
1
A: MarR family regulatory protein
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子

A: MarR family regulatory protein
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6316
ポリマ－35,4474
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)32.263, 97.986, 106.317
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-367-

HOH

21A-418-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MarR family regulatory protein / MarR family transcriptional regulator / MepA/mepB repressor and autoregulator / MepR


分子量: 16228.272 Da / 分子数: 1 / 変異: F27L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mepR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5Y812
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*TP*A)-3')


分子量: 1495.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 20% (w/v) Peg 1000, 100 mM Potassium phosphate monobasic/Sodium phosphate dibasic buffer, 200 mM Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→36.03 Å / Num. obs: 15799 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.81 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 10.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ECO

3eco


解像度: 1.8→36.026 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 1579 10 %
Rwork0.1876 --
obs0.1921 15794 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.026 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1103 98 6 128 1335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9451761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.782506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-1.85820.32551360.32341225X-RAY DIFFRACTION95
1.8582-1.92460.34031440.30271294X-RAY DIFFRACTION100
1.9246-2.00160.34491440.25951300X-RAY DIFFRACTION100
2.0016-2.09270.27031430.23631279X-RAY DIFFRACTION100
2.0927-2.2030.2421420.21651284X-RAY DIFFRACTION99
2.203-2.3410.27841440.2071300X-RAY DIFFRACTION98
2.341-2.52170.25731430.20641280X-RAY DIFFRACTION98
2.5217-2.77540.23241420.20311282X-RAY DIFFRACTION98
2.7754-3.17680.19581450.18461306X-RAY DIFFRACTION98
3.1768-4.00160.26791470.16241321X-RAY DIFFRACTION98
4.0016-36.03320.18081490.16461344X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24960.0794-0.5782.3663-1.97852.0520.0321-0.0256-0.13440.1921-0.17090.0034-0.05980.14940.25150.2439-0.0095-0.00080.2336-0.01870.22011.2038-33.967516.6288
22.118-1.4583-0.01263.33180.17713.3778-0.1518-0.20330.20260.3530.0917-0.0586-0.35360.09260.0790.2525-0.0138-0.01330.2301-0.020.2343-6.5495-15.44927.4478
3-0.1535-0.32410.5382.235-1.92961.7090.0468-0.0380.0046-0.2994-0.07940.09110.32640.02520.01260.2908-0.01590.03250.2724-0.02640.2589-3.0215-47.210316.7667
43.1942.70682.69475.2979-1.51127.90550.0902-1.0456-0.05241.38430.04580.59470.4422-0.0884-0.0620.5560.02490.14370.3940.04920.4869-6.936-32.978716.4915
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 94 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 95 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 4 through 8 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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